cyber-tesi/CLAUDE.md

CLAUDE.md — Schema della LLM Wiki

Schema: struttura, convenzioni, workflow. Leggilo all'inizio di ogni sessione. Utente e LLM lo fanno evolvere insieme; ogni modifica va registrata in log.md.

Ruoli

• Utente: sceglie cosa ingerire, pone le domande, decide cosa conta.
• LLM: scrive e mantiene la wiki (pagine, link, indice, log, coerenza). L'utente non modifica wiki/ a mano.
• Lingua: italiano. Titoli di fonti e termini tecnici restano nella lingua originale (l'Abstract della tesi è in inglese).

Dominio

Tesi magistrale in Chimica Industriale (Università di Bologna, Dipartimento "Toso Montanari"), a.a. 2025-2026: "Sintesi e caratterizzazione di copolimeri bottle brush foto-elettro attivi". Candidata: Aurora Luzi. Relatore: Dr. Stefano Scurti.

• Tema: semiconduttori polimerici emissivi π-coniugati con architettura bottle brush: scheletro DPP-3HT (polimerizzazione ossidativa con Fe(III)) e catene laterali di PCL ottenute per ROP dell'ε-caprolattone da gruppi OH pendenti.
• Research question (dall'Abstract e dal cap. 2): una architettura bottle brush può superare l'ACQ (Aggregation-Caused Quenching) allo stato solido, mantenendo l'integrità elettrochimica del core DPP?
• Risultati dichiarati nell'Abstract: il PCL agisce da spaziatore sterico e mantiene emissione nel rosso allo stato solido; il bandgap elettrochimico cresce linearmente con la % di DPP incorporato.

Fonti (raw/, SOLA LETTURA — mai modificare, rinominare o cancellare, salvo riallineamento richiesto dall'utente)

Percorso	Contenuto
raw/tesi.docx	Versione Word da cui tesi.md è stato riallineato il 2026-10-15
raw/tesi.md	Sorgente canonico (1446 righe). Cap. 1 Introduzione (r.66), 2 Scopo (r.543), 3 Procedure sperimentali (r.560), 4 Discussione dei risultati (r.709), 5 Conclusioni (r.1306); bibliografia (Bibliografia, r.1320) in fondo
raw/immagini/	83 file figura (nomi = hash; 2 non più referenziati: gli ex-file «Tabella 3/4»)
raw/immagini.json	Catalogo di 80 figure logiche (76 numerate + 4 schemi di §3.2 senza numero): pannelli, didascalia stampata e generata, testo visibile, composti, concetti, contesto, qualità
raw/bibliografia.json	63 riferimenti parsati con righe e sezioni di citazione; text è la fonte di verità, gli altri campi sono euristici
raw/fonti/NN-cognome-anno.md	Una scheda per riferimento (citazione verificata, DOI, abstract, frasi della tesi in cui è citato)

I numeri di riga (md_line, cited_in_md_lines…) riferiscono raw/tesi.md e sono stabili finché raw/ non viene riallineato a una nuova versione della tesi: sono il localizzatore standard. Dopo ogni riallineamento vanno rimappati insieme a numeri di figura, tabella e riferimento (vedi «Riallineamento a una nuova versione»).

Convenzioni di tesi.md: decimali con la virgola nelle tabelle e in gran parte del testo, ma con il punto in vari passi della versione del 2026-10-15 (dati NMR, concentrazioni, condizioni CV: si copia come sta); codici composto con il punto (3.1b); formule in $...$; citazioni <sup>[N](#ref-N)</sup>; apici/pedici in HTML. Anchor #ref-N e #_TocNNN non funzionano in Obsidian: nella wiki si traducono in wikilink.

Architettura

CLAUDE.md   index.md   log.md
raw/                      immutabile (vedi sopra)
scripts/gen_figures.py    genera wiki/figures/ e wiki/figure-indice.md da raw/immagini.json
scripts/gen_bibliografia.py  genera wiki/bibliografia.md da raw/bibliografia.json
scripts/lint.py          controlli meccanici (link, orfane, frontmatter, numeri non in tesi.md)
wiki/
  overview.md             sintesi evolutiva, research question, risultati
  tesi.md                 mappa capitolo/sezione → pagine wiki (unica pagina "source" della tesi)
  dati.md                 indice «grandezza → pagina» con intervalli di valori
  campioni.md             matrice campioni × tecniche (solo rimandi, nessun valore)
  percorso-sintetico.md   i quattro passi di sintesi con schemi, pagine e concetti
  glossario.md            sigle e simboli con rimando alla pagina pertinente
  tabelle-indice.md       le 15 tabelle e 12 equazioni → pagina dove stanno
  figure-indice.md        le figure per sezione (GENERATA dallo script)
  bibliografia.md         i 63 riferimenti (GENERATA dallo script), con link alle schede raw/fonti/
  concepts/               meccanismi e concetti (ROP, grafting-from, ACQ, aggregati H/J, band gap, irreversibilità EC, P3HT, fluorescenza…)
  compounds/              un file per composto numerato o polimero/campione, spezzato per argomento (dpp-2, dpp-2-voltammetria, copolimeri-*, bottle-brush-*)
  techniques/             NMR, FT-IR, GPC, UV-Vis, fluorescenza, DSC, CV (hub + cv-teoria, cv-analisi-onset, cv-risultati)
  figures/                note GENERATE dallo script (una per figura, non modificare a mano)
  analyses/               query salvate; difetti-noti (hub) e sottopagine difetti-*; verifica-citazioni
riassunto/                riassunto di tesi (riassunto_tesi.md, Riassunto_tesi.docx, immagini/); regole in riassunto/REGOLE.md

Niente pagine source per capitolo (duplicherebbero la tesi) e niente entities/ generica. Le pagine hub (es. copolimeri-3a-3b-3c, fluorescenza) hanno una sezione ## Struttura con le sottopagine, che iniziano con «Parte di hub» e hanno un proprio tesi_loc. Le pagine di navigazione (campioni, percorso-sintetico, glossario, indici) contengono rimandi, non dati.

Convenzioni pagine

• File kebab-case.md. Composti: composto-32.md con aliases (nome, codice come 3.1b). Figure: fig-026.md.
• Link: wikilink [[nome-file]], [[nome|testo]] per alias. Riferimenti bibliografici: [[01-bao-2020|1]] (link alla scheda in raw/fonti/; usare il numero della tesi).
• Frontmatter YAML:

---
title: Titolo leggibile
type: concept | compound | technique | analysis | overview | figure
tags: [tag1, tag2]
created: YYYY-MM-DD
updated: YYYY-MM-DD
tesi_loc: "§4.2 r.812-840"      # dove la tesi sostiene il contenuto
refs: [3, 12]                   # numeri della bibliografia citati (opzionale)
figures: ["fig-026"]            # opzionale
status: draft | stable
---

• Ogni affermazione non banale cita la posizione: (§4.2, Fig. 27, r.812) e, se serve, il riferimento [[01-bao-2020|1]]. Niente affermazioni non riconducibili a raw/.
• Inferenze dell'LLM marcate (inferenza). Se non sai, dillo; non inventare fonti o dati.
• Ogni pagina termina con ## Collegamenti. Nessuna pagina orfana. Crea una pagina concetto solo se serve a ≥2 sezioni/figure o è centrale.

Regole sui dati scientifici

• Copia alla lettera: valori, unità, condizioni (T, P, solvente, tempo, carico, resa/conversione), formule LaTeX, formule chimiche, nomi di composti e sigle (DPP, 3HT, ROP, PCL, ACQ, CV, GPC…) restano come nella tesi. Non tradurre, riassumere, convertire o arrotondare dati sperimentali. Decimali con la virgola come in tesi.md; eccezioni: Abstract, dati NMR, liste, DOI.
• Procedure sperimentali (cap. 3): non riscriverle; la wiki rimanda al paragrafo (tesi_loc) e riporta solo i dati necessari alla pagina.
• Sospetti errori di estrazione (formula, tabella, valore): confronta con la fonte originale se disponibile, segnala e non correggere. Valori da condizioni diverse non vanno confrontati senza dirlo.
• Sicurezza: niente procedure di sintesi pericolose oltre quanto riporta la tesi; riporta i pericoli noti dei reagenti se citati.

Figure

• wiki/figures/*.md, wiki/figure-indice.md e wiki/bibliografia.md sono derivate: python scripts/gen_figures.py (figure e indice) e python scripts/gen_bibliografia.py le rigenerano da raw/immagini.json, riportando ogni campo (didascalie, descrizioni e testo visibile per pannello, composti, concetti, contesto, righe di citazione, note di revisione) senza riassumere. Eccezione alla regola "solo l'LLM scrive in wiki/"; non modificarle a mano, correggi raw/immagini.json solo se l'utente lo chiede e poi rigenera.
• Attendibilità: solo caption_printed è testo della tesi. Descrizioni, visible_text e didascalia generata derivano dall'immagine e non sono verificati: valori letti da grafici o schemi (rese, picchi, potenziali) vanno confermati sull'immagine/tesi prima di riusarli.
• Le pagine concept/compound/technique richiamano le figure con [[fig-026]] o con l'embed ![[immagini/<file>]] (da panels[].embed). Le figure con flags o review_notes (Figure 26, 27, 29, 58, 66, 67, 69 hanno discrepanze didascalia/testo; anche la 62, la 76, la 52 e lo schema fig-x-94f3f4 hanno note) vanno citate con l'avvertenza.
• compounds nel catalogo sono numeri della tesi; concepts sono slug candidati, non nomi definitivi: crea la pagina solo se la regola dei ≥2 usi è soddisfatta.

Regole di organizzazione dei dati

• Pagine sopra ~1.500 parole vanno spezzate per argomento in hub + sottopagine (es. ciclovoltammetria = procedura, cv-teoria, cv-analisi-onset; i risultati in cv-risultati); i link in entrata puntano alla sottopagina che contiene la tabella o l'equazione.
• Una tabella o un dato sta in una sola pagina: quella dove la tesi lo discute (per es. Tab. 5 in dpp-2, Tab. 14-15 in cv-risultati). Le altre pagine rimandano con wikilink; fanno eccezione i riepiloghi comparativi (es. in uv-vis-fluorescenza), che citano la tabella di origine.
• Le pagine riorganizzano per argomento, non per capitolo, senza eliminare informazioni: procedure con quantità in tabella, condizioni, assegnazioni e ragionamenti della tesi restano, con tesi_loc e righe.
• Composti sperimentali: dpp-1, dpp-2, copolimeri-3a-3b-3c, bottle-brush-3-x. La numerazione dei composti del cap. 1 (1-48) è un'altra: non confonderle.

Difetti noti della tesi

Raccolti in wiki/analyses/difetti-noti.md (hub) e nelle sottopagine difetti-bibliografia, difetti-figure, difetti-dati (le altre pagine rimandano all'hub o alla sottopagina): bibliografia con voce 44 duplicata della 1; voci 20, 22, 36, 54 incomplete o con testo spurio; voce 55 in formato RIS grezzo (e citata per dati del P3HT); DOI errati nelle voci 47, 48 (corretto 10.1080/15583720802231833) e 49; voci 47, 49, 54 non identificabili; PDI di 3b (Tab. 9) incoerente con Mw/Mn; % DPP di 3c (35 vs 36); bandgap delle Conclusioni (3,42-4,30 eV) incoerente con Tab. 14; tre riferimenti incrociati rotti in §3.3; discrepanze figura/testo (anche Fig. 62, 76). Il segnaposto «paragrafo XX (XX)» e altri difetti della versione precedente non risultano più presenti.

Riassunto di tesi (riassunto/)

Fuori dalla wiki e dalla regola «raw/ sola lettura»: lo scrive l'LLM insieme all'utente. Regole complete in riassunto/REGOLE.md; in sintesi: max 10 pagine Word, bibliografia inclusa e frontespizio escluso (nessun limite sui caratteri, deroga dell'utente al limite ufficiale di 20.000), bibliografia di max 10 voci, sezioni cosa/perché/come/risultati/conclusioni/bibliografia, frasi brevi, acronimi spiegati. Il docx scritto dall'utente ha la precedenza sul md; i dati si copiano da raw/tesi.md aggiornato, mai dalle versioni precedenti del riassunto.

Workflow

Ingest (per capitolo, non per fonte)

Ordine: Abstract/Introduzione/Scopo (concepts, research question) → Procedure sperimentali (compounds, techniques) → Discussione (dati, overview) → Conclusioni → bibliografia.

1. Leggi per intero il capitolo/sezione in raw/tesi.md e le figure collegate (sections[].figure_ids).
2. Dopo il primo capitolo, discuti 3–5 takeaway e chiedi cosa enfatizzare; poi procedi a blocchi senza chiedere ogni volta.
3. Crea/aggiorna concepts/, compounds/, techniques/; segnala discrepanze in analyses/difetti-noti.md.
4. Aggiorna wiki/tesi.md (mappa), overview.md se la sintesi cambia, bibliografia.md se tocchi riferimenti.
5. Rigenera le figure se raw/immagini.json è cambiato.
6. Aggiorna index.md e appendi a log.md.

Riallineamento a una nuova versione della tesi

Su richiesta dell'utente, quando raw/ riceve una nuova versione (docx):

1. Converti il docx in raw/tesi.md con le stesse convenzioni (anchor _Toc, citazioni <sup>[N](#ref-N)</sup>, tabelle pipe, immagini immagini/<hash>), riusando il markup esistente dove il testo è invariato. Le figure vettoriali del docx si rendono (es. LibreOffice) e si confrontano con i file esistenti: i file invariati restano, solo i nuovi si aggiungono, con nome = hash del file. 1b. Verifica le immagini contro il docx, non solo il testo: converti il docx in PDF (LibreOffice), estrai le figure e confrontale con raw/immagini/; per i grafici Excel/Word nativi confronta i dati di word/charts/chartN.xml con quelli dell'immagine (una figura può restare vecchia anche se testo e tabelle sono aggiornati: caso Fig. 72-74, 46, 54, 63).
2. Aggiorna raw/immagini.json (numerazione, righe, nuove figure con descrizioni non verificate), raw/bibliografia.json e le schede in raw/fonti/ (rinomina NN-…, righe di citazione; nuove voci da Crossref); rigenera wiki/figures/ e wiki/bibliografia.md.
3. Rimappa nella wiki righe, numeri di figura, tabella e riferimento, poi rivedi pagina per pagina i contenuti cambiati (valori, tabelle, formule) e aggiorna difetti-noti, dati.md, tesi.md, index.md, log.md. Pagine derivate obsolete si cancellano solo con conferma.

Query

Leggi index.md e le pagine rilevanti (non rileggere raw/ se la wiki basta); rispondi in italiano con citazioni [[...]] e tesi_loc; proponi di salvare in analyses/ le risposte durevoli; log query.

Lint (su richiesta o ogni ~10 ingest)

Esegui python scripts/lint.py (link rotti, pagine orfane, frontmatter, coerenza figures/refs con il corpo, numeri non presenti in raw/tesi.md, slug concetto candidati). Poi controlli semantici a mano: contraddizioni, valori che non tornano con raw/tesi.md, pagine oltre ~1.500 parole da spezzare. Riporta; le correzioni meccaniche (spaziatura, frontmatter) si applicano subito, il resto dopo conferma. Log lint.

index.md e log.md

• index.md: catalogo per categoria (Overview e navigazione, Tesi e bibliografia, Concetti, Composti, Tecniche, Figure, Analisi), voci - [[pagina]] — riga di sintesi; le sottopagine sono annidate sotto il loro hub; conteggi aggiornati. Le 80 figure non si elencano una per una: una riga con link alla cartella e il conteggio per tipo.
• log.md: append-only, mai riscrivere le voci vecchie. Prefisso ## [YYYY-MM-DD] tipo | titolo con tipo ∈ setup, ingest, query, lint, schema. Parsing: grep "^## \[" log.md | tail -5.

Regole d'oro

• Mai modificare raw/. Mai inventare dati, fonti o citazioni.
• Prima di cancellare o rinominare pagine chiedi conferma e aggiorna i link in entrata.
• Cambi allo schema: proponi, attendi ok, poi registra in log.md (tipo schema).
• Lavoro proporzionato: nessuna pagina "per dopo".