Corregge l'avvertenza sbagliata: graphify update . non sovrascrive i nodi
semantici, solo i .md nuovi restano a livello di struttura.
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Aggiunge docs/GRAFO.md (uso, rigenerazione, limiti), lo indicizza in
docs/README.md, richiama il grafo in AGENTS.md e CLAUDE.md e ignora
graphify-out/, che si rigenera.
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