docs: aggiorna CLAUDE.md e README secondari per rispecchiare architettura attuale

Rimuove riferimenti a Stage 1/Stage 2, md_optimizer.py, fix_chunks.py,
--skip-optimize, _clean.md e _content_list_v2.json (tutti obsoleti).
Aggiorna pipeline diagram, comandi, tabella architettura e input MinerU.

Co-Authored-By: Claude Sonnet 4.6 <noreply@anthropic.com>
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2026-06-04 14:39:12 +02:00
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@@ -16,12 +16,12 @@ This file provides guidance to Claude Code (claude.ai/code) when working with co
## Missione
Pipeline RAG su documenti accademici. La conversione PDF → Markdown è delegata a **MinerU** (tool esterno). Questo repository si occupa solo di: pulizia Markdown, chunking, vettorizzazione e retrieval/generazione.
Pipeline RAG su documenti accademici. La conversione PDF → Markdown è delegata a **MinerU** (tool esterno). Questo repository si occupa solo di: chunking, vettorizzazione e retrieval/generazione.
```
MinerU (esterno) → sources/<stem>/auto/
MinerU (esterno) → sources/<stem>_output/auto/<stem>.md
chunker.py (Stage 1: _clean.md + Stage 2: chunks.json)
chunker.py (chunks.json)
ingest.py (embedding → ChromaDB)
@@ -34,7 +34,7 @@ MinerU (esterno) → sources/<stem>/auto/
- **Venv:** Usa `.venv/bin/python`. Mai `pip`/`python` di sistema.
- **Niente LLM nella pipeline:** chunking e pulizia devono essere rule-based e riproducibili.
- **Input immutabile:** Non modificare mai i file originali in `sources/<stem>/auto/`. Il `chunker.py` scrive solo `_clean.md` (prodotto derivato) nella stessa cartella e `chunks.json` in `chunks/<stem>/`.
- **Input immutabile:** Non modificare mai i file in `sources/`. Il `chunker.py` scrive solo in `chunks/<stem>/`.
---
@@ -43,11 +43,8 @@ MinerU (esterno) → sources/<stem>/auto/
MinerU produce una cartella per ogni documento. Posizionarla in `sources/`:
```
sources/<stem>/auto/<stem>_content_list_v2.jsonstruttura ricca (tipo, livello, bbox) [RICHIESTO]
sources/<stem>/auto/<stem>_model.json ← label di layout (doc_title, abstract…) [RACCOMANDATO]
sources/<stem>/auto/<stem>.md ← Markdown grezzo (non usato dalla pipeline)
sources/<stem>/auto/<stem>_middle.json ← dati intermedi (non usato)
sources/<stem>/auto/images/ ← immagini estratte
sources/<stem>_output/auto/<stem>.md Markdown strutturato (input della pipeline)
sources/<stem>_output/auto/images/ ← immagini estratte
```
`<stem>` = nome del documento, usato in tutti i comandi come identificatore.
@@ -60,18 +57,13 @@ sources/<stem>/auto/images/ ← immagini estratte
# Setup
python -m venv .venv && source .venv/bin/activate && pip install -r requirements.txt
# Chunking unificato: Stage 1 (_clean.md) + Stage 2 (chunks.json)
# Chunking
.venv/bin/python chunks/chunker.py --stem <stem>
.venv/bin/python chunks/chunker.py # tutti gli stem in sources/
.venv/bin/python chunks/chunker.py --stem <stem> --force # rigenera tutto
.venv/bin/python chunks/chunker.py --stem <stem> --skip-optimize # salta Stage 1
.venv/bin/python chunks/chunker.py --stem <stem> --force # rigenera anche se già presente
# Solo Stage 1 (se serve rigenerare solo il _clean.md)
.venv/bin/python chunks/md_optimizer.py --stem <stem> --force
# Verifica e correzione chunk
# Verifica qualità chunk
.venv/bin/python chunks/verify_chunks.py --stem <stem>
.venv/bin/python chunks/fix_chunks.py --stem <stem>
# Vettorizzazione (richiede Ollama attivo)
.venv/bin/python ingestion/ingest.py --stem <stem>
@@ -90,15 +82,19 @@ python -m venv .venv && source .venv/bin/activate && pip install -r requirements
| File | Responsabilità |
|------|---------------|
| `chunker.py` | Entry point unificato: chiama `md_optimizer` (Stage 1) poi esegue il chunking (Stage 2) |
| `md_optimizer.py` | Modulo Stage 1: `_content_list_v2.json` + `_model.json``<stem>_clean.md` |
| `config.py` | Tutti i parametri: `MAX_CHARS`, `MIN_CHARS`, `OVERLAP_SENTENCES`, `FRONTMATTER_HEADINGS`, `SOMMARIO_PATTERNS`, label sets model.json |
| `chunker.py` | Legge `<stem>.md`, produce `chunks.json` con regole deterministiche |
| `config.py` | Parametri: `MAX_CHARS`, `MIN_CHARS`, `CONTEXT_DEPTH`, `SKIP_HEADINGS`, `ATOMIC_TYPES` |
| `verify_chunks.py` | Verifica qualità chunk (lunghezze, frasi spezzate, prefissi) |
| `fix_chunks.py` | Correzioni post-chunking (merge incompleti, split lunghi) |
`md_optimizer.py` è generico rispetto al documento: usa le strutture comuni di tutti gli output MinerU (`_content_list_v2.json` e `_model.json`) senza dipendere da pattern testuali lingua-specifici. I parametri documento-specifici (es. `FRONTMATTER_HEADINGS` per documenti italiani) sono in `config.py`.
Regole applicate dal chunker:
- 1 paragrafo = 1 chunk; paragrafi di sezioni diverse non si mescolano
- Split a confine di frase se il paragrafo supera `MAX_CHARS`
- Frasi spezzate tra paragrafi consecutivi vengono ri-fuse automaticamente
- Paragrafi brevi (< `MIN_CHARS`) vengono accorpati al successivo (stesso contesto)
- Sezioni in `SKIP_HEADINGS` saltate completamente; contenuto pre-heading saltato se `SKIP_PRE_HEADING=True`
- Tabelle, liste e code block sono blocchi atomici
Output: `chunks/<stem>/chunks.json`, `chunks/<stem>/meta.json`, `chunks/<stem>/report.json`
Output: `chunks/<stem>/chunks.json`, `chunks/<stem>/meta.json`
### Vettorizzazione — `ingestion/ingest.py`
@@ -117,7 +113,6 @@ Legge `chunks/<stem>/chunks.json`, genera embedding via Ollama (`EMBED_MODEL`),
```
chunks/<stem>/chunks.json
chunks/<stem>/meta.json
chunks/<stem>/report.json
chroma_db/<stem>/ ← collection ChromaDB
```
@@ -126,4 +121,3 @@ chroma_db/<stem>/ ← collection ChromaDB
## Skills custom
- `/prepare-md <path|stem>` — corregge il Markdown MinerU: sillabazione, artefatti, header malformati, gerarchia incoerente. Opera su una copia, non sull'originale.
- `/post-chunk` — verifica e perfeziona i chunk prima della vettorizzazione.
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@@ -43,7 +43,7 @@ EMBED_MODEL = "nomic-embed-text" # ← cambia qui
# Vettorizza un singolo documento
.venv/bin/python ingestion/ingest.py --stem <nome>
# Vettorizza tutti i documenti trovati in step-6/
# Vettorizza tutti i documenti trovati in chunks/
.venv/bin/python ingestion/ingest.py
# Sovrascrive una collection già esistente
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@@ -1,6 +1,6 @@
# Ollama — Verifica Ambiente
Prima di procedere con la vettorizzazione (step 8) devi avere installato:
Prima di procedere con la vettorizzazione devi avere installato:
- **Ollama** — server locale per LLM e embedding
- un **modello di embedding** (es. `qwen3-embedding:0.6b`, `bge-m3`)