Uniforma tesi.md e struttura cataloghi per l'ingest nella wiki

- tesi.md: didascalie, richiami, titoli, decimali e tipografia uniformati;
  14 tabelle convertite in markdown (simboli E_onset ripristinati);
  bibliografia con voce 1 recuperata dal PDF e citazioni collegate
- immagini.json: schema v2 (figure logiche, pannelli, indici, search_text)
- bibliografia.json: 59 riferimenti con citazioni e sezioni
- CLAUDE.md aggiornato

Co-Authored-By: Claude Sonnet 5.5 <noreply@anthropic.com>

CLAUDE.md

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 ## Cos'è questo repository
 
-Non c'è codice: pipeline documentale **PDF/DOCX grezzi → Markdown (MinerU) → LLM-wiki / vault Obsidian**, a partire da una tesi di laurea magistrale (Chimica Industriale, "Sintesi e caratterizzazione di copolimeri bottle brush foto-elettro attivi", in italiano). La tesi è stata elaborata con **MinerU** (PDF → Markdown) e poi rifinita. Non ci sono build, lint o test; MinerU non è installato in locale (i JSON intermedi sono stati rimossi dalla storia).
+Non c'è codice: pipeline documentale **PDF/DOCX grezzi → Markdown (MinerU) → LLM-wiki / vault Obsidian**, a partire da una tesi di laurea magistrale (Chimica Industriale, "Sintesi e caratterizzazione di copolimeri bottle brush foto-elettro attivi", in italiano). Non ci sono build, lint o test; MinerU non è installato in locale (i JSON intermedi sono stati rimossi dalla storia).
 
-## Contenuto
+## File
 
-- `tesi.md` — **sorgente canonico**: fusione di `tesi.docx` (struttura, tabelle, indice) e dell'output MinerU di `tesi.pdf` (figure, formule), con figure e LaTeX corretti a mano. Lavorare qui.
-- `tesi.docx`, `tesi.pdf` — **grezzo di partenza** (la tesi originale), mai da modificare né da usare come fonte di lavoro; servono solo per verificare dubbi di estrazione.
-- `immagini/` — ~100 figure referenziate da `tesi.md` come `![](immagini/<sha256>.jpg)`. I nomi sono hash SHA-256 (dedup tra docx e pdf): **non rinominare** e non rompere i riferimenti. `<hash>_senza_label.jpg` è la stessa figura senza etichette (usata una volta).
+- `tesi.docx`, `tesi.pdf` — **grezzo di partenza** (tesi originale): mai da modificare né da usare come fonte di lavoro; servono solo per verificare dubbi di estrazione (es. `pdftotext -f <pag> -l <pag> tesi.pdf -`; la bibliografia è a p. 108).
+- `tesi.md` — **sorgente canonico** già rifinito (fusione docx + output MinerU, formattazione uniformata). Lavorare qui.
+- `immagini/` — le 82 figure usate da `tesi.md` (`![](immagini/<hash>.jpg)`). Nomi = hash: **non rinominare**, non rompere i riferimenti. Le immagini non referenziate sono state eliminate.
+- `immagini.json` — catalogo delle figure per l'ingest (schema v2): `figures` (78 figure logiche, id `fig-NNN`, con `panels` = file fisici), `sections`, `indexes`, `search_text` per embedding, `cited_in_md_lines`, `quality` (confidenza, flag, `review_notes` = discrepanze da verificare). Descrizioni e didascalie generate guardando le immagini, **non** verificate una per una.
+- `bibliografia.json` — 59 riferimenti parsati (autori, titolo, rivista, anno, DOI) con `cited_in_md_lines`/`cited_in_sections`; `text` è la fonte di verità, gli altri campi sono euristici.
 
-## Struttura di tesi.md
+**Numeri di riga:** `immagini.json` e `bibliografia.json` contengono righe 1-based di `tesi.md` (`md_line`, `caption_md_line`, `cited_in_md_lines`). Se aggiungi o togli righe in `tesi.md`, ricalcolale (o evita di cambiare il numero di righe).
 
-Front matter con tabelle HTML (`<table>`) → Riassunto / Abstract / Sommario (indice con ancore `#_TocNNN` di Word, non più valide come link utili) → capitoli `# 1 Introduzione`, `2 Scopo`, `3 Procedure sperimentali`, `4 Discussione dei risultati`, `5 Conclusioni`. Intestazioni e numerazione sono scritte a mano (`## 1.1 **Titolo**`, grassetto incluso). Didascalie in HTML: `<em><strong>Figura N</strong></em> <em>- testo</em>`, sotto l'immagine. Formule display in `$$ ... $$` (~26 blocchi), tabelle residue in HTML.
+## Convenzioni di tesi.md
+
+- Titoli: `# 1 **Introduzione**`, `## 1.1 **Titolo**`, `### 1.1.1 **Titolo**` (numero senza punto, solo il titolo in grassetto). Il sommario (righe ~35-65) usa ancore `<a id="_TocNNN"></a>` prima di ogni titolo: funzionano, non rimuoverle.
+- Didascalie sotto l'oggetto: `**Figura N** - *testo senza punto finale*`; stesso formato per `Tabella N` ed `Equazione N`. Richiami nel corpo: `**Figura N**`.
+- Tabelle dati in markdown a pipe (rowspan ripetuti, colspan eliminati); restano HTML solo le due tabelle di frontespizio. Formule in `$...$` / `$$ ... $$`.
+- Decimali con la **virgola** (anche in LaTeX: `4{,}8`); fanno eccezione l'Abstract in inglese, i dati NMR delle procedure sperimentali, le liste separate da virgole e i DOI. I codici composto restano con il punto (`3.1b`, `3.2.c`).
+- Citazioni: `<sup>[N](#ref-N)</sup>` verso `<a id="ref-N"></a>` nella bibliografia (ultima sezione, voci `N. ...`). Esponenti/apici/pedici in HTML (`<sup>`, `<sub>`); `<sup>1</sup>H-NMR`, `UV-Vis`, `bottle brush` (senza trattino), apostrofi dritti.
+
+## Difetti noti della tesi originale (non del markdown)
+
+- Bibliografia: voce 44 duplica la 1; voci 20, 22, 36, 53 incomplete anche nel PDF.
+- Il testo cita "paragrafo XX (XX)" come segnaposto non risolto (4.4.4).
+- Discrepanze figura/testo già annotate in `immagini.json` (`quality.review_notes`: Figure 26, 27, 29, 57, 62, 65, 66, 68).
 
 ## Convenzioni per la trasformazione in wiki Obsidian
 
-- Non modificare `tesi.md` in modo distruttivo: generare le note in una cartella separata (es. `wiki/`), una per sezione/concetto, con wikilink `[[...]]`, frontmatter YAML e embed `![[immagine]]`; usare le skill `obsidian:obsidian-markdown` e `obsidian:obsidian-bases`.
-- Il testo è scientifico: mantenere invariati formule LaTeX, formule chimiche, nomi di composti, unità, valori numerici e sigle (DPP, 3HT, ROP, PCL, ACQ, CV…). Non tradurre né riassumere dati sperimentali.
-- Se una formula/tabella/valore sembra un errore di OCR, confrontarlo con `tesi.pdf`/`tesi.docx` prima di correggere; segnalare, non indovinare.
-- Ogni affermazione di una nota deve essere riconducibile a una sezione di `tesi.md` (citare numero di capitolo/figura).
+- Non modificare `tesi.md` in modo distruttivo: generare le note in una cartella separata (es. `wiki/`), una per sezione/concetto, con wikilink `[[...]]`, frontmatter YAML e embed `![[immagini/<file>]]` (già pronti in `immagini.json` → `panels[].embed`); usare le skill `obsidian:obsidian-markdown` e `obsidian:obsidian-bases`.
+- Gli anchor `#ref-N` e `#_TocNNN` sono HTML: in Obsidian non si risolvono, vanno tradotti in wikilink alle note di riferimento.
+- Testo scientifico: mantenere invariati formule LaTeX, formule chimiche, nomi di composti, unità, valori numerici e sigle (DPP, 3HT, ROP, PCL, ACQ, CV…). Non tradurre né riassumere dati sperimentali.
+- Se una formula/tabella/valore sembra un errore di estrazione, confrontarlo con `tesi.pdf`/`tesi.docx` prima di correggere; segnalare, non indovinare.
+- Ogni affermazione di una nota deve essere riconducibile a una sezione di `tesi.md` (citare capitolo/figura/riferimento).
 
 ## Git
 
-Cronologia: tesi grezza MinerU → fusione docx+pdf → rinomina immagini in hash → pulizia intermedi. Commit in italiano, descrittivi, al passato/presente breve (es. "Rifinisce tesi.md: …").
+Cronologia: tesi grezza MinerU → fusione docx+pdf → rinomina immagini in hash → pulizia intermedi → CLAUDE.md, catalogo immagini, uniformazione. Commit in italiano, descrittivi (es. "Rifinisce tesi.md: …").