Output organizzato per analisi: cartella input/, output/<csv>/ con domini, sovrapposizione e report

- dati/ rinominata input/ (CSV ignorati, cartella tracciata con .gitkeep)
- lavoro/ sostituita da output/<nome csv>/{01_domini,02_sovrapposizione,03_report}
- report.md con indice, tabella equazioni e immagini incorporate
- sovrapposizione complessiva dati-equazioni per serie

Co-Authored-By: Claude Sonnet 5.5 <noreply@anthropic.com>

README.md

@@ -15,26 +15,26 @@ uv pip install -e ".[dev]"      # numpy, scipy, matplotlib; pytest e ruff per lo
 
 ## Dati di ingresso
 
-CSV con intestazione, tempo crescente e le serie indicate in [config.toml](config.toml) (`[dati]`: colonne, unità `ms`/`s`, separatore). I CSV di prova vengono dal generatore `../gen_data`; i test di integrazione usano i seed 1–3 in `dati/` (ignorata da git):
+CSV con intestazione, tempo crescente e le serie indicate in [config.toml](config.toml) (`[dati]`: colonne, unità `ms`/`s`, separatore). I CSV di prova vengono dal generatore `../gen_data`; **metti i CSV da analizzare nella cartella `input/`** (la cartella è nel repository, i file `*.csv` no); i test di integrazione usano i seed 1–3:
 
 ```bash
-mkdir -p dati
+mkdir -p input
 for s in 1 2 3; do
-  (cd ../gen_data && .venv/bin/python genera.py config.toml --seed $s -o ../EquationMiner/dati/gen_$s.csv)
+  (cd ../gen_data && .venv/bin/python genera.py config.toml --seed $s -o ../EquationMiner/input/gen_$s.csv)
 done
 ```
 
 ## Uso
 
 ```bash
-.venv/bin/fitseg domini dati/gen_1.csv      # come verrebbero suddivisi i dati: tabella, lavoro/domini.toml, lavoro/proposta.png (nessun fit)
-.venv/bin/fitseg analizza dati/gen_1.csv    # domini + regressione + report in lavoro/out/
+.venv/bin/fitseg domini input/gen_1.csv      # passo 1: come verrebbero suddivisi i dati (tabella, domini.png, domini.toml), nessun fit
+.venv/bin/fitseg analizza input/gen_1.csv    # tutti i passi: domini, equazioni, sovrapposizione, report
 ```
-`--config PATH` (default `config.toml`) e `--lavoro DIR` (default `lavoro`) vanno **prima** del sottocomando.
+`--config PATH` (default `config.toml`) e `--output DIR` (default `output`) vanno **prima** del sottocomando. I file di ogni analisi vanno in `output/<nome del csv>/`.
 
-**Correggere i domini a mano**: apri `lavoro/domini.toml`, modifica i tempi (i domini devono restare contigui) e rilancia
+**Correggere i domini a mano**: apri `output/gen_1/01_domini/domini.toml`, modifica i tempi (i domini devono restare contigui) e rilancia
 ```bash
-.venv/bin/fitseg analizza dati/gen_1.csv --domini lavoro/domini.toml
+.venv/bin/fitseg analizza input/gen_1.csv --domini output/gen_1/01_domini/domini.toml
 ```
 ```toml
 [[dominio]]
@@ -43,14 +43,24 @@ t0_s = 15.8              # incluso
 t1_s = 17.76             # escluso (l'ultimo dominio arriva a fine dati)
 ```
 
-### Cosa produce (in `lavoro/`, ignorata da git)
+### Cosa produce
 
-| File | Contenuto |
-|---|---|
-| `domini.toml`, `proposta.png` | domini proposti e grafico dei dati con la suddivisione |
-| `out/report.md` | per dominio e serie: grafico, modello scelto con parametri ± IC 95 %, metriche, tabella di tutti i modelli provati |
-| `out/dominio<k>_<serie>.png` | dati grezzi contro il modello scelto (colore del dominio) e gli altri modelli validi (tratteggiati), più residui; campioni esclusi dal fit in grigio |
-| `out/risultati.json` | tutti i fit con tutte le metriche |
+Una cartella per ogni CSV analizzato, con un passo per sottocartella (`output/` è ignorata da git):
+
+```
+output/gen_1/
+├── 01_domini/            suddivisione dei dati
+│   ├── domini.png          dati grezzi con i domini (colore per tipo, numerati)
+│   └── domini.toml         domini usati, modificabili a mano
+├── 02_sovrapposizione/   dati grezzi contro le equazioni trovate
+│   ├── sovrapposizione_<serie>.png   serie intera con le equazioni a tratti e i residui
+│   └── dominio<k>_<serie>.png        un dominio: dati, modello scelto, altri modelli validi, residui
+└── 03_report/
+    ├── report.md           report completo con tutte le immagini incorporate
+    └── risultati.json      tutti i fit con tutte le metriche
+```
+
+`report.md` contiene: (1) suddivisione in domini, (2) tabella delle equazioni con parametri ± IC 95 %, (3) sovrapposizione dati–equazioni, (4) dettaglio per dominio con metriche e tabella di tutti i modelli provati. Le immagini sono link relativi: si vedono in un visualizzatore Markdown.
 
 Come leggere il report: **non adeguato** = RMSE oltre 1.3 volte il rumore stimato (guarda l'ACF1 dei residui); **indeterminato** = nessun modello valido o dominio con meno di `n_min_punti` campioni. Nel raffreddamento `τ` è la costante di tempo e `c` l'asintoto (≈ ambiente per `T_C`, ≈ 0 per `dT_C`).
 
@@ -84,9 +94,9 @@ Nuovo modello: voce in `MODELLI` di [src/fitseg/modelli.py](src/fitseg/modelli.p
 | `test_fit.py` | recupero di τ, `c`, `A` su segnale sintetico (τ = 16 s), parametri fissi, τ non identificabile su tratti corti e rumorosi, analisi completa, dominio troppo corto, riproducibilità | no |
 | `test_selezione.py` | regola di scelta | no |
 | `test_config_dati.py` | errori di config e CSV | no |
-| `test_integrazione.py` | domini e τ su `dati/gen_{1,2,3}.csv`; CLI `domini` e `analizza --domini`; codici di uscita | sì (altrimenti saltati) |
+| `test_integrazione.py` | domini e τ su `input/gen_{1,2,3}.csv`; CLI `domini` e `analizza --domini`; codici di uscita | sì (altrimenti saltati) |
 
-I test unitari generano il segnale da soli (`tests/conftest.py`). Prova manuale: `fitseg analizza dati/gen_1.csv` e controlla in `lavoro/out/report.md` 4 domini (riposo, due riscaldamenti, raffreddamento) con τ ≈ 16 s.
+I test unitari generano il segnale da soli (`tests/conftest.py`). Prova manuale: `fitseg analizza input/gen_1.csv` e controlla in `output/gen_1/03_report/report.md` 4 domini (riposo, due riscaldamenti, raffreddamento) con τ ≈ 16 s.
 
 Codici di uscita: 0 ok · 3 configurazione non valida · 4 CSV illeggibile/non valido · 6 `domini.toml` non valido.