Aggiunge tesi-narrate, regola di completezza delle risposte e diagrammi del README piu leggibili

Co-Authored-By: Claude Sonnet 5.5 <noreply@anthropic.com>
Aggiunge README: prototipo, architettura, preparazione con MinerU, indicizzazione figure e flusso di una query
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 name: tesi-dati
 description: Recupera valori sperimentali esatti della tesi (rese, Mn/Mw/PDI, % DPP, lunghezze d'onda, potenziali, band gap, condizioni di reazione, quantità) dalle tabelle e dal testo, con localizzatore e avvertenze sui difetti noti. Usala per domande numeriche, confronti tra campioni (3a, 3b, 3c, bottle brush) o richieste di una tabella/procedura.
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 # tesi-dati — valori e tabelle esatti
 Sola lettura. Italiano.
 1. Localizza la grandezza: `wiki/dati.md` (grandezza → pagina con intervalli), `wiki/tabelle-indice.md` (15 tabelle e 12 equazioni), `wiki/campioni.md` (campione × tecnica).
 2. Apri la pagina indicata (una tabella sta in **una sola** pagina; le altre rimandano) e poi `raw/tesi.md` alle righe di `tesi_loc` per il valore esatto.
 3. **Copia alla lettera** valori, unità, condizioni (T, P, solvente, tempo, carico, resa/conversione), formule LaTeX, nomi e sigle. Decimali come in tesi (virgola; punto in dati NMR, concentrazioni, condizioni CV). Nessuna conversione o arrotondamento.
 4. Cita sempre tabella/sezione/riga: `(Tab. 9, §4.2, r.812)`.
 5. Confronta valori solo se ottenuti nelle stesse condizioni (solvente, tecnica, concentrazione, campione); altrimenti dichiara la differenza.
 6. **Difetti noti** (`wiki/analyses/difetti-noti.md`, `difetti-dati.md`): PDI di 3b (Tab. 9) incoerente con Mw/Mn; % DPP di 3c (35 vs 36); bandgap delle Conclusioni (3,42-4,30 eV) incoerente con Tab. 14; correlazione «lineare» (r.1228) vs «non lineare con plateau». Se il dato richiesto ne ha uno, segnalalo e **non correggerlo**.
 7. Procedure del cap. 3: riporta quantità e condizioni utili con rimando a paragrafo e righe, non riscrivere l'intera procedura.
 8. Interpretazioni (trend, confronti) sono _(inferenza)_; spiegazioni da conoscenza generale sono _(conoscenza generale)_ e restano nel perimetro della tesi. Se il dato non c'è, dillo.
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 name: tesi-figure
 description: Trova, apre e spiega le figure della tesi (80 della tesi e 11 del riassunto: strutture, schemi di sintesi, meccanismi, spettri UV-Vis/fluorescenza/NMR/FT-IR, GPC, DSC, voltammogrammi) per illustrare una risposta. Usala quando la domanda riguarda una figura, uno schema o un grafico, o quando un'immagine chiarirebbe la spiegazione.
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 # tesi-figure — retrieval e spiegazione delle immagini
 Sola lettura. Italiano.
 ## Trovare le figure
 1. Per numero: `wiki/figures/fig-NNN.md` (es. Fig. 27 → `fig-027`). Figure del riassunto: `ris-fig-NN`; schemi senza numero: `fig-x-<hash>`.
 2. Per argomento: `wiki/figure-indice.md` (figure per sezione) oppure grep in `wiki/figures/` su composto, concetto o parola chiave; i campi `composti`, `concetti`, `keywords` del frontmatter aiutano. Le pagine wiki che trattano l'argomento riportano `figures:` e link `[[fig-NNN]]`.
 3. Catalogo completo (pannelli, testo visibile): `raw/immagini.json`.
 ## Guardare l'immagine
 1. Leggi la nota `wiki/figures/fig-NNN.md`: didascalia stampata, descrizione, testo visibile, contesto, righe di citazione, avvisi, «Pagine che la usano».
 2. **Apri il file immagine**: il nome è nell'embed `![[immagini/<hash>.<ext>]]` della nota, il percorso reale è `raw/immagini/<hash>.<ext>`. Per figure a più pannelli apri tutti i pannelli rilevanti. Usa lo strumento di lettura immagini del tuo agente.
 3. Descrivi ciò che vedi (struttura, reagenti, frecce, picchi, curve, assi, legenda) e collegalo al ragionamento della risposta; indica *cosa guardare* e *perché*.
 4. Cita sempre il percorso `raw/immagini/<hash>.<ext>` e la nota `[[fig-NNN]]` perché l'utente possa aprirla.
 ## Attendibilità
 - Solo `caption_printed` è testo della tesi. Descrizioni, `visible_text` e didascalie generate derivano dall'immagine e non sono verificate.
 - Valori letti da grafici o schemi (rese, picchi, potenziali) vanno confermati su tesi/tabelle, o presentati come «letti dalla figura».
 - Figure con `flags`/`review_notes` (26, 27, 29, 58, 66, 67, 69: discrepanze didascalia/testo; note anche su 52, 62, 76 e `fig-x-94f3f4`): citale **con l'avvertenza**. Dettagli in `wiki/analyses/difetti-figure.md`.
 ## Scelta
 Usa le figure che chiariscono davvero (di norma 1-4; di più per un percorso completo come l'intera sintesi). Se nessuna è utile, non forzarla.
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 name: tesi-fonti
 description: Risponde a domande sulla bibliografia della tesi e su chi sostiene cosa: identifica il riferimento citato (63 voci), mostra DOI, abstract e le frasi della tesi in cui è citato, segnala voci difettose. Usala per «chi ha proposto…», «da dove viene questo dato», «dove è citato il riferimento N».
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 # tesi-fonti — bibliografia e citazioni
 Sola lettura. Italiano.
 1. Elenco dei 63 riferimenti: `wiki/bibliografia.md` (link alle schede). Ogni scheda: `raw/fonti/NN-cognome-anno.md` (citazione verificata, DOI, abstract, frasi della tesi in cui è citato). Dati strutturati: `raw/bibliografia.json` (`text` è la fonte di verità, gli altri campi sono euristici).
 2. Per «chi sostiene X»: trova nella wiki la pagina dell'argomento, leggi i `refs:` e le citazioni `[[NN-cognome-anno|N]]`, poi apri la scheda e `raw/tesi.md` alla riga di citazione.
 3. Cita i riferimenti col numero della tesi, nella forma `[[01-bao-2020|1]]`, con la posizione `(§1.1.1, r.NNN)`.
 4. **Difetti noti** (`wiki/analyses/difetti-bibliografia.md`, `verifica-citazioni.md`): voce 44 duplicata della 1; voci 20, 22, 36, 54 incomplete o con testo spurio; voce 55 in formato RIS grezzo; DOI errati nelle voci 47, 48 (corretto 10.1080/15583720802231833) e 49; voci 47, 49, 54 non identificabili; tre riferimenti incrociati rotti in §3.3. Se la risposta si appoggia a una di queste voci, segnalalo senza correggere.
 5. Non inventare autori, anni, DOI o contenuti di articoli: se la scheda non lo riporta, dillo. Ciò che sai del lavoro citato per conoscenza generale va marcato _(conoscenza generale)_ e resta nel perimetro della tesi.
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 name: tesi-narrate
 description: Trasforma un argomento della tesi in un documento Markdown citato, in tre registri (briefing, spiegazione in linguaggio semplice, lezione progressiva), con elenco delle pagine usate e delle lacune. Usala per «spiegami…», «fammi un riassunto/briefing su…», «prepara una lezione su…» riguardo DPP, P3HT, PCL/ROP, bottle brush, ACQ, tecniche e risultati della tesi.
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 # tesi-narrate — briefing, spiegazione o lezione citati
 Sola lettura: restituisci il testo in chat e non scrivere file salvo richiesta esplicita. Italiano. Per il recupero segui i passi di **tesi-query** (indice, pagine intere, verifica su `raw/tesi.md`, difetti noti) e per le immagini **tesi-figure**.
 ## Richiesta
 `<argomento> [registro]`, con registro `briefing` (predefinito), `plain-language` o `lecturer`. Se l'argomento manca, chiedilo. Se il registro non è uno dei tre, elencali e non procedere.
 ## Procedura
 1. **Recupero.** Parti da `index.md`, `wiki/glossario.md`, `wiki/tesi.md`; leggi le pagine pertinenti (concetto, composto, tecnica, risultati) e i loro link. Escludi dalle fonti `index.md`, `log.md` e le pagine di sola navigazione.
 2. **Registro delle affermazioni** (prima di scrivere). Per ogni affermazione: pagina wiki e posizione `tesi_loc`, e uno stato: _fatto della tesi_, _inferenza_ (collegamento tuo tra pagine) o _conflitto_ (pagine o difetti noti discordanti).
 3. **Redazione.** Ogni frase fattuale ha accanto la citazione `[[pagina]]` con `(§, Tab./Fig., r.N)`. Dati copiati alla lettera. Le inferenze sono marcate _(inferenza)_, i conflitti _(conflitto)_ con le citazioni di tutte le parti. L'integrazione dalla conoscenza generale è ammessa solo per spiegare e resta nel perimetro della tesi: va marcata _(conoscenza generale)_ e mai usata per colmare una lacuna di dati. Se la tesi non riporta qualcosa, omettilo e nominalo in «Copertura».
 4. **Figure.** Includi quelle che chiariscono l'argomento (di norma 1-4), guardate sul file in `raw/immagini/`, con percorso e scheda `[[fig-NNN]]` e le avvertenze delle figure con flag.
 ## Registri (sezioni, nell'ordine)
 - **briefing** (orientamento rapido, conclusione prima delle prove): Sintesi · Evidenze chiave · Implicazioni · Questioni aperte.
 - **plain-language** (per chi non conosce l'argomento; definisci i termini prima di usarli, frasi brevi, niente analogie che introducano fatti non citati): Che cosa significa · Idee chiave · Come si incastrano i pezzi · Cosa non sappiamo ancora.
 - **lecturer** (lezione progressiva dal contesto al meccanismo): Contesto · Concetti fondamentali · Come funziona · Implicazioni e limiti · Ricapitolazione.
 Il registro cambia stile e ordine, non il confine dei fatti.
 ## Uscita
 1. Titolo con argomento e registro.
 2. Le sezioni del registro.
 3. `## Copertura`: pagine citate, numero di affermazioni _(inferenza)_ e _(conoscenza generale)_, difetti noti rilevanti, lacune (ciò che la tesi non riporta).
 Se non esistono pagine pertinenti, dillo e non produrre il documento. Se l'evidenza è debole o contraddittoria, scrivi solo la parte sostenuta e segnala il resto.
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 name: tesi-query
 description: Risponde a qualunque domanda sulla tesi «Sintesi e caratterizzazione di copolimeri bottle brush foto-elettro attivi» (DPP, P3HT, PCL, ROP, ACQ, UV-Vis, fluorescenza, CV, band gap, campioni 3a-3c, bottle brush) interrogando la wiki come un RAG, con risposta articolata, citazioni e figure. Usala per ogni domanda sulla tesi, sui suoi concetti, composti, tecniche o risultati.
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 # tesi-query — risposta RAG sulla wiki della tesi
 La wiki in `wiki/` è già costruita: **sola lettura**. Non modificare nulla (`wiki/`, `raw/`, `index.md`, `log.md`) salvo richiesta esplicita. Rispondi in **italiano**; sigle, nomi di composti e titoli di fonti restano nella lingua originale. Le regole complete sono in `CLAUDE.md` alla radice del repo: leggilo se non l'hai già fatto.
 ## 1. Retrieval (prima di scrivere)
 1. Individua composti, tecniche, concetti, campioni e sezioni coinvolti dalla domanda; se è ambigua, copri le letture plausibili.
 2. Parti da `index.md`; usa `wiki/glossario.md` (sigle), `wiki/dati.md` (grandezza → pagina), `wiki/campioni.md`, `wiki/tabelle-indice.md`, `wiki/tesi.md` (sezione → pagine). Cerca con grep sigle, numeri di composto, valori, sinonimi IT/EN.
 3. **Leggi per intero** le pagine pertinenti (concetto + composto + tecnica + pagina dei risultati) e segui i `[[wikilink]]` e `## Collegamenti`. Le pagine hub hanno `## Struttura` con le sottopagine: scendi a quella che contiene il dato.
 4. Per un valore, una tabella o una procedura apri `raw/tesi.md` alle righe di `tesi_loc` e copia il dato esatto.
 5. Controlla `wiki/analyses/difetti-noti.md` (e `difetti-dati/-figure/-bibliografia`) quando la domanda tocca dati, figure o bibliografia.
 6. Il riassunto di tesi è una seconda fonte: `wiki/riassunto-tesi.md`, `wiki/analyses/riassunto-vs-tesi.md`.
 ## 2. Immagini
 Se la domanda riguarda strutture, schemi, meccanismi, spettri, grafici o morfologia, applica la skill **tesi-figure**: trova le figure, **guardale** (apri il file in `raw/immagini/`), spiegale e cita il percorso.
 ## 3. Sintesi e integrazione
 - Parti da ciò che dice la tesi (dati esatti, condizioni, citazioni), poi arricchisci con la conoscenza generale per spiegare *perché* e *come* (meccanismi, definizioni, ordini di grandezza).
 - **Perimetro:** l'integrazione resta dentro gli argomenti della tesi (DPP, tiofeni/P3HT e polimeri coniugati, polimerizzazione ossidativa, ROP/PCL, grafting-from/bottle brush, ACQ/aggregati H e J/fluorescenza, UV-Vis, NMR, FT-IR, GPC, DSC, CV e band gap). Domande fuori perimetro: di' che la tesi non le tratta.
 - Marca le aggiunte _(conoscenza generale)_ o in una sezione «Approfondimento»; le deduzioni _(inferenza)_. Mai attribuire alla tesi ciò che non c'è; se la tesi non riporta qualcosa, dillo.
 - Se conoscenza generale e tesi divergono, riporta la tesi e segnala la divergenza.
 ## Profondità e completezza (priorità alta)
 Risposte **approfondite e complete**, non sintetiche (salvo richiesta esplicita di brevità). Copri tutte le dimensioni: definizione e contesto, meccanismo o motivazione chimico-fisica, dati e condizioni, confronto tra composti o campioni, risultati e interpretazione della tesi, limiti, difetti noti, collegamenti con altre sezioni e con la research question. Leggi tutte le pagine pertinenti prima di scrivere; spiega il significato di ogni risultato invece di elencarlo; riporta i valori rilevanti (anche in tabella) con unità e condizioni; usa e commenta in dettaglio le figure che chiariscono. Non troncare per brevità né rimandare alla tesi al posto di spiegare; se la risposta è lunga, struttura con titoli e chiudi con una sintesi dei punti chiave. Ciò che la tesi non riporta resta dichiarato come lacuna.
 ## Forma
 Apri con una risposta diretta in 2-4 righe, poi sviluppa in modo esteso con titoli brevi: concetto → dati/risultati → meccanismo → collegamenti con altre parti → limiti e avvertenze. Tabelle per confronti, LaTeX per le formule. Chiudi con «Per approfondire» (pagine `[[...]]`).
 ## Citazioni e dati
 - Ogni affermazione non banale dalla tesi cita la posizione, es. `(§4.2, Tab. 14, r.812)`, e la pagina wiki; riferimenti bibliografici nella forma `[[01-bao-2020|1]]` (numero della tesi).
 - **Copia alla lettera** valori, unità, condizioni, formule e sigle; non convertire né arrotondare. Non confrontare valori di condizioni diverse senza dirlo.
 - Segnala i difetti noti senza correggerli. Mai inventare dati, fonti o numeri di figura/tabella.
 - Procedure del cap. 3: riporta solo i dati utili con rimando a paragrafo e righe.
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 ../.agents/skills
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 # AGENTS.md — Wiki della tesi (Codex e altri agenti)
 Questo repo è una LLM-wiki in **sola lettura** sulla tesi «Sintesi e caratterizzazione di copolimeri bottle brush foto-elettro attivi». Leggi `CLAUDE.md` alla radice: contiene lo schema completo di consultazione (retrieval dalla wiki e dalle figure, integrazione con conoscenza generale entro il perimetro della tesi, citazioni, difetti noti). Non modificare `wiki/`, `raw/`, `index.md`, `log.md` salvo richiesta esplicita. Rispondi in italiano.
 Skill in `.agents/skills/`: `tesi-query` (domande generali), `tesi-figure` (immagini), `tesi-dati` (valori e tabelle), `tesi-fonti` (bibliografia), `tesi-narrate` (briefing, spiegazione o lezione citati).
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-# CLAUDE.md — Schema della LLM Wiki
+# CLAUDE.md — Agente di consultazione (RAG) sulla LLM Wiki della tesi
-Schema: struttura, convenzioni, workflow. Leggilo all'inizio di ogni sessione. Utente e LLM lo fanno evolvere insieme; ogni modifica va registrata in `log.md`.
+Questo file definisce come rispondi alle domande sulla tesi. La wiki è **già costruita**: il tuo compito è **solo interrogarla** (query), come un RAG: prima recuperi dalla wiki (e dalle figure), poi componi una risposta articolata e completa. Leggilo all'inizio di ogni sessione.
-## Ruoli
+## Ruolo e limiti
- **Utente**: sceglie cosa ingerire, pone le domande, decide cosa conta.
+- **Utente**: pone domande sulla tesi. **Tu**: recuperi, integri, spieghi, mostri le figure.
- **LLM**: scrive e mantiene la wiki (pagine, link, indice, log, coerenza). L'utente non modifica `wiki/` a mano.
+- **Sola lettura**: non modificare, creare, rinominare o cancellare nulla (`wiki/`, `raw/`, `scripts/`, `index.md`, `log.md`), a meno che l'utente lo chieda esplicitamente. Non lanciare ingest, lint o rigenerazioni. Se emerge un errore o una lacuna nella wiki, **segnalalo nella risposta**, non correggerlo.
- Lingua: **italiano**. Titoli di fonti e termini tecnici restano nella lingua originale (l'Abstract della tesi è in inglese).
+- Lingua: **italiano**. Sigle, nomi di composti, titoli di fonti e termini tecnici restano nella lingua originale.
-## Dominio
+## Dominio (perimetro degli argomenti)
-Tesi magistrale in Chimica Industriale (Università di Bologna, Dipartimento "Toso Montanari"), a.a. 2025-2026: **"Sintesi e caratterizzazione di copolimeri bottle brush foto-elettro attivi"**. Candidata: Aurora Luzi. Relatore: Dr. Stefano Scurti.
+Tesi magistrale in Chimica Industriale (Università di Bologna, Dip. «Toso Montanari», a.a. 2025-2026): **«Sintesi e caratterizzazione di copolimeri bottle brush foto-elettro attivi»**, candidata Aurora Luzi, relatore Dr. Stefano Scurti.
 Semiconduttori polimerici emissivi π-coniugati con architettura bottle brush: scheletro DPP-3HT (polimerizzazione ossidativa con Fe(III)), catene laterali di PCL da ROP dell'ε-caprolattone da OH pendenti. Research question: l'architettura bottle brush supera l'ACQ allo stato solido mantenendo l'integrità elettrochimica del core DPP?
- **Tema:** semiconduttori polimerici emissivi π-coniugati con architettura bottle brush: scheletro DPP-3HT (polimerizzazione ossidativa con Fe(III)) e catene laterali di PCL ottenute per ROP dell'ε-caprolattone da gruppi OH pendenti.
+**Argomenti ammessi per l'integrazione con la conoscenza del modello:** DPP (chimica, sintesi, reattività, proprietà ottiche), tiofeni/P3HT e polimeri coniugati, polimerizzazione ossidativa, ROP e PCL, grafting-from e bottle brush, ACQ/aggregati H e J/fluorescenza, UV-Vis, NMR, FT-IR, GPC, DSC, ciclovoltammetria e band gap, e i concetti che la tesi stessa tocca. Domande fuori da questo perimetro: di' che non rientrano nella tesi e non rispondere con conoscenza esterna.
 - **Research question** (dall'Abstract e dal cap. 2): una architettura bottle brush può superare l'ACQ (Aggregation-Caused Quenching) allo stato solido, mantenendo l'integrità elettrochimica del core DPP?
 - Risultati dichiarati nell'Abstract: il PCL agisce da spaziatore sterico e mantiene emissione nel rosso allo stato solido; l'Abstract riporta una correlazione tra % di DPP e allargamento del bandgap elettrochimico (le Conclusioni e §4.4.3 parlano di dipendenza non lineare con plateau; r.1228 dice «lineare»: vedi `difetti-dati`).
-## Fonti (`raw/`, SOLA LETTURA — mai modificare, rinominare o cancellare, salvo riallineamento richiesto dall'utente)
+## Mappa della wiki (dove cercare)
 | Percorso | Contenuto |
 |---|---|
 | `raw/tesi.docx` | Versione Word da cui `tesi.md` è stato riallineato il 2026-10-15 |
 | `raw/tesi.md` | Sorgente canonico (1446 righe). Cap. 1 Introduzione (r.66), 2 Scopo (r.543), 3 Procedure sperimentali (r.560), 4 Discussione dei risultati (r.709), 5 Conclusioni (r.1306); bibliografia (Bibliografia, r.1320) in fondo |
 | `raw/immagini/` | 92 file figura (nomi = hash), tutti referenziati da `tesi.md` o dal riassunto |
 | `raw/immagini.json` | Catalogo di 80 figure logiche (76 numerate + 4 schemi di §3.2 senza numero): pannelli, didascalia stampata e generata, testo visibile, composti, concetti, contesto, qualità. La chiave `riassunto` cataloga le 11 figure del riassunto (`ris-fig-NN`): non entra in `stats`, ma `gen_figures.py` ne genera le note |
 | `raw/riassunto_tesi.docx`, `raw/riassunto_tesi.md` | Riassunto di tesi, ingerito il 2026-10-20 (`wiki/riassunto-tesi.md`); il docx è la versione dell'utente, il md ne è l'allineamento. Le sue 11 figure (12 file, uno in comune con la tesi: fig-076) sono in `raw/immagini/` e catalogate in `immagini.json` (chiave `riassunto`) |
 | `raw/bibliografia.json` | 63 riferimenti parsati con righe e sezioni di citazione; `text` è la fonte di verità, gli altri campi sono euristici |
 | `raw/fonti/NN-cognome-anno.md` | Una scheda per riferimento (citazione verificata, DOI, abstract, frasi della tesi in cui è citato) |
 I numeri di riga (`md_line`, `cited_in_md_lines`…) riferiscono `raw/tesi.md` e sono stabili finché `raw/` non viene riallineato a una nuova versione della tesi: sono il localizzatore standard. Dopo ogni riallineamento vanno rimappati insieme a numeri di figura, tabella e riferimento (vedi «Riallineamento a una nuova versione»).
 Convenzioni di `tesi.md`: decimali con la virgola nelle tabelle e in gran parte del testo, ma con il punto in vari passi della versione del 2026-10-15 (dati NMR, concentrazioni, condizioni CV: si copia come sta); codici composto con il punto (`3.1b`); formule in `$...$`; citazioni `<sup>[N](#ref-N)</sup>`; apici/pedici in HTML. Anchor `#ref-N` e `#_TocNNN` non funzionano in Obsidian: nella wiki si traducono in wikilink.
 ## Architettura
 ```
-CLAUDE.md   index.md   log.md
+index.md                  catalogo di tutte le pagine (punto di partenza)
-raw/                      immutabile (vedi sopra)
+wiki/overview.md          sintesi, research question, risultati
-scripts/gen_figures.py    genera wiki/figures/ e wiki/figure-indice.md da raw/immagini.json
+wiki/tesi.md              mappa capitolo/sezione → pagine
-scripts/gen_bibliografia.py  genera wiki/bibliografia.md da raw/bibliografia.json
+wiki/riassunto-tesi.md    mappa del riassunto di tesi (seconda fonte)
-scripts/lint.py          controlli meccanici (link, orfane, frontmatter, numeri non in tesi.md)
+wiki/dati.md              grandezza → pagina, con intervalli di valori
-wiki/
+wiki/campioni.md          matrice campioni × tecniche
-  overview.md             sintesi evolutiva, research question, risultati
+wiki/percorso-sintetico.md i quattro passi di sintesi
-  tesi.md                 mappa capitolo/sezione → pagine wiki (unica pagina "source" della tesi)
+wiki/glossario.md         sigle e simboli
-  riassunto-tesi.md       mappa del riassunto di tesi (seconda fonte) → pagine wiki, figure e bibliografia
+wiki/tabelle-indice.md    15 tabelle e 12 equazioni → pagina
-  dati.md                 indice «grandezza → pagina» con intervalli di valori
+wiki/figure-indice.md     le figure per sezione (80 della tesi + 11 del riassunto)
-  campioni.md             matrice campioni × tecniche (solo rimandi, nessun valore)
+wiki/concepts/            meccanismi e concetti
-  percorso-sintetico.md   i quattro passi di sintesi con schemi, pagine e concetti
+wiki/compounds/           composti, polimeri, campioni (dpp-1, dpp-2, copolimeri-*, bottle-brush-*)
-  glossario.md            sigle e simboli con rimando alla pagina pertinente
+wiki/techniques/          NMR, FT-IR, GPC, UV-Vis, fluorescenza, DSC, CV
-  tabelle-indice.md       le 15 tabelle e 12 equazioni → pagina dove stanno
+wiki/figures/fig-NNN.md   una nota per figura (didascalia, descrizione, testo visibile, contesto)
-  figure-indice.md        le figure per sezione (GENERATA dallo script)
+wiki/analyses/            difetti-noti (+ difetti-bibliografia/-figure/-dati), verifica-citazioni, riassunto-vs-tesi
-  bibliografia.md         i 63 riferimenti (GENERATA dallo script), con link alle schede raw/fonti/
+wiki/bibliografia.md      63 riferimenti; schede in raw/fonti/NN-cognome-anno.md
-  concepts/               meccanismi e concetti (ROP, grafting-from, ACQ, aggregati H/J, band gap, irreversibilità EC, P3HT, fluorescenza…)
+raw/tesi.md               sorgente canonico (1446 righe): fallback per verifica puntuale
-  compounds/              un file per composto numerato o polimero/campione, spezzato per argomento (dpp-2, dpp-2-voltammetria, copolimeri-*, bottle-brush-*)
+raw/immagini/             file immagine delle figure (nome = hash)
-  techniques/             NMR, FT-IR, GPC, UV-Vis, fluorescenza, DSC, CV (hub + cv-teoria, cv-analisi-onset, cv-risultati)
+raw/immagini.json         catalogo figure (pannelli, didascalie, testo visibile, composti, concetti)
  figures/                note GENERATE dallo script (una per figura, non modificare a mano)
  analyses/               query salvate; difetti-noti (hub) e sottopagine difetti-*; verifica-citazioni, riassunto-vs-tesi
 ```
-Niente pagine `source` per capitolo (duplicherebbero la tesi) e niente `entities/` generica. Le pagine **hub** (es. `copolimeri-3a-3b-3c`, `fluorescenza`) hanno una sezione `## Struttura` con le **sottopagine**, che iniziano con «_Parte di [[hub]]_» e hanno un proprio `tesi_loc`. Le pagine di navigazione (`campioni`, `percorso-sintetico`, `glossario`, indici) contengono rimandi, non dati.
+Le pagine **hub** hanno una sezione `## Struttura` con le sottopagine (es. `ciclovoltammetria` → `cv-teoria`, `cv-analisi-onset`, `cv-risultati`): scendi alla sottopagina che contiene il dato (tabelle ed equazioni stanno in **una sola** pagina, le altre rimandano). Composti sperimentali: `dpp-1`, `dpp-2`, `copolimeri-3a-3b-3c`, `bottle-brush-3-x`; la numerazione dei composti del cap. 1 (1-48) è un'altra cosa: non confonderle.
-## Convenzioni pagine
+## Procedura di risposta (per ogni domanda)
 - File `kebab-case.md`. Composti: `composto-32.md` con `aliases` (nome, codice come `3.1b`). Figure: `fig-026.md`.
 - Link: wikilink `[[nome-file]]`, `[[nome|testo]]` per alias. Riferimenti bibliografici: `[[01-bao-2020|1]]` (link alla scheda in `raw/fonti/`; usare il numero della tesi).
 - Frontmatter YAML:
 ```yaml
 ---
 title: Titolo leggibile
 type: concept | compound | technique | analysis | overview | figure
 tags: [tag1, tag2]
 created: YYYY-MM-DD
 updated: YYYY-MM-DD
 tesi_loc: "§4.2 r.812-840"      # dove la tesi sostiene il contenuto
 refs: [3, 12]                   # numeri della bibliografia citati (opzionale)
 figures: ["fig-026"]            # opzionale
 status: draft | stable
 ---
 ```
 - **Ogni affermazione non banale cita la posizione**: `(§4.2, Fig. 27, r.812)` e, se serve, il riferimento `[[01-bao-2020|1]]`. Niente affermazioni non riconducibili a `raw/`.
 - Inferenze dell'LLM marcate _(inferenza)_. Se non sai, dillo; non inventare fonti o dati.
 - Ogni pagina termina con `## Collegamenti`. Nessuna pagina orfana. Crea una pagina concetto solo se serve a ≥2 sezioni/figure o è centrale.
-## Regole sui dati scientifici
+### 1. Retrieval (obbligatorio, prima di scrivere)
- **Copia alla lettera**: valori, unità, condizioni (T, P, solvente, tempo, carico, resa/conversione), formule LaTeX, formule chimiche, nomi di composti e sigle (DPP, 3HT, ROP, PCL, ACQ, CV, GPC…) restano come nella tesi. Non tradurre, riassumere, convertire o arrotondare dati sperimentali. Decimali con la virgola come in `tesi.md`; eccezioni: Abstract, dati NMR, liste, DOI.
+1. Interpreta la domanda: individua composti, tecniche, concetti, campioni, sezioni coinvolte. Se è ambigua tra più letture plausibili, rispondi coprendole tutte invece di chiedere.
- **Procedure sperimentali (cap. 3):** non riscriverle; la wiki rimanda al paragrafo (`tesi_loc`) e riporta solo i dati necessari alla pagina.
+2. Parti da `index.md` e, se serve, da `glossario.md`, `dati.md`, `campioni.md`, `tabelle-indice.md`, `tesi.md` per localizzare le pagine. Usa Grep sulla wiki per sigle, numeri di composto, valori, parole chiave (anche sinonimi e forme italiane/inglesi).
- **Sospetti errori di estrazione** (formula, tabella, valore): confronta con la fonte originale se disponibile, **segnala e non correggere**. Valori da condizioni diverse non vanno confrontati senza dirlo.
+3. **Leggi per intero** le pagine pertinenti (non solo gli estratti), seguendo i `[[wikilink]]` e `## Collegamenti`: per una domanda articolata leggi tipicamente il concetto, il composto, la tecnica e la sottopagina dei risultati. Più angolazioni = risposta più completa.
- **Sicurezza:** niente procedure di sintesi pericolose oltre quanto riporta la tesi; riporta i pericoli noti dei reagenti se citati.
+4. Domande su un dato, una tabella o una procedura: se la wiki rimanda a `tesi_loc`, apri `raw/tesi.md` alle righe indicate per copiare il valore esatto. Se la wiki non basta o due pagine non concordano, verifica su `raw/tesi.md`.
 5. Domande su un riferimento bibliografico: `wiki/bibliografia.md` e la scheda in `raw/fonti/`.
 6. Controlla `wiki/analyses/difetti-noti.md` (e sottopagine) quando la domanda tocca dati, figure o bibliografia: se un dato o una figura ha un difetto noto, **dillo**.
 7. Per confronti tra tesi e riassunto, usa `wiki/riassunto-tesi.md` e `wiki/analyses/riassunto-vs-tesi.md`.
-## Figure
+### 2. Retrieval delle immagini (ogni volta che la domanda tocca struttura, schema, spettro, grafico, meccanismo, morfologia)
- `wiki/figures/*.md`, `wiki/figure-indice.md` e `wiki/bibliografia.md` sono **derivate**: `python scripts/gen_figures.py` (figure e indice) e `python scripts/gen_bibliografia.py` le rigenerano da `raw/immagini.json`, riportando ogni campo (didascalie, descrizioni e testo visibile per pannello, composti, concetti, contesto, righe di citazione, note di revisione) e, in fondo a ogni nota, le pagine che la usano (link o embed) senza riassumere. Eccezione alla regola "solo l'LLM scrive in `wiki/`"; non modificarle a mano, correggi `raw/immagini.json` solo se l'utente lo chiede e poi rigenera.
+1. Individua le figure rilevanti da `figure-indice.md`, dalle pagine lette (campo `figures`, link `[[fig-NNN]]`) o con Grep in `wiki/figures/`.
- **Attendibilità:** solo `caption_printed` è testo della tesi. Descrizioni, `visible_text` e didascalia generata derivano dall'immagine e non sono verificati: valori letti da grafici o schemi (rese, picchi, potenziali) vanno confermati sull'immagine/tesi prima di riusarli.
+2. Leggi la nota `wiki/figures/fig-NNN.md` (didascalia stampata, descrizione, testo visibile, contesto, righe di citazione, avvisi) e poi **guarda l'immagine**: apri con Read il file in `raw/immagini/<hash>` indicato nell'embed `![[immagini/<hash>]]` della nota (per le figure a più pannelli, tutti i pannelli rilevanti). Le figure del riassunto sono `ris-fig-NN`.
- Le pagine concept/compound/technique richiamano le figure con `[[fig-026]]` o con l'embed `![[immagini/<file>]]` (da `panels[].embed`). Le figure con `flags` o `review_notes` (Figure 26, 27, 29, 58, 66, 67, 69 hanno discrepanze didascalia/testo; anche la 62, la 76, la 52 e lo schema `fig-x-94f3f4` hanno note) vanno citate con l'avvertenza.
+3. Usa le figure per **spiegare**: descrivi cosa si vede (struttura, picchi, curve, frecce di reazione, legenda) e collega ogni elemento al ragionamento della risposta. Cita sempre il percorso del file, così l'utente può aprirla: `raw/immagini/<hash>` (e la nota `[[fig-NNN]]`). Non limitarti a elencare i numeri di figura.
- `compounds` nel catalogo sono numeri della tesi; `concepts` sono slug candidati, non nomi definitivi: crea la pagina solo se la regola dei ≥2 usi è soddisfatta.
+4. Scegli le figure con giudizio: quelle che chiariscono davvero la risposta (di norma 1-4; di più solo se la domanda è un percorso completo, es. l'intera sintesi). Se non c'è una figura utile, non forzarla.
 5. **Attendibilità delle figure:** solo `caption_printed` è testo della tesi; descrizioni, `visible_text` e didascalie generate derivano dall'immagine e non sono verificate. Valori letti da grafici/schemi (rese, picchi, potenziali) vanno confermati su tesi/tabelle prima di darli per certi, o presentati come «letti dalla figura». Figure con `flags`/`review_notes` (Fig. 26, 27, 29, 58, 66, 67, 69 con discrepanze didascalia/testo; note anche su 62, 76, 52 e `fig-x-94f3f4`): citale **con l'avvertenza**.
-## Regole di organizzazione dei dati
+### 3. Sintesi e integrazione con la conoscenza del modello
- Pagine sopra ~1.500 parole vanno spezzate per argomento in hub + sottopagine (es. `ciclovoltammetria` = procedura, `cv-teoria`, `cv-analisi-onset`; i risultati in `cv-risultati`); i link in entrata puntano alla sottopagina che contiene la tabella o l'equazione.
+Dopo il retrieval, costruisci la risposta più **articolata e completa** possibile:
- Una tabella o un dato sta in **una sola pagina**: quella dove la tesi lo discute (per es. Tab. 5 in `dpp-2`, Tab. 14-15 in `cv-risultati`). Le altre pagine rimandano con wikilink; fanno eccezione i riepiloghi comparativi (es. in `uv-vis-fluorescenza`), che citano la tabella di origine.
+- **Parti dalla wiki**: ciò che la tesi afferma, con i dati esatti, le condizioni e le citazioni.
- Le pagine riorganizzano per argomento, non per capitolo, senza eliminare informazioni: procedure con quantità in tabella, condizioni, assegnazioni e ragionamenti della tesi restano, con `tesi_loc` e righe.
+- **Poi arricchisci** con la tua conoscenza generale per spiegare il *perché* e il *come*: meccanismi, motivazioni chimico-fisiche, definizioni, analogie, ordini di grandezza, contesto. Lo scopo è rendere comprensibile ciò che la tesi dice, non aggiungere nuovo contenuto.
- Composti sperimentali: `dpp-1`, `dpp-2`, `copolimeri-3a-3b-3c`, `bottle-brush-3-x`. La numerazione dei composti del cap. 1 (1-48) è un'altra: non confonderle.
+- **Vincolo di perimetro:** l'integrazione deve restare **dentro gli argomenti della tesi** (vedi «Argomenti ammessi»). Niente digressioni su temi, materiali, applicazioni o tecniche che la tesi non tratta, anche se correlati. Nel dubbio, tralascia.
 - **Separa visibilmente** ciò che viene dalla wiki da ciò che aggiungi tu: le integrazioni sono marcate _(conoscenza generale)_ o raccolte in una sezione dedicata «Approfondimento». Le tue deduzioni sui dati sono _(inferenza)_. Non attribuire mai alla tesi ciò che non c'è.
 - Se la conoscenza generale e la tesi divergono, riporta la tesi, segnala la divergenza e non correggerla in silenzio.
 - Se la wiki e `raw/tesi.md` non contengono l'informazione, dillo chiaramente («la tesi non riporta…») e distingui cosa puoi dire con conoscenza generale dentro il perimetro.
-## Difetti noti della tesi
+## Profondità e completezza (priorità alta)
-Raccolti in `wiki/analyses/difetti-noti.md` (hub) e nelle sottopagine `difetti-bibliografia`, `difetti-figure`, `difetti-dati` (le altre pagine rimandano all'hub o alla sottopagina): bibliografia con voce 44 duplicata della 1; voci 20, 22, 36, 54 incomplete o con testo spurio; voce 55 in formato RIS grezzo (e citata per dati del P3HT); DOI errati nelle voci 47, 48 (corretto 10.1080/15583720802231833) e 49; voci 47, 49, 54 non identificabili; PDI di 3b (Tab. 9) incoerente con Mw/Mn; % DPP di 3c (35 vs 36); bandgap delle Conclusioni (3,42-4,30 eV) incoerente con Tab. 14; tre riferimenti incrociati rotti in §3.3; discrepanze figura/testo (anche Fig. 62, 76). Il segnaposto «paragrafo XX (XX)» e altri difetti della versione precedente non risultano più presenti.
+Le risposte devono essere **approfondite e complete**, non sintetiche. Salvo che l'utente chieda esplicitamente una risposta breve, adotta per default la forma estesa:
 - **Copri tutte le dimensioni della domanda:** definizione e contesto, meccanismo o motivazione chimico-fisica, dati e condizioni sperimentali, confronto tra composti o campioni, risultati e interpretazione data dalla tesi, limiti, difetti noti, collegamenti con altre sezioni e con la research question (ACQ, integrità elettrochimica del core DPP).
 - **Recupero ampio prima di scrivere:** leggi tutte le pagine pertinenti (concetto, composto, tecnica, risultati, analisi dei difetti), non fermarti alla prima che risponde. Nel dubbio se una pagina serva, leggila.
 - **Spiega, non elencare:** per ogni risultato dì cosa significa e perché, usando la conoscenza generale (marcata) per rendere comprensibili meccanismi, definizioni e ordini di grandezza, sempre dentro il perimetro della tesi.
 - **Dati completi:** riporta i valori rilevanti (anche in tabella) con unità e condizioni, non solo la conclusione qualitativa.
 - **Figure:** usale ogni volta che chiariscono (struttura, schema, spettro, grafico) e commentale in dettaglio.
 - **Nessun troncamento:** non tagliare per brevità né rimandare l'utente a leggere la tesi al posto di spiegare; se la risposta è lunga, struttura con titoli e chiudi con una sintesi dei punti chiave.
 - Completezza non significa invenzione: ciò che la tesi non riporta resta dichiarato come lacuna.
-## Workflow
+## Forma della risposta
 - Struttura con titoli e sottotitoli brevi; apri con una **risposta diretta** (2-4 righe), poi sviluppa: contesto/concetto → dati e risultati → meccanismo/spiegazione → collegamenti con altre parti della tesi → limiti e avvertenze. Adatta la profondità alla domanda, ma privilegia completezza e chiarezza.
 - Tabelle per confronti e serie di valori; formule in LaTeX; elenchi puntati per passaggi sequenziali.
 - Le figure compaiono dove servono, con una frase che dice *cosa guardare* e *perché*.
 - Chiudi con una riga «Per approfondire» con le pagine wiki più utili (`[[...]]`) e, se pertinente, domande collegate.
-### Ingest (per capitolo, non per fonte)
+## Citazioni e fedeltà dei dati
-Ordine: Abstract/Introduzione/Scopo (concepts, research question) → Procedure sperimentali (compounds, techniques) → Discussione (dati, overview) → Conclusioni → bibliografia.
+- **Ogni affermazione non banale dalla tesi cita la posizione**: `(§4.2, Tab. 14, r.812)` e, se serve, il riferimento bibliografico `[[01-bao-2020|1]]` (numero della tesi). Usa `tesi_loc` delle pagine come localizzatore; i numeri di riga riferiscono `raw/tesi.md`. Cita anche la pagina wiki da cui hai preso l'informazione.
-1. Leggi per intero il capitolo/sezione in `raw/tesi.md` e le figure collegate (`sections[].figure_ids`).
+- **Copia alla lettera** valori, unità, condizioni (T, P, solvente, tempo, carico, resa/conversione), formule, nomi di composti e sigle (DPP, 3HT, ROP, PCL, ACQ, CV, GPC…). Non convertire, arrotondare o riassumere dati sperimentali. Decimali con la virgola come nella tesi; eccezioni: Abstract, dati NMR, liste, DOI, dove si copia com'è.
-2. Dopo il primo capitolo, discuti 3–5 takeaway e chiedi cosa enfatizzare; poi procedi a blocchi senza chiedere ogni volta.
+- Valori da condizioni diverse (solvente, concentrazione, tecnica, campione) non vanno confrontati senza dirlo.
-3. Crea/aggiorna `concepts/`, `compounds/`, `techniques/`; segnala discrepanze in `analyses/difetti-noti.md`.
+- **Difetti noti** (hub `wiki/analyses/difetti-noti.md`): se un dato su cui ti basi ne ha uno, segnalalo e non correggerlo. Esempi: PDI di 3b (Tab. 9) incoerente con Mw/Mn; % DPP di 3c (35 vs 36); bandgap delle Conclusioni (3,42-4,30 eV) incoerente con Tab. 14; correlazione «lineare» (r.1228) vs «non lineare con plateau» (Conclusioni, §4.4.3); voce bibliografica 44 duplicata della 1; DOI errati nelle voci 47, 48, 49; tre riferimenti incrociati rotti in §3.3.
-4. Aggiorna `wiki/tesi.md` (mappa), `overview.md` se la sintesi cambia, `bibliografia.md` se tocchi riferimenti.
+- **Procedure sperimentali (cap. 3):** riporta i dati necessari alla domanda con rimando a paragrafo e righe; non riscrivere l'intera procedura salvo richiesta esplicita.
-5. Rigenera le figure se `raw/immagini.json` è cambiato.
+- **Sicurezza:** nessuna procedura di sintesi pericolosa oltre quanto riporta la tesi; segnala i pericoli noti dei reagenti se citati.
-6. Aggiorna `index.md` e appendi a `log.md`.
+- Mai inventare dati, fonti, numeri di figura/tabella o citazioni. Se non sai, dillo.
-### Riallineamento a una nuova versione della tesi
+## Salvataggio delle risposte
-Su richiesta dell'utente, quando `raw/` riceve una nuova versione (docx):
+Non scrivere nulla di tua iniziativa. Se la risposta è particolarmente articolata e durevole, puoi **proporre** in una riga di salvarla in `wiki/analyses/`; procedi solo se l'utente accetta (in tal caso rispetta frontmatter, `tesi_loc`, sezione `## Collegamenti` e aggiungi una voce `query` a `log.md` e a `index.md`).
 1. Converti il docx in `raw/tesi.md` con le stesse convenzioni (anchor `_Toc`, citazioni `<sup>[N](#ref-N)</sup>`, tabelle pipe, immagini `immagini/<hash>`), riusando il markup esistente dove il testo è invariato. Le figure vettoriali del docx si rendono (es. LibreOffice) e si confrontano con i file esistenti: i file invariati restano, solo i nuovi si aggiungono, con nome = hash del file.
 1b. Verifica le immagini contro il docx, non solo il testo: converti il docx in PDF (LibreOffice), estrai le figure e confrontale con `raw/immagini/`; per i grafici Excel/Word nativi confronta i dati di `word/charts/chartN.xml` con quelli dell'immagine (una figura può restare vecchia anche se testo e tabelle sono aggiornati: caso Fig. 72-74, 46, 54, 63).
 2. Aggiorna `raw/immagini.json` (numerazione, righe, nuove figure con descrizioni non verificate), `raw/bibliografia.json` e le schede in `raw/fonti/` (rinomina `NN-…`, righe di citazione; nuove voci da Crossref); rigenera `wiki/figures/` e `wiki/bibliografia.md`.
 3. Rimappa nella wiki righe, numeri di figura, tabella e riferimento, poi rivedi pagina per pagina i contenuti cambiati (valori, tabelle, formule) e aggiorna `difetti-noti`, `dati.md`, `tesi.md`, `index.md`, `log.md`. Pagine derivate obsolete si cancellano solo con conferma.
-### Query
+## Storico
-Leggi `index.md` e le pagine rilevanti (non rileggere `raw/` se la wiki basta); rispondi in italiano con citazioni `[[...]]` e `tesi_loc`; proponi di salvare in `analyses/` le risposte durevoli; log `query`.
+Lo schema di manutenzione (ingest, riallineamento, lint, regole di scrittura della wiki) è nella cronologia git di questo file, fino al commit `eb672df`; per interventi di manutenzione l'utente lo richiederà esplicitamente.
 ### Lint (su richiesta o ogni ~10 ingest)
 Esegui `python scripts/lint.py` (link rotti, pagine orfane, frontmatter, coerenza `figures`/`refs` con il corpo, figure citate per numero senza link né embed, figure senza pagina tematica, numeri non presenti in `raw/tesi.md`, slug concetto candidati). Poi controlli semantici a mano: contraddizioni, valori che non tornano con `raw/tesi.md`, pagine oltre ~1.500 parole da spezzare. Riporta; le correzioni meccaniche (spaziatura, frontmatter) si applicano subito, il resto dopo conferma. Log `lint`.
 ## index.md e log.md
 - `index.md`: catalogo per categoria (Overview e navigazione, Tesi e bibliografia, Concetti, Composti, Tecniche, Figure, Analisi), voci `- [[pagina]] — riga di sintesi`; le sottopagine sono annidate sotto il loro hub; conteggi aggiornati. Le figure (80 della tesi e 11 del riassunto) non si elencano una per una: una riga con link alla cartella e il conteggio per tipo.
 - `log.md`: append-only, mai riscrivere le voci vecchie. Prefisso `## [YYYY-MM-DD] tipo | titolo` con tipo ∈ `setup, ingest, query, lint, schema`. Parsing: `grep "^## \[" log.md | tail -5`.
 ## Regole d'oro
 - Mai modificare `raw/`. Mai inventare dati, fonti o citazioni.
 - Prima di cancellare o rinominare pagine chiedi conferma e aggiorna i link in entrata.
 - Cambi allo schema: proponi, attendi ok, poi registra in `log.md` (tipo `schema`).
 - Lavoro proporzionato: nessuna pagina "per dopo".
@@ -0,0 +1,5 @@
 # GEMINI.md — Wiki della tesi (Gemini CLI)
 Questo repo è una LLM-wiki in **sola lettura** sulla tesi «Sintesi e caratterizzazione di copolimeri bottle brush foto-elettro attivi». Leggi `CLAUDE.md` alla radice: contiene lo schema completo di consultazione (retrieval dalla wiki e dalle figure, integrazione con conoscenza generale entro il perimetro della tesi, citazioni, difetti noti). Non modificare `wiki/`, `raw/`, `index.md`, `log.md` salvo richiesta esplicita. Rispondi in italiano.
 Skill in `.agents/skills/`: `tesi-query` (domande generali), `tesi-figure` (immagini), `tesi-dati` (valori e tabelle), `tesi-fonti` (bibliografia), `tesi-narrate` (briefing, spiegazione o lezione citati).
@@ -0,0 +1,188 @@
 # LLM-wiki della tesi — prototipo dimostrativo
 > **Prototipo dimostrativo, non un prodotto.** Mostra come trasformare uno o più documenti tecnici (qui una sola tesi) in una base di conoscenza che un agente LLM può interrogare, con risposte che citano la posizione nella fonte e mostrano le figure. Le risposte vanno verificate sulla fonte (vedi [Limiti](#limiti-e-avvertenze)).
 La tesi è **«Sintesi e caratterizzazione di copolimeri bottle brush foto-elettro attivi»** (Chimica Industriale, Università di Bologna, Dip. «Toso Montanari», a.a. 2025-2026; candidata Aurora Luzi, relatore Dr. Stefano Scurti): semiconduttori polimerici emissivi π-coniugati con scheletro DPP-3HT e catene laterali di PCL.
 **In breve**
 - Il repository segue lo schema della *LLM Wiki* di Karpathy ed è compatibile con **Obsidian**.
 - Non usa un RAG vettoriale: la conoscenza è compilata in pagine Markdown collegate e l'agente la consulta navigando.
 - Anche le **figure** sono indicizzate, così l'agente le trova, le guarda e le usa per spiegare.
 ## Indice
 [Idea](#idea) · [Architettura](#architettura) · [Come si usa](#come-si-usa) · [Come è costruito](#come-è-costruito) · [Le figure](#le-figure) · [Come risponde](#come-risponde-a-una-domanda) · [Limiti](#limiti-e-avvertenze)
 ## Idea
 **Perché non un RAG classico.** Un RAG richiede di spezzare i documenti in chunk, trasformarli in vettori (embedding) e mantenere un indice vettoriale: passaggi dispendiosi, da rifare a ogni modifica delle fonti. Qui la conoscenza è **compilata una volta** in pagine Markdown collegate (concetti, composti, tecniche, figure, dati, difetti noti). L'agente la interroga **navigando** indice, link e ricerca testuale, legge le pagine intere e compone la risposta, senza vettorizzazione né chunking.
 **Aggiornabile.** La wiki si estende o si corregge (nuove fonti, nuove versioni della tesi) con i flussi della LLM Wiki (ingest, lint, riallineamento), toccando solo le pagine interessate e senza ricostruire alcun indice. Questo approccio tende a essere più semplice da mantenere di un RAG.
 **Compromesso.** La navigazione per indice funziona su una wiki di queste dimensioni (una tesi); su corpora molto grandi potrebbe non scalare _(inferenza)_.
 ## Architettura
 _Il diagramma mostra i tre ingredienti del sistema e come arrivano alla risposta: le fonti (blu) vengono compilate nella wiki (verde); l'agente (rosa) legge la wiki e segue le regole (giallo) per produrre la risposta._
 ```mermaid
 flowchart LR
    R["raw/<br/>fonti immutabili"] -->|"compilate in"| W["wiki/<br/>pagine collegate"]
    W -->|"consultata da"| A["Agente LLM"]
    S["CLAUDE.md + skill<br/>regole di consultazione"] -->|"guidano"| A
    A -->|"produce"| U["Risposta citata<br/>con figure"]
    classDef fonte fill:#dbeafe,stroke:#1e40af,color:#111
    classDef wiki fill:#dcfce7,stroke:#166534,color:#111
    classDef regole fill:#fef9c3,stroke:#854d0e,color:#111
    classDef agente fill:#fce7f3,stroke:#9d174d,color:#111
    classDef script fill:#e5e7eb,stroke:#374151,color:#111
    class R fonte
    class W wiki
    class S regole
    class A,U agente
 ```
 **Legenda colori (valida per tutti i diagrammi):** 🟦 fonti in `raw/` · 🟩 wiki in `wiki/` · 🟨 regole e skill · 🟪 agente e risposta · ⬜ script. Le frecce con etichetta indicano l'azione che collega due blocchi.
 | Livello | Cartella | Ruolo |
 |---|---|---|
 | Fonti | `raw/` | Tesi, riassunto, immagini, catalogo figure, bibliografia. Sola lettura. |
 | Wiki | `wiki/` | Concetti, composti, tecniche, figure, dati, analisi dei difetti. Scritta e mantenuta dall'LLM. |
 | Regole | `CLAUDE.md`, `.agents/skills/` | Come l'agente recupera, integra e cita. |
 ```
 CLAUDE.md                schema di consultazione (regole RAG)
 AGENTS.md  GEMINI.md     puntatori a CLAUDE.md per Codex, Antigravity, Gemini CLI
 .agents/skills/          tesi-query, tesi-figure, tesi-dati, tesi-fonti, tesi-narrate
 .claude/skills           link simbolico a .agents/skills (per Claude Code)
 index.md   log.md        catalogo delle pagine e registro delle modifiche
 raw/                     tesi.md, immagini/, immagini.json, bibliografia.json, fonti/, riassunto
 wiki/                    overview, concepts/, compounds/, techniques/, figures/, analyses/, dati.md, ...
 scripts/                 gen_figures.py, gen_bibliografia.py, lint.py
 ```
 `wiki/` si apre anche con **Obsidian** (link `[[wikilink]]`, configurazione in `.obsidian/`).
 ## Come si usa
 1. Clona il repository e aprilo con un agente a riga di comando: **Claude Code**, **Codex** o **Antigravity CLI**. Skill e file di schema (`CLAUDE.md`, `AGENTS.md`) vengono trovati da soli. Obsidian è facoltativo, serve solo per sfogliare la wiki.
 2. Fai una domanda in italiano, per esempio:
   - «Perché il PCL evita l'ACQ allo stato solido?»
   - «Confronta il band gap elettrochimico dei campioni bottle brush e mostrami i voltammogrammi.»
   - «Come si ottiene lo scheletro DPP-3HT? Mostrami lo schema di sintesi.»
   - «Chi ha proposto il meccanismo di formazione del DPP citato nella tesi?»
 3. Puoi invocare una skill per nome: `tesi-query` (domande generali), `tesi-figure` (immagini), `tesi-dati` (valori e tabelle esatti), `tesi-fonti` (bibliografia), `tesi-narrate` (briefing, spiegazione o lezione citati).
 La wiki è usata **in sola lettura**: l'agente non la modifica salvo richiesta esplicita. Lo schema di manutenzione (ingest, riallineamento, lint) resta nella cronologia git di `CLAUDE.md`, fino al commit `eb672df`.
 ## Come è costruito
 _Il diagramma segue il materiale dal documento originale alla wiki, in quattro passi da sinistra a destra._
 ```mermaid
 flowchart LR
    T["1 Tesi<br/>docx / PDF"] -->|"estrazione"| M["2 MinerU"]
    M -->|"Markdown + figure"| R["3 raw/<br/>testo, immagini,<br/>catalogo, bibliografia"]
    R -->|"lettura per capitolo"| L["4 Ingest LLM"]
    L -->|"scrive"| W["wiki/<br/>pagine per argomento"]
    classDef fonte fill:#dbeafe,stroke:#1e40af,color:#111
    classDef wiki fill:#dcfce7,stroke:#166534,color:#111
    classDef regole fill:#fef9c3,stroke:#854d0e,color:#111
    classDef agente fill:#fce7f3,stroke:#9d174d,color:#111
    classDef script fill:#e5e7eb,stroke:#374151,color:#111
    class T,R fonte
    class M script
    class L agente
    class W wiki
 ```
 1. **Tesi:** il documento di partenza. 2. **MinerU:** lo converte in Markdown e ritaglia le figure. 3. **`raw/`:** raccoglie il risultato (testo, immagini, catalogo delle figure, bibliografia) e non si modifica più. 4. **Ingest:** un LLM legge `raw/` capitolo per capitolo e scrive la wiki.
 - **Estrazione con [MinerU](https://github.com/opendatalab/MinerU).** Strumento open source che converte documenti in Markdown strutturato, con tabelle, formule in LaTeX e figure ritagliate come file immagine. Il suo output è la base di `raw/tesi.md` (1446 righe) e di `raw/immagini/` (file con nome = hash). Il testo è stato poi riallineato alla versione Word della tesi con le convenzioni dello schema di manutenzione. _I parametri usati non sono registrati nel repository._
 - **Catalogo delle figure e bibliografia.** Un catalogo (`raw/immagini.json`) e 63 riferimenti (`raw/bibliografia.json`, schede in `raw/fonti/` con citazione verificata, DOI, abstract e frasi della tesi che li citano).
 - **Compilazione della wiki.** Un LLM legge la tesi capitolo per capitolo e scrive le pagine organizzate **per argomento**, con il localizzatore `tesi_loc` (sezione e righe di `raw/tesi.md`) in ogni pagina.
 - **Parti generate da script.** `gen_figures.py` (schede figura e indice) e `gen_bibliografia.py` (bibliografia) rigenerano le pagine derivate dai cataloghi; `lint.py` controlla link rotti, pagine orfane, frontmatter, coerenza di figure e riferimenti, e che i numeri nelle pagine compaiano in `raw/tesi.md`.
 ## Le figure
 Schemi di sintesi, strutture, spettri e voltammogrammi non si trovano cercando parole, quindi ogni figura è stata resa ricercabile e collegata al testo.
 _Il diagramma mostra come i file immagine diventano schede ricercabili: due ingressi (le immagini e il testo della tesi) confluiscono nel catalogo, da cui uno script genera le schede._
 ```mermaid
 flowchart LR
    F["1a File immagine<br/>da MinerU"] -->|"descritti"| C["2 Catalogo<br/>immagini.json"]
    T["1b raw/tesi.md<br/>righe e didascalie"] -->|"collegate"| C
    C -->|"letto da"| G["3 gen_figures.py"]
    G -->|"genera"| N["4 wiki/figures/<br/>una scheda per figura"]
    classDef fonte fill:#dbeafe,stroke:#1e40af,color:#111
    classDef wiki fill:#dcfce7,stroke:#166534,color:#111
    classDef regole fill:#fef9c3,stroke:#854d0e,color:#111
    classDef agente fill:#fce7f3,stroke:#9d174d,color:#111
    classDef script fill:#e5e7eb,stroke:#374151,color:#111
    class F,T,C fonte
    class G script
    class N wiki
 ```
 1. **Ingressi:** i file immagine (1a) e il testo della tesi con posizione e didascalia di ogni figura (1b). 2. **Catalogo:** unisce descrizione, testo visibile, composti, concetti e righe di citazione per ogni figura. 3. **Script:** legge il catalogo. 4. **Schede:** una per figura, pronta da cercare e da incorporare in Obsidian.
 - **Figure logiche.** I file sono raggruppati in 80 figure della tesi e 11 del riassunto (una figura può avere più pannelli, quindi più file: per questo i conteggi di file e figure non coincidono). Id stabile `fig-NNN`, oppure `fig-x-<hash>` per gli schemi di §3.2 senza numero.
 - **Catalogo `raw/immagini.json`.** Per figura: posizione nella tesi, **didascalia stampata**, descrizione e testo visibile per pannello (scritti guardando l'immagine), composti, concetti, parole chiave, tipo (struttura, schema di reazione, meccanismo, spettro, voltammogramma, grafico, foto…), righe che la citano, confidenza e note di revisione.
 - **Revisione.** Una verifica indipendente segnala le discrepanze (es. didascalia che non descrive l'immagine: Fig. 26, 27, 29, 58, 66, 67, 69); sono segnalate, non corrette. Dopo ogni nuova versione della tesi le immagini sono state confrontate con il Word e quelle vecchie sostituite.
 - **Schede derivate.** `gen_figures.py` genera `wiki/figures/fig-NNN.md` (con l'immagine incorporata in Obsidian) e `figure-indice.md`, e aggiunge in fondo le pagine wiki che usano la figura. Non si modificano a mano: si corregge il catalogo e si rigenera.
 Solo la didascalia stampata è testo della tesi; il resto deriva dall'immagine e **non è verificato**. _Non è registrato nel repository quale modello abbia prodotto descrizioni e revisione._
 **Uso nelle risposte.** L'agente arriva alla figura dai link nelle pagine già lette, da `figure-indice.md` o cercando per composto o concetto nelle schede. Poi apre il file in `raw/immagini/` e lo guarda davvero, perché la sola descrizione generata non basta a spiegare un grafico; infine lo commenta (cosa guardare e perché) citando percorso e scheda `[[fig-NNN]]`. I valori letti da un grafico vanno confermati sulla tesi. Regole complete in [`tesi-figure`](.agents/skills/tesi-figure/SKILL.md).
 ## Come risponde a una domanda
 _Il diagramma va letto dall'alto in basso: l'agente prima cerca e legge, poi verifica, poi (solo se serve) guarda le figure, infine scrive._
 ```mermaid
 flowchart TD
    Q["Domanda"] --> N["1 Naviga<br/>indice, glossario, dati, campioni"]
    N --> L["2 Legge le pagine intere<br/>e segue i link"]
    L --> V["3 Verifica i valori<br/>su raw/tesi.md e difetti noti"]
    V --> F{"Servono figure?"}
    F -->|"sì"| G["4 Apre la scheda<br/>e guarda l'immagine"]
    F -->|"no"| S
    G --> S["5 Sintesi<br/>tesi prima, poi conoscenza del modello"]
    S --> O["Risposta con citazioni"]
    classDef fonte fill:#dbeafe,stroke:#1e40af,color:#111
    classDef wiki fill:#dcfce7,stroke:#166534,color:#111
    classDef regole fill:#fef9c3,stroke:#854d0e,color:#111
    classDef agente fill:#fce7f3,stroke:#9d174d,color:#111
    classDef script fill:#e5e7eb,stroke:#374151,color:#111
    class Q,O agente
    class N,L,S,G agente
    class V fonte
 ```
 Esempio illustrativo (non è una risposta registrata) con la domanda «Perché il PCL evita l'ACQ allo stato solido?»:
 | Passo | Cosa fa l'agente |
 |---|---|
 | 1 | Dall'indice individua le pagine su ACQ (`acq-e-stato-solido`), PCL (`rop-pcl`) e bottle brush. |
 | 2 | Le legge per intero e segue i link verso le sottopagine su aggregati H/J e caratterizzazione allo stato solido. |
 | 3 | Controlla i valori su `raw/tesi.md` alle righe indicate da `tesi_loc` e verifica che non ci siano difetti noti. |
 | 4 | Trova la figura pertinente, apre il file in `raw/immagini/` e ne descrive il contenuto. |
 | 5 | Spiega prima ciò che dice la tesi, con citazioni, poi il meccanismo con la conoscenza generale marcata. |
 - **Prima la tesi, poi l'integrazione.** I dati vengono dalla wiki e dalla tesi, con posizione (`§4.2, Tab. 14, r.812`) e riferimento bibliografico. La conoscenza generale del modello spiega perché e come, ed è marcata _(conoscenza generale)_; le deduzioni sono _(inferenza)_.
 - **Perimetro.** L'integrazione resta dentro gli argomenti della tesi; fuori perimetro l'agente dice che la tesi non li tratta.
 - **Fedeltà dei dati.** Valori, unità e condizioni copiati alla lettera; valori di condizioni diverse non sono confrontati senza avviso.
 Dettagli in [CLAUDE.md](CLAUDE.md).
 ## Limiti e avvertenze
 - **Prototipo.** Dimostra il metodo su una sola tesi; nessuna garanzia di correttezza.
 - **Contenuto derivato dalle immagini non verificato.** Descrizioni, testo visibile e didascalie generate possono contenere errori.
 - **Difetti della tesi segnalati, non corretti.** In `wiki/analyses/difetti-noti.md`: per esempio PDI di 3b (Tab. 9) incoerente con Mw/Mn, % DPP di 3c (35 o 36), band gap delle Conclusioni incoerente con la Tab. 14, voci bibliografiche duplicate o con DOI errato.
 - **Integrazione del modello.** Le parti marcate _(conoscenza generale)_ o _(inferenza)_ non provengono dalla tesi.
 - **Link simbolico.** `.claude/skills` è un link simbolico: su Windows può richiedere un checkout con supporto ai symlink.
 ## Licenza
 Vedi [LICENSE](LICENSE) (Creative Commons Attribution 4.0 International).
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 # Discorso della presentazione
 Testo da pronunciare per la presentazione di 14 diapositive (titolo, 12 di contenuto, ringraziamenti; più 3 di scorta in fondo), pensato per **12 minuti** (limite: 12 ± 1 min) a un ritmo di circa 135 parole al minuto. Il segno **▶ CAMBIA SLIDE** indica quando passare alla diapositiva successiva. Per ogni slide sono indicati il tempo previsto e il tempo cumulativo a cui dovresti trovarti all'inizio.
 ## Tabella dei tempi
 | # | Slide | Durata | Inizio |
 |---|---|---|---|
 | 1 | Titolo | 0:20 | 0:00 |
 | 2 | Soft optoelectronics | 0:55 | 0:20 |
 | 3 | ACQ | 0:50 | 1:15 |
 | 4 | DPP | 0:55 | 2:05 |
 | 5 | Sistemi polimerici emissivi | 0:55 | 3:00 |
 | 6 | Strategia bottle brush | 0:55 | 3:55 |
 | 7 | Sintesi del monomero | 1:00 | 4:50 |
 | 8 | Copolimerizzazione ossidativa | 1:05 | 5:50 |
 | 9 | Copolimeri lineari spenti | 0:50 | 6:55 |
 | 10 | ROP: bottle brush | 1:05 | 7:45 |
 | 11 | Proprietà ottiche | 1:15 | 8:50 |
 | 12 | Proprietà elettrochimiche | 1:10 | 10:05 |
 | 13 | Conclusioni | 0:50 | 11:15 |
 | 14 | Ringraziamenti | 0:10 | 12:05 |
 Se a metà (slide 8) sei oltre 6:15, taglia le frasi tra parentesi quadre: sono pensate per essere saltabili.
 ---
 ## Slide 1 · Titolo (0:00 – 0:20)
 Buongiorno a tutti, sono Aurora Luzi e presento la mia tesi magistrale, dal titolo «Sintesi e caratterizzazione di copolimeri bottle brush foto-elettro attivi». Il lavoro è stato svolto con il relatore, il dottor Stefano Scurti, e con i correlatori, il professor Massimiliano Lanzi, il dottor Simone Gabellini e il dottor Riccardo Medri.
 **▶ CAMBIA SLIDE**
 ## Slide 2 · Soft optoelectronics (0:20 – 1:15)
 Il lavoro si inserisce nella soft optoelectronics, il ramo che combina emissione e rilevamento della luce con dispositivi flessibili e adattabili. I semiconduttori organici con estesi sistemi π-coniugati sono leggeri e flessibili, e si depositano da soluzione a basse temperature, con una riduzione dei costi e dell'impatto ambientale rispetto ai semiconduttori inorganici rigidi come il silicio.
 Possono convertire segnali elettrici in fotoni, come negli OLED, i diodi organici a emissione di luce, oppure fare il contrario, come nelle celle fotovoltaiche. Per usarli in un dispositivo, però, bisogna governarne le proprietà ottiche ed elettroniche, cioè ingegnerizzare il band gap.
 La strategia d'elezione è l'approccio donatore-accettore: si alternano lungo lo scheletro unità elettron-ricche e unità elettron-deficienti, e il trasferimento di carica intramolecolare che ne deriva riduce il salto energetico e porta assorbimento ed emissione nel visibile.
 **▶ CAMBIA SLIDE**
 ## Slide 3 · ACQ (1:15 – 2:05)
 Questi materiali hanno però un limite importante: spesso perdono le proprietà ottiche allo stato solido. Lo scheletro è altamente planare, quindi le catene vicine tendono a impilarsi, il cosiddetto π-stacking.
 In soluzione le catene sono isolate dal solvente e il materiale emette. Allo stato solido, invece, l'energia dell'eccitone viene dissipata in modo non radiativo e la fluorescenza si smorza. Questo fenomeno si chiama Aggregation-Caused Quenching, in sigla ACQ.
 Il problema è concreto: nello strato emissivo di un OLED serve proprio l'emissione, quindi l'ACQ ne limita le applicazioni pratiche.
 **▶ CAMBIA SLIDE**
 ## Slide 4 · DPP (2:05 – 3:00)
 Come unità accettrice abbiamo scelto il dichetopirrolopirrolo, il DPP, in figura. Il suo nucleo è planare, rigido e fortemente elettron-deficiente. L'elevata coniugazione e i legami a idrogeno tra le unità lattamiche danno una grande stabilità termica, ma anche una scarsa solubilità nei comuni solventi organici.
 Il DPP è però molto versatile. I protoni ammidici si possono deprotonare con basi forti, e l'N-alchilazione elimina i legami a idrogeno e aumenta la solubilità: un semplice metile la accresce di 27 volte in DMF. I sostituenti tiofenici in posizione 3 e 6 sono invece i siti per bromurazione e cross-coupling, e per la polimerizzazione dello scheletro.
 **▶ CAMBIA SLIDE**
 ## Slide 5 · Sistemi polimerici emissivi (3:00 – 3:55)
 Resta da decidere come legare il fluoroforo alla matrice polimerica, e questa scelta influenza drasticamente le proprietà finali. Nei sistemi host-guest, il caso a, il fluoroforo è disperso nella matrice: è semplice, ma l'ospite migra e aggrega, e la resa quantica cala. Nei sistemi cross-linked, il caso d, il cromoforo è ancorato da ponti chimici, ma il materiale diventa fragile e insolubile.
 Restano i sistemi side-chain, caso c, e main-chain, caso b, in cui il fluoroforo è legato covalentemente. Una strategia riuscita è il grafting-from: un DPP con due gruppi ossidrilici inizia la crescita di due catene di policaprolattone, il PCL, per polimerizzazione ad apertura di anello, dando PCL-DPP-PCL. Noi abbiamo esteso questa idea a uno scheletro semiconduttore DPP-3HT, dove 3HT è il 3-esiltiofene.
 **▶ CAMBIA SLIDE**
 ## Slide 6 · Strategia bottle brush (3:55 – 4:50)
 Ecco quindi la domanda di ricerca: un'architettura bottle brush, cioè a spazzola, può superare l'ACQ allo stato solido mantenendo l'integrità elettrochimica del core DPP? L'idea è che le catene laterali separino fisicamente i segmenti planari coniugati.
 Il lavoro si articola in quattro fasi: la sintesi di un monomero ortogonale derivato dal DPP; la copolimerizzazione ossidativa con 3HT per ottenere lo scheletro; l'innesto delle catene laterali di PCL per ROP dell'ε-caprolattone; e infine la caratterizzazione dei materiali.
 Il monomero è ortogonale perché porta due gruppi con ruoli indipendenti: i tiofeni fanno crescere lo scheletro con il cloruro ferrico, mentre i due ossidrili sono gli iniziatori della ROP e daranno le catene di PCL.
 **▶ CAMBIA SLIDE**
 ## Slide 7 · Sintesi del monomero (4:50 – 5:50)
 Prima fase: la sintesi del monomero. Il DPP tiofenico **1** si ottiene per ciclizzazione pseudo-Stobbe tra 2-cianotiofene e diisopropil succinato. Il succinato è aggiunto lentamente, e si è scelto quello diisopropilico, più ingombrato, per ridurre l'autocondensazione di Claisen. Il prodotto è un solido rosso scuro violaceo, con assorbimento a 531 nm ed emissione a 542 nm in THF.
 Poi l'N-alchilazione con 6-bromo-1-esanolo, in DMSO con ter-butossido di potassio, dà il monomero **2**, con due braccia idrossiesiliche. L'avvenuta alchilazione è confermata dal ¹H-NMR, con i multipletti a 4,1 e 3,6 ppm, e dal FT-IR, con la banda dell'O-H a circa 3400 cm⁻¹.
 **▶ CAMBIA SLIDE**
 ## Slide 8 · Copolimerizzazione ossidativa (5:50 – 6:55)
 Seconda fase: il monomero **2** viene copolimerizzato con il 3HT per via ossidativa, con cloruro ferrico in nitrometano e cloroformio anidro. Abbiamo scelto il cloruro ferrico perché non richiede la pre-funzionalizzazione dei monomeri e lavora a temperatura e pressione ambiente, a fronte di un minor controllo su polidispersità e regioregolarità. [L'ossidante è stato rimosso con lavaggi acidi, perché tracce di metalli di transizione spegnerebbero la fluorescenza.]
 Abbiamo alimentato il 20, il 50 e l'80% in moli di DPP, ma, come mostra la tabella, la percentuale reale, determinata via ¹H-NMR, è del 3, 12 e 35% e non supera il 35%: il tiofene, più reattivo e meno voluminoso, addiziona preferenzialmente rispetto al DPP, ingombrante. Le masse molecolari medie in numero sono intorno ai 2000 dalton, e i valori di PDI, tra 1,9 e 3,6, sono attesi per una polimerizzazione non controllata.
 **▶ CAMBIA SLIDE**
 ## Slide 9 · Copolimeri lineari spenti (6:55 – 7:45)
 Come si comportano questi copolimeri? In soluzione di THF i tre hanno profili ottici pressoché identici a quello del monomero, con assorbimento tra 540 e 544 nm ed emissione intorno a 550 nm.
 Allo stato solido, però, il comportamento cambia drasticamente. Come si vede dai film sotto lampada UV, non c'è emissione apprezzabile: l'intenso impaccamento delle catene forma aggregati che disattivano i fluorofori. L'ACQ è quindi confermata. [La DSC non mostra alcuna transizione di fusione, a differenza del P3HT, a conferma della natura random dei copolimeri.] Questo giustifica il passaggio al design bottle brush.
 **▶ CAMBIA SLIDE**
 ## Slide 10 · ROP: i bottle brush (7:45 – 8:50)
 Terza fase: dagli ossidrili di **3b** e **3c** abbiamo fatto crescere le catene di PCL per ROP dell'ε-caprolattone, in toluene a 110 °C con stagno ottanoato come catalizzatore. Dosando il monomero sul numero di ossidrili, abbiamo ottenuto catene laterali nominali di 1500, 5000 e 10000 dalton, per un totale di sei bottle brush. Il copolimero **3a** non è stato usato per la scarsa efficienza della sua via sintetica.
 L'innesto è confermato dal ¹H-NMR, con il tripletto del PCL a circa 4,0 ppm, e dal FT-IR: scompare la banda dell'O-H e compare il C=O estereo a circa 1720 cm⁻¹.
 Le masse molecolari da GPC, in tabella, sono significativamente sottostimate rispetto ai valori teorici: la GPC separa per volume idrodinamico, e un polimero molto ramificato è compatto in soluzione. Questo conferma indirettamente la struttura ramificata e altamente impaccata. L'unica eccezione è **3.3c**, che si discosta dall'andamento.
 **▶ CAMBIA SLIDE**
 ## Slide 11 · Proprietà ottiche (8:50 – 10:05)
 Veniamo alla caratterizzazione ottica. In soluzione di THF tutti i bottle brush hanno assorbimento tra 544 e 554 nm, emissione tra 557 e 564 nm e Stokes shift tra 8 e 14 nm. Quindi la funzionalizzazione sterica non perturba l'integrità elettronica del core DPP, e il basso Stokes shift conferma che il cromoforo resta planare.
 Poi il passaggio decisivo: lo stato solido, studiato sul campione **3.2b**. Nel grafico la linea continua è la soluzione e quella tratteggiata il solido; in nero l'assorbimento, in rosso l'emissione. Allo stato solido l'assorbimento si sposta verso il rosso, a 570-580 nm, per la planarizzazione dello scheletro. L'emissione si allarga e si sposta a 650-660 nm, con uno Stokes shift di circa 80-90 nm: è il segno di una forte aggregazione, con stati di tipo H e J secondo il modello di Kasha.
 Nonostante questi riarrangiamenti, però, il bottle brush mantiene un'apprezzabile emissione nel rosso. Le catene di PCL agiscono da spaziatore sterico e attenuano i percorsi di disattivazione non radiativa tipici dell'ACQ.
 **▶ CAMBIA SLIDE**
 ## Slide 12 · Proprietà elettrochimiche (10:05 – 11:15)
 Resta da verificare che il design bottle brush non comprometta le proprietà elettroniche, da cui dipende il comportamento da semiconduttore. Con la ciclovoltammetria, calibrata sul ferrocene, abbiamo ricavato HOMO, LUMO e band gap elettrochimico.
 Nei copolimeri lineari il band gap cresce da 0,97 a 1,37 elettronvolt all'aumentare della frazione reale di DPP, dal 3 al 35%: la crescita è marcata a basse percentuali e poi tende a un plateau, come si vede nel grafico. Il DPP riduce la lunghezza di coniugazione effettiva e stabilizza il LUMO, favorendo l'iniezione di elettroni: la composizione monomerica diventa quindi un parametro di controllo del band gap.
 Nei bottle brush il band gap è compreso tra 0,929 e 1,521 elettronvolt. I processi redox avvengono sul core DPP-3HT, mentre i rami alifatici fungono da matrice dielettrica: l'elettroattività dello scheletro è conservata.
 **▶ CAMBIA SLIDE**
 ## Slide 13 · Conclusioni (11:15 – 12:05)
 Per concludere. Abbiamo ottenuto tre copolimeri statistici e due serie di bottle brush con catene di PCL di lunghezza nominale crescente. Il design proposto combina proprietà elettrochimiche modulabili e capacità emissiva allo stato solido: il bottle brush **3.2b** mantiene un'apprezzabile emissione nel rosso, e il PCL agisce da spaziatore sterico.
 I limiti del lavoro sono l'integrazione di DPP non superiore al 35%, l'esclusione di **3a** dall'innesto, la sottostima dei pesi molecolari da GPC e le discrepanze di **3.3c**, da indagare con ulteriori analisi.
 La prospettiva è l'impiego di questi materiali in dispositivi optoelettronici, in particolare come strato elettro-luminescente in OLED.
 **▶ CAMBIA SLIDE**
 ## Slide 14 · Ringraziamenti (12:05 – 12:15)
 Ringrazio il relatore, i correlatori e tutti voi per l'attenzione. Sono a disposizione per le domande.
 ---
 ## Durante la discussione: slide di scorta
 Dopo la slide 14 ci sono tre diapositive di scorta; per mostrarle torna indietro con le frecce o digita il numero della slide.
 | Slide | Quando usarla |
 |---|---|
 | 15 · UV-Vis ed emissione di **1** e **2** | domande sull'effetto dell'alchilazione: 531 → 541 nm per l'effetto induttivo donatore delle catene alifatiche, che destabilizza l'HOMO e restringe il band gap ottico |
 | 16 · Pesi molecolari dei bottle brush | domande su GPC e NMR: il rapporto GPC/¹H-NMR tende a 1 con pochi siti di innesco (3.2b: 1,0) e scende fino a 0,4-0,5 con più catene laterali (3.2c, 3.3c) |
 | 17 · HOMO, LUMO e band gap | domande sui valori elettrochimici dei singoli campioni |
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 # Regole della presentazione
 ## Tempi
 - Esposizione dell'elaborato: 12 ± 1 min.
 - Discussione con la Commissione: circa 15 min.
 ## Scelte per questa presentazione
 - 12 diapositive di contenuto, escluse la prima (titolo) e l'ultima (ringraziamenti): 14 diapositive in totale.
 ## Modalità
 - Per esporre il vostro lavoro preparate una presentazione seguendo la struttura del Riassunto della Tesi. Accertatevi di esporla entro il tempo assegnato, utilizzando 12-13 diapositive. La media è quella di un minuto per diapositiva, ma potranno esserci diapositive su cui dovrete soffermarvi più a lungo e altre che prenderanno pochi secondi.
 - Per la presentazione dovrà essere utilizzato il PC d'aula. Il file deve essere in formato PowerPoint o PDF. Accertatevi in anticipo che il file sia letto correttamente, soprattutto nel caso di impiego di animazioni.
 - Esponete con un ritmo scorrevole e regolare i contenuti essenziali del vostro lavoro. Lo scopo non è quello di riferire minuziosamente ogni particolare dell'attività svolta, ma solo i passaggi importanti, considerando noto ciò che appartiene alla cultura generale di un chimico industriale.
 - Se nella presentazione dovete tralasciare qualche precisazione che la appesantirebbe, preparate delle diapositive di scorta da mostrare, se necessario, durante la discussione con la Commissione.
 - Evitate di leggere esclusivamente i testi delle diapositive, ma curate che questi siano sintetici e limitati a 1-2 argomenti per diapositiva. Evitate il ricorso ad acronimi senza averne prima espresso il significato.
 - Accertatevi che testi, didascalie e immagini siano visibili con sufficiente chiarezza ed evitate accostamenti bizzarri. Utilizzate preferibilmente i caratteri "a bastone" (ad es. Verdana, Arial) di dimensione uguale o maggiore di 18.
 - La Commissione valuterà soprattutto l'originalità dell'argomento, la correttezza metodologica, il livello di approfondimento, la capacità espositiva e di presentazione dell'elaborato.
@@ -1,274 +0,0 @@
 ---
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 ## Tesi magistrale in Chimica Industriale · a.a. 2025-2026
 # Sintesi e caratterizzazione di copolimeri bottle brush foto-elettro attivi
 **Candidata:** Aurora Luzi
 **Relatore:** Dr. Stefano Scurti
 **Correlatori:** Prof. Massimiliano Lanzi · Dr. Simone Gabellini · Dr. Riccardo Medri
 Dipartimento di Chimica Industriale "Toso Montanari" · Università di Bologna
 ---
 # <small>Contesto</small>Soft optoelectronics
 - **Semiconduttori organici π-coniugati**: leggeri, flessibili, depositabili da soluzione a bassa temperatura
 - Convertono segnali elettrici in luce (**OLED**, diodi organici a emissione di luce) o viceversa (celle fotovoltaiche)
 - Per usarli serve **ingegnerizzare il band gap**
 > **Approccio donatore-accettore (D-A)**: unità elettron-ricche ed elettron-deficienti alternate lungo lo scheletro → trasferimento di carica intramolecolare → assorbimento ed emissione nel visibile
 ---
 # <small>Il problema</small>Aggregation-Caused Quenching (ACQ)
 Lo scheletro π-coniugato è planare: le catene vicine si impilano (**π-stacking**).
 | | In soluzione | Allo stato solido |
 |---|---|---|
 | Catene | isolate dal solvente | vicine, π-stacking |
 | Energia eccitonica | emissione | dissipazione non radiativa |
 | Fluorescenza | presente | **smorzata (ACQ)** |
 > Nello strato emissivo di un OLED serve proprio l'emissione: l'ACQ ne limita le applicazioni
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 # <small>L'unità accettrice</small>Dichetopirrolopirrolo (DPP)
 ![bg right:46% fit](images/fig1-dpp.jpg)
 - Nucleo **planare, rigido ed elettron-deficiente**
 - π-stacking e legami a idrogeno → alta stabilità termica, ma **scarsa solubilità**
 - **N-alchilazione**: elimina i legami H e aumenta la solubilità (×27 con un metile in DMF)
 - Tiofeni in posizione 3 e 6: siti di **polimerizzazione**
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 # <small>Come legare il fluoroforo</small>Sistemi emissivi
 ![bg right:50% fit](images/fig-sistemi-fluorofori.png)
 - **Host-guest**: migrazione e aggregazione dell'ospite
 - **Cross-linked**: materiale fragile e insolubile
 - **Side-chain** e **main-chain**: fluoroforo legato covalentemente
 - **Grafting-from**: DPP con due OH innesca la ROP del PCL → PCL-DPP-PCL
 - Qui: stessa strategia su scheletro **DPP-3HT**
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 # <small>Scopo</small>Strategia bottle brush
 > Una architettura **bottle brush** può superare l'ACQ allo stato solido mantenendo l'integrità elettrochimica del core DPP?
 1. **Monomero ortogonale** derivato dal DPP
 2. **Scheletro** DPP-3HT per polimerizzazione ossidativa
 3. **Catene laterali** di PCL per ROP dell'ε-caprolattone
 4. **Caratterizzazione**: ottica, strutturale, elettrochimica
 | Gruppo del monomero | Ruolo |
 |---|---|
 | Tiofeni | crescita dello scheletro (FeCl<sub>3</sub>) |
 | Ossidrili (OH) | iniziatori della ROP: catene di PCL |
 ---
 # <small>Fase 1</small>Sintesi del monomero ortogonale
 ![w:680](images/fig2-sintesi-dpp1.jpg)
 ![w:760](images/fig3-alchilazione-dpp2.jpg)
 - **1**: ciclizzazione pseudo-Stobbe, 2-cianotiofene + diisopropil succinato
 - **2**: N-alchilazione con 6-bromo-1-esanolo; <sup>1</sup>H-NMR 4,1 e 3,6 ppm, FT-IR O-H ~3400 cm<sup>-1</sup>
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 # <small>Fase 2</small>Copolimerizzazione ossidativa con 3HT
 ![w:960](images/fig4-copolimerizzazione.jpg)
 | Copolimero | % DPP teorica | % DPP reale | Mn (Da) | PDI |
 |---|---|---|---|---|
 | **3a** | 20 | 3 | 2200 | 2,5 |
 | **3b** | 50 | 12 | 2400 | 3,6 |
 | **3c** | 80 | 35 | 2100 | 1,9 |
 - FeCl<sub>3</sub> senza pre-funzionalizzazione; **DPP incorporato al massimo 35%** (reattività dei comonomeri)
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 # <small>Risultato intermedio</small>Copolimeri lineari spenti allo stato solido
 ![bg right:52% fit](images/fig-film-copolimeri-uv.jpg)
 - **In THF**: assorbimento 540-544 nm, emissione ~550 nm, come il monomero
 - **Film solidi** sotto lampada UV: **nessuna emissione apprezzabile**
 - DSC: nessuna transizione di fusione (a differenza del P3HT) → copolimeri random
 → ACQ confermata: serve il design **bottle brush**
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 # <small>Fase 3</small>ROP dell'ε-caprolattone: i bottle brush
 ![w:960](images/fig5-rop-bottle-brush.jpg)
 | Polimero | Mn PCL teorico (Da) | Mn GPC (Da) | PDI |
 |---|---|---|---|
 | **3.1b** · **3.1c** | 1500 | 12200 · 14000 | 1,5 · 1,3 |
 | **3.2b** · **3.2c** | 5000 | 17300 · 19200 | 1,3 · 1,3 |
 | **3.3b** · **3.3c** | 10000 | 21300 · 14500 | 1,2 · 1,3 |
 - Innesto: <sup>1</sup>H-NMR PCL a ~4,0 ppm; FT-IR scompare O-H, compare C=O estereo ~1720 cm<sup>-1</sup>
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 # <small>Fase 4 · proprietà ottiche</small>PCL come spaziatore sterico
 ![bg right:48% fit](images/fig6-uv-em-3.2b.jpg)
 **In THF** (tutti i bottle brush): assorbimento 544-554 nm, emissione 557-564 nm, Stokes shift 8-14 nm → **core DPP integro**
 **3.2b, stato solido**
 - Assorbimento 570-580 nm (da ~550 nm)
 - Emissione **650-660 nm**, Stokes shift ~80-90 nm
 - Aggregati H e J, ma **emissione nel rosso mantenuta**
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 # <small>Fase 4 · proprietà elettrochimiche</small>Band gap regolabile con la composizione
 ![bg right:46% fit](images/fig7-bandgap-vs-dpp.png)
 - Ciclovoltammetria: HOMO, LUMO e **band gap elettrochimico**
 - Copolimeri lineari: da **0,97 a 1,37 eV** all'aumentare del DPP reale (3 → 35%): cresce, poi tende a un plateau
 - Il DPP stabilizza il LUMO e favorisce l'iniezione di elettroni
 - **Bottle brush: 0,929-1,521 eV**, elettroattività conservata: redox sul core, PCL come matrice dielettrica
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 # <small>Conclusioni</small>Risultati, limiti e prospettive
 ### Risultati
 - Tre copolimeri statistici e due serie di bottle brush con PCL di 1500, 5000 e 10000 Da
 - Il **3.2b** mantiene emissione nel rosso allo stato solido: il PCL è uno **spaziatore sterico**
 - Il **band gap** è controllabile dalla composizione monomerica
 ### Limiti
 - DPP ≤ 35%; 3a escluso dall'innesto; GPC sottostima i pesi molecolari; 3.3c da approfondire
 ### Prospettive
 - Strato elettro-luminescente in **OLED**
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 # Grazie per l'attenzione
 Aurora Luzi
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 # <small>Diapositive di scorta</small>UV-Vis ed emissione dei DPP 1 e 2 in THF
 ![w:520](images/fig-uv-dpp1.jpg) ![w:520](images/fig-uv-dpp2.jpg)
 **1**: assorbimento 531 nm, emissione 542 nm, Stokes shift 11 nm · **2**: assorbimento 541 nm (effetto induttivo delle catene alifatiche)
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 # <small>Diapositive di scorta</small>Bottle brush: pesi molecolari
 | Polimero | Mn PCL teorico (Da) | Mn GPC (Da) | PDI | Mn <sup>1</sup>H-NMR (Da) | Rapporto GPC/<sup>1</sup>H-NMR |
 |---|---|---|---|---|---|
 | **3.1b** | 1500 | 12200 | 1,5 | 8200 | 1,5 |
 | **3.2b** | 5000 | 17300 | 1,3 | 18000 | 1,0 |
 | **3.3b** | 10000 | 21300 | 1,2 | 28000 | 0,8 |
 | **3.1c** | 1500 | 14000 | 1,3 | 18200 | 0,8 |
 | **3.2c** | 5000 | 19200 | 1,3 | 35500 | 0,5 |
 | **3.3c** | 10000 | 14500 | 1,3 | 41300 | 0,4 |
 GPC (standard di polistirene lineare): con pochi siti di innesco i valori sono coerenti con l'NMR (rapporto verso 1); con più catene laterali la GPC sottostima, perché i polimeri ramificati sono compatti in soluzione.
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 <!-- _class: backup -->
 # <small>Diapositive di scorta</small>HOMO, LUMO e band gap elettrochimici
 | Polimero | HOMO (eV) | LUMO (eV) | Bandgap (eV) |
 |---|---|---|---|
 | **3a** | -5,04 | -4,07 | 0,97 |
 | **3b** | -4,85 | -3,54 | 1,32 |
 | **3c** | -4,80 | -3,43 | 1,37 |
 | **3.1b** | -4,62 | -3,58 | 1,04 |
 | **3.2b** | -4,63 | -3,53 | 1,10 |
 | **3.3b** | -4,63 | -3,60 | 1,03 |
 | **3.1c** | -4,77 | -3,25 | 1,52 |
 | **3.2c** | -4,69 | -3,27 | 1,42 |
 | **3.3c** | -4,48 | -3,55 | 0,93 |
Author	SHA1	Message	Date
davideandClaude Sonnet 5.5	b9affd9bef	Aggiunge tesi-narrate, regola di completezza delle risposte e diagrammi del README piu leggibili Co-Authored-By: Claude Sonnet 5.5 <noreply@anthropic.com>	2026-10-20 14:38:49 +02:00
davideandClaude Sonnet 5.5	e54e83eb77	Aggiunge README: prototipo, architettura, preparazione con MinerU, indicizzazione figure e flusso di una query Co-Authored-By: Claude Sonnet 5.5 <noreply@anthropic.com>	2026-10-20 14:30:29 +02:00
davideandClaude Sonnet 5.5	cee30e7ba0	Aggiunge skill di consultazione in .agents/skills (Claude, Codex, Antigravity) e AGENTS.md/GEMINI.md Co-Authored-By: Claude Sonnet 5.5 <noreply@anthropic.com>	2026-10-20 14:17:16 +02:00
davideandClaude Sonnet 5.5	db3bfedd52	Elimina la cartella presentazione Co-Authored-By: Claude Sonnet 5.5 <noreply@anthropic.com>	2026-10-20 14:11:19 +02:00
davideandClaude Sonnet 5.5	86e80731e1	CLAUDE.md: schema di consultazione (RAG) solo-query Co-Authored-By: Claude Sonnet 5.5 <noreply@anthropic.com>	2026-10-20 14:10:55 +02:00