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Aggiunge una guida passo passo per l'installazione di Python su Windows (incluso il chiarimento che venv e' gia' incluso), la soluzione per l'errore di execution policy in PowerShell, e la nota sull'installazione di python3-venv su Linux/WSL quando necessario. Co-Authored-By: Claude Sonnet 5 <noreply@anthropic.com>
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# Ciclovoltametrie
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Pipeline Python per trasformare i file grezzi (`.txt`) esportati da un potenziostato CHI660C in CSV puliti, con l'ultimo ciclo di voltammetria isolato, il potenziale normalizzato e le colonne derivate per l'analisi (es. grafici tipo Randles-Sevcik). Alla fine viene generato automaticamente anche un grafico per ogni file.
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Questa guida non presume nessuna conoscenza di Python: segui i passaggi nell'ordine indicato.
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## 1. Installare Python
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Serve Python 3.10 o superiore.
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### Windows
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1. Vai su [python.org/downloads](https://www.python.org/downloads/) e clicca sul pulsante giallo per scaricare l'ultima versione (es. "Download Python 3.12.x").
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2. Avvia il file scaricato (es. `python-3.12.x-amd64.exe`).
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3. Nella prima schermata dell'installer, **spunta in basso la casella "Add python.exe to PATH"** — è il passaggio più importante, senza non funzionerà nulla dal terminale.
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4. Clicca su "Install Now" e attendi il completamento.
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5. Al termine, clicca "Close".
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Il modulo `venv` (necessario al punto 4) è già incluso automaticamente in questa installazione: su Windows non serve installare nient'altro.
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### macOS
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Scarica l'installer da [python.org/downloads](https://www.python.org/downloads/) oppure, se hai [Homebrew](https://brew.sh), esegui `brew install python`.
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### Linux (o WSL su Windows)
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Su molte distribuzioni Python è già preinstallato, ma il modulo `venv` a volte è un pacchetto separato. Se al punto 4 ottieni un errore tipo `ensurepip is not available`, installalo con (Debian/Ubuntu):
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```
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sudo apt update
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sudo apt install python3-venv
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```
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## 2. Verificare l'installazione
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Apri il terminale — su Windows si chiama **PowerShell** (cercalo nel menu Start digitando "PowerShell") oppure "Prompt dei comandi"; su macOS/Linux è il "Terminale" — e digita:
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```
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python --version
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```
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Su Windows dovrebbe funzionare subito grazie al PATH configurato al punto 1. Su macOS/Linux, se `python` non è riconosciuto, prova con `python3 --version`. Dovresti vedere qualcosa come `Python 3.11.x`. Da qui in poi, ovunque leggi `python`, usa il comando che ha funzionato per te (`python` o `python3`).
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## 3. Scaricare il progetto
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Se non l'hai già fatto, scarica o clona questa cartella sul tuo computer. Poi apri il terminale **dentro la cartella del progetto** (quella che contiene questo file README).
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## 4. Creare l'ambiente virtuale e installare le dipendenze
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L'ambiente virtuale è una cartella isolata dove vengono installate le librerie necessarie, senza toccare il resto del tuo computer. Va creato una sola volta.
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```
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python -m venv .venv
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```
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Poi attivalo:
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- **Windows (PowerShell)**:
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```
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.venv\Scripts\Activate.ps1
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```
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Se compare un errore che parla di "esecuzione script disabilitata" (`execution policy`), apri PowerShell **come amministratore** ed esegui una sola volta:
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```
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Set-ExecutionPolicy -Scope CurrentUser RemoteSigned
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```
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poi riprova ad attivare l'ambiente virtuale.
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- **Windows (Prompt dei comandi)**:
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```
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.venv\Scripts\activate.bat
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```
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- **macOS/Linux**:
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```
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source .venv/bin/activate
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```
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Se l'attivazione ha funzionato, vedrai `(.venv)` all'inizio della riga del terminale. A questo punto installa le librerie richieste:
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```
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pip install -r requirements.txt
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```
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**Nota**: ogni volta che apri un nuovo terminale per usare la pipeline, devi riattivare l'ambiente virtuale (comando di attivazione sopra) prima di lanciare gli script.
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## 5. Preparare i file da elaborare
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1. Nella cartella del progetto trovi (o crea) una cartella chiamata `raw`.
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2. Copia dentro `raw` tutti i file `.txt` esportati dallo strumento (uno o più file, es. `AL12 10 mgml soluzione (-1.6_1.2 scan 0.1Vs).txt`).
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3. Non serve rinominarli o modificarli: la velocità di scansione viene letta automaticamente dal nome del file (es. `0.1Vs`, `0.5Vs`, `1Vs`).
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## 6. Eseguire la pipeline
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Con l'ambiente virtuale attivo (vedi punto 4), lancia:
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```
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python main.py
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```
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Lo script esegue in sequenza tutti i passaggi ed elaborerà **tutti** i file presenti in `raw`:
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1. Converte ogni `.txt` in un CSV a due colonne (Potenziale, Corrente).
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2. Isola l'ultimo ciclo completo di ogni misura.
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3. Chiede il **potenziale di riferimento** (in Volt): digitalo e premi invio (es. `-0.152`).
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4. Per ogni file chiede la **velocità di scansione**: viene proposto il valore trovato nel nome del file, basta premere invio per confermarlo, oppure puoi digitarne uno diverso.
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5. Genera un grafico professionale (PNG) per ogni misura.
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## 7. Dove trovare i risultati
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- La cartella `raw` conterrà, oltre ai `.txt` originali, un CSV intermedio a due colonne per ciascun file.
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- La cartella `output` conterrà, per ciascun file:
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- il CSV finale con tutte le colonne (potenziale, corrente, potenziale normalizzato, colonne derivate);
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- il grafico in formato PNG, pronto per essere usato in relazioni o presentazioni.
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## 8. Rilanciare la pipeline su nuovi dati
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Ogni volta che hai nuovi file da elaborare, ripeti solo i punti 5 e 6 (aggiungi i `.txt` in `raw` e rilancia `python main.py`) — non serve ricreare l'ambiente virtuale.
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Se vuoi rielaborare gli stessi file da zero (es. con un potenziale di riferimento diverso), puoi lanciare di nuovo `python main.py`: i file in `output` verranno sovrascritti con i nuovi risultati.
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## Struttura degli script
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Se vuoi eseguire solo un passaggio della pipeline invece di tutta la sequenza, ogni script può essere lanciato singolarmente (sempre con l'ambiente virtuale attivo):
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| Script | Cosa fa |
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| `cv_to_csv.py` | Converte i `.txt` in `raw` in CSV a due colonne |
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| `cv_last_cycle.py` | Estrae l'ultimo ciclo completo e lo salva in `output` |
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| `cv_normalize_potential.py` | Aggiunge la colonna del potenziale normalizzato |
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| `cv_current_over_sqrt_scanrate.py` | Aggiunge le colonne di corrente derivate dalla velocità di scansione |
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| `cv_plot.py` | Genera i grafici PNG |
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| `main.py` | Esegue tutti gli script sopra in sequenza |
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## Licenza
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Questo progetto è distribuito con licenza MIT — vedi il file [LICENSE](LICENSE).
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