cyber-tesi/log.md

Log

Append-only. Formato: ## [YYYY-MM-DD] tipo | titolo

[2026-10-09] setup | Inizializzazione wiki

• Creati: CLAUDE.md (schema), index.md, log.md, wiki/overview.md
• Cartelle: raw/, raw/assets/, wiki/{sources,entities,concepts,analyses}

[2026-10-09] schema | Dominio: tesi in Chimica Industriale

• CLAUDE.md: aggiunta sezione "Convenzioni specifiche di chimica industriale" (entità, dati con unità e condizioni, template composto/processo, sicurezza, DOI)

[2026-10-09] schema | Riscrittura CLAUDE.md per tesi singola con fonti in raw/

• Dominio e research question compilati dall'Abstract e dal cap. 2; regole sui dati scientifici e difetti noti riportate dalla vecchia CLAUDE.md
• Struttura: tolta entities/; aggiunte compounds/, techniques/, figures/; wiki/tesi.md e wiki/bibliografia.md al posto delle pagine source
• Ingest per capitolo; riferimenti alle schede raw/fonti/; localizzatore tesi_loc (§ + riga di raw/tesi.md)
• Figure: scripts/gen_figures.py genera 78 note in wiki/figures/ da raw/immagini.json (derivate, senza riassunti)

[2026-10-09] setup | Generate le 78 note figura e wiki/tesi.md (mappa)

[2026-10-09] ingest | Tesi completa (cap. 1-5, bibliografia, figure)

• Fonte: raw/tesi.md (r.1-1411) + raw/immagini.json + raw/bibliografia.json. Nessun riassunto: contenuto riorganizzato per argomento
• Concetti (10): dpp-struttura-e-proprieta, dpp-sintesi-letteratura, dpp-reattivita, fluorescenza, fluorofori-in-polimeri, optoelettronica-oled-donatore-accettore, acq-e-stato-solido, polimerizzazione-ossidativa-fecl3, rop-pcl, bottle-brush
• Composti (5): dpp-1, dpp-2, copolimeri-3a-3b-3c, bottle-brush-3-x, reagenti-e-materiali
• Tecniche (6): nmr-1h, ft-ir, gpc, uv-vis-fluorescenza, dsc, ciclovoltammetria
• Analisi: difetti-noti (bibliografia, segnaposto, frase troncata, figure, 10 incoerenze rilevate: ottici di 1 e 2, integrali NMR, fusione, bandgap nelle conclusioni, Tab. 12, aritmetica CV)
• Overview, wiki/tesi.md (mappa sezioni -> pagine -> figure), wiki/bibliografia.md (script gen_bibliografia.py); figure incorporate con embed e link alle 78 note
• Controlli: 161 embed e tutti i wikilink risolti, nessuna pagina orfana

[2026-10-09] schema | Regole di organizzazione dati e script bibliografia

• CLAUDE.md: una tabella in una sola pagina; script gen_bibliografia.py; bibliografia.md derivata

[2026-10-09] lint | Primo lint dopo l'ingest della tesi

• Esito scripts/lint.py: 0 link/embed rotti, 0 pagine orfane; numeri nelle pagine tutti presenti in raw/tesi.md (eccetto valori calcolati o in LaTeX in difetti-noti: 4,8006; 1,373; 0,9719 è in raw/tesi.md come 0{,}9719)
• Corretto (meccanico): 33 tabelle senza riga vuota prima; incoerenze figures/refs nel frontmatter in 8 pagine; link alle schede nelle voci della tabella bibliografia di difetti-noti
• Nessuna pagina concetto nuova: gli slug del catalogo usati da >=2 figure sono già coperti dalle pagine esistenti (reformatskij, n-alchilazione, cross-coupling, ecc.)
• Controlli semantici: righe tesi_loc a campione coerenti; riepilogo ottico e dati.md verificati contro le tabelle

[2026-10-09] schema | Spezzata ciclovoltammetria, aggiunto dati.md e scripts/lint.py

• ciclovoltammetria (2.065 parole) -> ciclovoltammetria (teoria, procedura, metodo) + cv-risultati-copolimeri (Tab. 13) + cv-risultati-bottle-brush (Tab. 14)
• wiki/dati.md: indice grandezza -> pagina; regola: pagine > ~1.500 parole si spezzano; lint con scripts/lint.py

[2026-10-09] schema | Riorganizzazione file wiki (approvata dall'utente)

• dpp-reattivita (1.620 parole) -> dpp-reattivita (siti reattivi, N-alchilazione, SE-Ar, Suzuki/Stille; r.247-331) + dpp-arilazione-litiazione-snar (arilazione diretta/ossidativa, litiazione, SNAr; r.333-369)
• cv-risultati-copolimeri + cv-risultati-bottle-brush -> techniques/cv-risultati (Tab. 13 e 14); link in entrata aggiornati
• compounds/reagenti-e-materiali -> techniques/reagenti-e-materiali (non è un composto numerato)
• Rimossi i .gitkeep; CLAUDE.md, index.md, wiki/tesi.md aggiornati. Lasciate invariate dpp-sintesi-letteratura (1.515) e fluorofori-in-polimeri

[2026-10-09] query | Riassunto della tesi in formato 10 pagine

• Richiesta: riassunto secondo le regole del formato (copertina placeholder, testo continuo senza sottotitoli/elenchi, max 10 pagine, bibliografia a parte, usare la Figura 74)
• Salvato in wiki/analyses/riassunto-tesi.md (Fig. 74 della tesi = Figura 6 del riassunto); 7 figure, 3 tabelle, 10 riferimenti dalle schede raw/fonti/
• Esclusi i valori di band gap/R² delle Conclusioni (incoerenti con Tab. 13) e la durata del reflusso ROP (4 h/24 h): vedi difetti-noti

[2026-10-09] query | Seconda stesura del riassunto in registro da ricercatore

• wiki/analyses/riassunto-tesi.md riscritto: affermazioni non supportate rimosse (es. «forte fluorescenza in soluzione»), emissione solida di 3.2b qualificata come da specie aggregate (ACQ attenuato, non eliminato), aggiunte note critiche (copolimeri oligomerici, correlazione bandgap su 3 punti, scarto gap elettrochimico/ottico)
• Le inferenze dell'autore sono elencate nella sezione Collegamenti della pagina

[2026-10-09] query | Terza stesura del riassunto, allineata alla tesi

• wiki/analyses/riassunto-tesi.md: rimosse le inferenze della seconda stesura; contenuti e interpretazioni solo dalla tesi (limiti e prospettive dalle sezioni 4.2-4.3 e Conclusioni); per le incoerenze interne si usa il capitolo dei risultati (vedi difetti-noti, punti 5-7)

[2026-10-15] ingest | Allineamento di raw/ a tesi_aggiornata.docx

• raw/tesi.md rigenerato dal docx (1446 righe, prima 1411) con le stesse convenzioni; markup originale mantenuto dove il testo è invariato. Novità: Fig. 52 e 76, Tab. 6 (nuove; le successive scalano: figure 53-75 = vecchie 52-74, tabelle 7-15 = vecchie 6-14), Tab. 3, 4 e 5 ora tabelle testuali, molti valori sperimentali e Abstract modificati, decimali con il punto in vari passi
• raw/immagini/: +4 file (Fig. 52, Fig. 76, schemi §3.2 copolimeri e bottle brush); le altre figure riusano i file esistenti. raw/immagini.json rinumerato e rimappato sulle righe nuove (80 figure, 81 file); le due vecchie «figure» fig-x-cc3f54/136800 (schemi sotto didascalia Tabella 3/4) sono sostituite da fig-x-215b95/94f3f4; descrizioni di fig-052, fig-076 e delle due fig-x non sottoposte a revisione indipendente
• raw/bibliografia.json e raw/fonti/: 63 voci (nuove 51, 55, 57, 61; vecchie 51-59 -> 52, 53, 54, 56, 58, 59, 60, 62, 63); schede rinominate e aggiornate, 4 schede nuove da Crossref (solo metadati)
• Rigenerati wiki/figures/ e wiki/bibliografia.md (script aggiornato: conteggio e tesi_loc dinamici). NON riallineato: corpo della wiki (righe, numeri di figura/tabella/riferimento), index.md, wiki/tesi.md, dati.md, CLAUDE.md; restano wiki/figures/fig-x-cc3f54.md e fig-x-136800.md obsolete (da cancellare previa conferma)
• Difetti nuovi del docx: 3 riferimenti incrociati rotti nel §3.3 («Errore. L'origine riferimento non è stata trovata.»); voce 54 con lettere raddoppiate e voce 22 con «54)» spurio; voce 55 in formato RIS grezzo

[2026-10-15] ingest | Riallineamento della wiki e di CLAUDE.md alla tesi aggiornata

• Rimappati in tutte le pagine curate righe (r.N), numeri di figura (fig-NNN, Fig. N, Figura N: 53-75 = vecchie 52-74), di tabella (7-15 = vecchie 6-14) e di riferimento (link alle schede raw/fonti/, refs:); embed dei due schemi fig-x aggiornati ai nuovi file
• Contenuti riscritti sui dati nuovi: copolimeri-3a-3b-3c (Tab. 3, 7 con aree NMR, 8 con P3HT, 9; DSC senza Tg; Kessil 456 nm), bottle-brush-3-x (Tab. 4 a rapporti molari, nuova formula V_CL, Tab. 12-13, Eq. 10), dpp-1/dpp-2 (NMR, fluorescenza, nuova sezione voltammetria Fig. 52 / Tab. 6), cv-risultati (Tab. 14-15 arrotondate, plateau), ciclovoltammetria (decimali col punto), gpc, nmr-1h, dsc, uv-vis-fluorescenza, acq-e-stato-solido (Fig. 76), optoelettronica-oled-donatore-accettore, polimerizzazione-ossidativa-fecl3, dati, overview, tesi, riassunto-tesi (quarta stesura), index.md
• difetti-noti riscritta: nuovi (PDI di 3b vs Mw/Mn, % DPP 3c 35 vs 36, bandgap Conclusioni, cross-reference rotti, voci 22/54/55, Fig. 62 e 76), non più presenti (segnaposto XX, integrazioni NMR, DSC/110 °C, R²)
• Non fatto: cancellazione di wiki/figures/fig-x-cc3f54.md e fig-x-136800.md (pagine derivate obsolete, orfane; in attesa di conferma)

[2026-10-15] schema | CLAUDE.md aggiornato (richiesto dall'utente)

• Conteggi (1446 righe, 83 file immagine, 80 figure, 63 riferimenti), righe dei capitoli, nuova fonte raw/tesi_aggiornata.docx, elenco figure con note, sintesi dei difetti noti, nota sui decimali col punto
• Aggiunta la sezione «Riallineamento a una nuova versione della tesi» e la deroga alla regola «raw/ sola lettura» per riallineamenti richiesti dall'utente

[2026-10-15] ingest | Revisione di Fig. 76, Tab. 8 e Fig. 52 sulla base del docx

• Fig. 76: sostituito il ritaglio del PDF con l'immagine incorporata nel docx (image72.png, hash 36a16062…, 481x476); descrizione in raw/immagini.json riscritta sull'immagine; mappatura sigle→composti dichiarata inferenza (BB-80:20 = serie 3c, BB-50:50 = serie 3b dai rapporti di Tab. 3); raw/tesi.md e pagina acq-e-stato-solido aggiornati
• Fig. 52: descrizione ricalcolata dai dati del grafico Word nativo (chart4.xml: picco catodico −1,62 V, ritorno −1,46 V, salita anodica da ~+0,6 V a +0,838 V)
• Tab. 8 / rif. 55: corretta un'affermazione errata: l'abstract Crossref di Chelora 2017 riguarda Pdot di P3HT (Stokes shift 121 nm vs molecole in THF), coerente con l'uso nella tesi; scheda e bibliografia.json aggiornate (solo_abstract), valori 450/562/112 nm non verificati
• difetti-noti: nuova sezione «F bis» con i commenti di revisione del docx (83 commenti) che spiegano PDI di 3b, bandgap delle Conclusioni, P3HT, Fig. 76, decimali

[2026-10-15] ingest | Integrazione delle schede raw/fonti/ e dei commenti del docx

• Nuove pagine: wiki/concepts/p3ht.md (P3HT come riferimento: Tab. 8, DSC, CV; rif. 53, 55, 57, 61), wiki/analyses/verifica-citazioni.md (citazioni della tesi confrontate con le schede: deboli 10, 38, 52; coerenti 25, 51, 53, 58; non verificabili 55, 57, 61 oltre l'abstract), wiki/analyses/commenti-revisione-docx.md (83 commenti di Word raggruppati per tema)
• raw/fonti/: aggiunti gli abstract di 51 (Scurti, OpenAlex) e 61 (Kepska, OpenAlex) e il link open access; bibliografia.json aggiornato; 57 resta senza abstract (ACS chiuso)
• difetti-noti: aggiunta la voce sulla ε del prodotto 1 (rif. 52) e rimandi ai nuovi analisi; la sezione sui commenti è stata spostata nella nuova pagina
• index.md (32 pagine curate) e wiki/tesi.md aggiornati; collegamenti a p3ht dalle pagine dsc, cv-risultati, uv-vis, copolimeri, polimerizzazione

[2026-10-15] schema | Riorganizzazione della wiki in hub e sottopagine (richiesta dell'utente)

• Eliminata wiki/analyses/commenti-revisione-docx.md (il docx è la versione finale) e rimossi i riferimenti ai commenti da wiki e da raw/immagini.json
• Pagine spezzate per argomento (hub + sottopagine): copolimeri-3a-3b-3c → copolimeri-composizione-dpp, copolimeri-caratterizzazione; bottle-brush-3-x → bottle-brush-struttura, bottle-brush-proprieta; dpp-1 → pseudo-stobbe; dpp-2 → dpp-2-n-alchilazione, dpp-2-voltammetria; ciclovoltammetria → cv-teoria, cv-analisi-onset; fluorescenza → stokes-shift, resa-quantica, tempi-di-vita; acq-e-stato-solido → caratterizzazione-stato-solido, aggregati-h-j-kasha; dpp-sintesi-letteratura → dpp-sintesi-farnum-iqbal, dpp-sintesi-vie-alternative; dpp-reattivita → dpp-reazioni-gruppi-ammidici, dpp-reazioni-anelli-aromatici, dpp-cross-coupling-pd; difetti-noti → hub + difetti-bibliografia, difetti-figure, difetti-dati
• Nuove pagine: concetti grafting-from, band-gap-homo-lumo, irreversibilita-ec; navigazione campioni, percorso-sintetico, glossario, tabelle-indice, figure-indice (generata da scripts/gen_figures.py)
• Rimappati i link in entrata verso le sottopagine (tabelle, equazioni, figure), aggiunte righe «Vedi anche» incrociate, riscritti index.md, wiki/tesi.md; CLAUDE.md aggiornato (architettura hub/sottopagine, regola dei 1.500 parole, difetti-noti diviso)

[2026-10-15] lint | Verifica completa di wiki e raw contro raw/tesi.md prima del commit

• Controlli automatici: citazioni testuali «…» ritrovate nella tesi (corretti 4 casi: «partendo dal 4-bromobenzonitrile», «brorumati», «predisposta…», conclusione «copolimeri semiconduttori»); numeri di riga r.N coerenti con il testo (161 righe controllate); riferimenti bibliografici nel punto giusto (26 verifiche con riga + corrispondenza delle schede); 84 embed di figure = numero, file e didascalia del catalogo; 12 equazioni (allineata Eq. 1 alla forma della tesi); 15 tabelle (valori; corretto «0.2» nella Tab. 1); riferimenti Tab./Fig. nel testo; matrice campioni vs pagine; raw/ (immagini, bibliografia, sezioni) coerente
• riassunto-tesi esclusa su richiesta

[2026-10-15] schema | Regole del riassunto di tesi

• Creato riassunto/REGOLE.md (limiti di 20.000 caratteri e 10 pagine senza frontespizio, bibliografia max 10, sezioni obbligatorie, impaginazione adottata)
• CLAUDE.md: aggiunta riassunto/ all'architettura e la sezione «Riassunto di tesi» (su richiesta dell'utente)

[2026-10-15] schema | Eliminato il limite dei 20.000 caratteri del riassunto

• riassunto/REGOLE.md e CLAUDE.md: resta solo il limite di 10 pagine Word, bibliografia inclusa, frontespizio escluso (su richiesta dell'utente)

[2026-10-15] ingest | Riallineamento delle immagini di raw/ a tesi.docx (richiesto dall'utente)

• Confronto con il PDF del docx (LibreOffice) e con i dati dei grafici nativi: 7 immagini di raw/immagini/ erano di una versione precedente e sono state sostituite (nome = hash): Fig. 46 (aggiunto il passaggio al DPP bis-alchilato), Fig. 54 (schema ridisegnato), Fig. 63 (etichette «Forti/Deboli interazioni π-π stacking» ora coerenti col testo), schema bottle brush fig-x-94f3f4 (solvente «Toluene anidro» invece di «PhMe»), Fig. 72-74 (x = 0,03; 0,12; 0,35 invece di 0,25; 0,32; 0,35; ridisegnate da chart16-18 del docx con scripts/gen_grafici_72_74.py, senza linea di tendenza come nel docx)
• Aggiornati raw/tesi.md (7 riferimenti immagine), raw/immagini.json (file, embed, dimensioni, descrizioni, note di revisione); eliminati i 7 file sostituiti; rigenerati wiki/figures/ e figure-indice
• Wiki: embed aggiornati in 8 pagine; Fig. 63 tolta da difetti-figure e difetti-noti (discrepanza risolta); nota sul bis-alchilato in dpp-2-n-alchilazione; testo di acq-e-stato-solido sulla Fig. 63
• Verificati e invariati: testo, 15 tabelle, 63 riferimenti, gli altri 15 grafici nativi e le altre figure (confronto visivo su 28 sospette)
• Da proporre: in CLAUDE.md l'elenco delle figure con discrepanze cita ancora la Fig. 63

[2026-10-15] schema | CLAUDE.md: Fig. 63 rimossa dalle figure con discrepanze; verifica immagini nel riallineamento (richiesto dall'utente)

• Elenco delle figure con discrepanze: tolta la 63 (immagine sostituita con quella del docx, discrepanza risolta)
• Workflow «Riallineamento»: aggiunto il passo 1b, confronto delle immagini e dei dati dei grafici nativi con raw/tesi.docx

[2026-10-15] lint | Verifica finale di raw/ contro tesi.docx (didascalie, figure vettoriali, tabelle)

• Didascalie: 76/76 uguali fra docx e tesi.md; caption_printed, numeri, etichette, md_line e righe di citazione coerenti; fig-063 tolta da needs_review
• Figure vettoriali (EMF del docx): testo interno confrontato con visible_text/descrizioni del catalogo, nessuna differenza residua oltre a sotto/apici
• Dati: Tab. 6, 14, 15 (Eq. 11-12), Tab. 5/8/11 (Stokes shift), Tab. 12-13 (PDI, rapporto GPC/NMR), Tab. 7 (Eq. 9) ricalcolati; regressione della Fig. 51 ricalcolata dal chart3 del docx (13217,8; 0,0069; R² 0,9981). Difetti già noti confermati (PDI 3b, 3c = 35,97 → 36)
• Aperto: wiki/analyses/riassunto-tesi.md è una copia della terza stesura con valori della versione precedente della tesi; riassunto/riassunto_tesi.md è già allineato

[2026-10-15] ingest | Fig. 72-74 sostituite con i grafici nativi del docx (richiesto dall'utente)

• Al posto delle versioni ridisegnate con matplotlib, raw/immagini/ contiene ora i grafici nativi di raw/tesi.docx (chart16-18) resi a 300 dpi dal PDF del docx (LibreOffice): asse x «χ_DPP», decimali col punto, nessuna linea di tendenza; stesso dato (x = 0,03; 0,12; 0,35)
• Rimosso scripts/gen_grafici_72_74.py (non più usato; la voce precedente del log lo menziona); aggiornati raw/tesi.md, raw/immagini.json, wiki, presentazione/ (slides.md, pptx) e riassunto/ (fig7 in PNG)

[2026-10-15] lint | Verifica di allineamento della wiki a raw/ dopo il riallineamento delle immagini

• Controlli: 15 tabelle (ogni cella numerica presente nella pagina indicata da tabelle-indice), 12 equazioni (LaTeX alla lettera nella wiki), dati.md (intervalli), wiki/tesi.md (figure per sezione = sections[].figure_ids), index.md (61 pagine curate, 80 figure, conteggi per tipo), riferimenti r.N nei limiti di tesi.md, citazioni «…» ritrovate in tesi.md, ricerca di valori della versione precedente (nessuno fuori da riassunto-tesi); scripts/gen_figures.py e gen_bibliografia.py rigenerati senza differenze
• Correzioni meccaniche: Eq. 6 in cv-teoria riportata alla lettera (ln come in tesi.md, non \ln); fig-051 aggiunta al frontmatter di difetti-dati
• Aperto: wiki/analyses/riassunto-tesi.md (copia della terza stesura, esclusa dai controlli su richiesta) ha ancora valori della versione precedente della tesi

[2026-10-15] schema | Rimossa wiki/analyses/riassunto-tesi.md (richiesto dall'utente)

• La pagina era una copia della terza stesura del riassunto con valori della versione precedente della tesi; il riassunto aggiornato vive in riassunto/riassunto_tesi.md (unico documento, non duplicato nella wiki). Rimossa la voce da index.md (pagine curate: 60); l'unico link in entrata era l'indice. Le voci di log precedenti che la citano restano come storico

[2026-10-15] schema | Verifica di raw/ contro tesi.docx e correzioni ai metadati (richieste dall'utente)

• Esito: raw/tesi.md, equazioni, 18 grafici nativi, bibliografia, schede fonti/ e immagini.json coerenti con tesi.docx; nessuna modifica al testo della tesi (i difetti restano segnalati in difetti-dati).
• raw/immagini.json: nota di fig-x-94f3f4 «riga 663» → «riga 660»; raw/bibliografia.json: nota obsoleta sulla voce 1 sostituita; CLAUDE.md: descrizione degli orfani e del risultato «bandgap lineare» corrette.
• difetti-dati: aggiunte le voci 11-14 (λex prodotto 2, rapporto 1:20 di Tab. 4, E_onset 3c, tabelle non citate).

[2026-10-20] schema | Riassunto di tesi aggiunto a raw/ come fonte da ingerire

• raw/riassunto_tesi.docx, raw/riassunto_tesi.md e 11 nuovi file immagine (il riassunto ne usa 12, uno già presente come fig-076) aggiunti a raw/; eliminati i 2 file immagine non referenziati (vecchi schemi: ROP con «4h», polimerizzazione ossidativa con FeCl3); cartella riassunto/ eliminata; raw/immagini.json ha la nuova chiave riassunto (non letta da gen_figures.py).
• CLAUDE.md: tabella fonti (92 file immagine, chiave riassunto, file del riassunto) e architettura; rimossa la sezione «Riassunto di tesi» (regole di scrittura non più in uso).