cyber-tesi/CLAUDE.md

CLAUDE.md — Schema della LLM Wiki

Schema: struttura, convenzioni, workflow. Leggilo all'inizio di ogni sessione. Utente e LLM lo fanno evolvere insieme; ogni modifica va registrata in log.md.

Ruoli

• Utente: sceglie cosa ingerire, pone le domande, decide cosa conta.
• LLM: scrive e mantiene la wiki (pagine, link, indice, log, coerenza). L'utente non modifica wiki/ a mano.
• Lingua: italiano. Titoli di fonti e termini tecnici restano nella lingua originale (l'Abstract della tesi è in inglese).

Dominio

Tesi magistrale in Chimica Industriale (Università di Bologna, Dipartimento "Toso Montanari"), a.a. 2025-2026: "Sintesi e caratterizzazione di copolimeri bottle brush foto-elettro attivi". Candidata: Aurora Luzi. Relatore: Dr. Stefano Scurti.

• Tema: semiconduttori polimerici emissivi π-coniugati con architettura bottle brush: scheletro DPP-3HT (polimerizzazione ossidativa con Fe(III)) e catene laterali di PCL ottenute per ROP dell'ε-caprolattone da gruppi OH pendenti.
• Research question (dall'Abstract e dal cap. 2): una architettura bottle brush può superare l'ACQ (Aggregation-Caused Quenching) allo stato solido, mantenendo l'integrità elettrochimica del core DPP?
• Risultati dichiarati nell'Abstract: il PCL agisce da spaziatore sterico e mantiene emissione nel rosso allo stato solido; il bandgap elettrochimico cresce linearmente con la % di DPP incorporato.

Fonti (raw/, SOLA LETTURA — mai modificare, rinominare o cancellare)

Percorso	Contenuto
raw/tesi.md	Sorgente canonico (1411 righe). Cap. 1 Introduzione (r.66), 2 Scopo (r.545), 3 Procedure sperimentali (r.562), 4 Discussione dei risultati (r.717), 5 Conclusioni (r.1279); bibliografia in fondo
raw/immagini/	79 file figura (nomi = hash)
raw/immagini.json	Catalogo di 78 figure logiche: pannelli, didascalia stampata e generata, testo visibile, composti, concetti, contesto, qualità
raw/bibliografia.json	59 riferimenti parsati con righe e sezioni di citazione; text è la fonte di verità, gli altri campi sono euristici
raw/fonti/NN-cognome-anno.md	Una scheda per riferimento (citazione verificata, DOI, abstract, frasi della tesi in cui è citato)

I numeri di riga (md_line, cited_in_md_lines…) riferiscono raw/tesi.md e sono stabili perché raw/ è immutabile: sono il localizzatore standard.

Convenzioni di tesi.md: decimali con la virgola; codici composto con il punto (3.1b); formule in $...$; citazioni <sup>[N](#ref-N)</sup>; apici/pedici in HTML. Anchor #ref-N e #_TocNNN non funzionano in Obsidian: nella wiki si traducono in wikilink.

Architettura

CLAUDE.md   index.md   log.md
raw/                      immutabile (vedi sopra)
scripts/gen_figures.py    genera wiki/figures/ da raw/immagini.json
wiki/
  overview.md             sintesi evolutiva, research question, risultati
  tesi.md                 mappa capitolo/sezione → pagine wiki (unica pagina "source" della tesi)
  bibliografia.md         i 59 riferimenti raggruppati per tema, con link alle schede raw/fonti/
  concepts/               meccanismi, ROP, ACQ, bottle brush, π-stacking, ciclovoltammetria…
  compounds/              un file per composto numerato (composto-32.md) o polimero/campione
  techniques/             NMR, FT-IR, GPC, UV-Vis, fluorescenza, DSC, CV: condizioni usate nella tesi
  figures/                note GENERATE dallo script (una per figura, non modificare a mano)
  analyses/               query salvate; difetti-noti.md

Niente pagine source per capitolo (duplicherebbero la tesi) e niente entities/ generica.

Convenzioni pagine

• File kebab-case.md. Composti: composto-32.md con aliases (nome, codice come 3.1b). Figure: fig-026.md.
• Link: wikilink [[nome-file]], [[nome|testo]] per alias. Riferimenti bibliografici: [[01-bao-2020|1]] (link alla scheda in raw/fonti/; usare il numero della tesi).
• Frontmatter YAML:

---
title: Titolo leggibile
type: concept | compound | technique | analysis | overview | figure
tags: [tag1, tag2]
created: YYYY-MM-DD
updated: YYYY-MM-DD
tesi_loc: "§4.2 r.812-840"      # dove la tesi sostiene il contenuto
refs: [3, 12]                   # numeri della bibliografia citati (opzionale)
figures: ["fig-026"]            # opzionale
status: draft | stable
---

• Ogni affermazione non banale cita la posizione: (§4.2, Fig. 27, r.812) e, se serve, il riferimento [[01-bao-2020|1]]. Niente affermazioni non riconducibili a raw/.
• Inferenze dell'LLM marcate (inferenza). Se non sai, dillo; non inventare fonti o dati.
• Ogni pagina termina con ## Collegamenti. Nessuna pagina orfana. Crea una pagina concetto solo se serve a ≥2 sezioni/figure o è centrale.

Regole sui dati scientifici

• Copia alla lettera: valori, unità, condizioni (T, P, solvente, tempo, carico, resa/conversione), formule LaTeX, formule chimiche, nomi di composti e sigle (DPP, 3HT, ROP, PCL, ACQ, CV, GPC…) restano come nella tesi. Non tradurre, riassumere, convertire o arrotondare dati sperimentali. Decimali con la virgola come in tesi.md; eccezioni: Abstract, dati NMR, liste, DOI.
• Procedure sperimentali (cap. 3): non riscriverle; la wiki rimanda al paragrafo (tesi_loc) e riporta solo i dati necessari alla pagina.
• Sospetti errori di estrazione (formula, tabella, valore): confronta con la fonte originale se disponibile, segnala e non correggere. Valori da condizioni diverse non vanno confrontati senza dirlo.
• Sicurezza: niente procedure di sintesi pericolose oltre quanto riporta la tesi; riporta i pericoli noti dei reagenti se citati.

Figure

• wiki/figures/*.md sono derivate: python scripts/gen_figures.py le rigenera da raw/immagini.json, riportando ogni campo (didascalie, descrizioni e testo visibile per pannello, composti, concetti, contesto, righe di citazione, note di revisione) senza riassumere. Eccezione alla regola "solo l'LLM scrive in wiki/"; non modificarle a mano, correggi raw/immagini.json solo se l'utente lo chiede e poi rigenera.
• Attendibilità: solo caption_printed è testo della tesi. Descrizioni, visible_text e didascalia generata derivano dall'immagine e non sono verificati: valori letti da grafici o schemi (rese, picchi, potenziali) vanno confermati sull'immagine/tesi prima di riusarli.
• Le pagine concept/compound/technique richiamano le figure con [[fig-026]] o con l'embed ![[immagini/<file>]] (da panels[].embed). Le figure con flags o review_notes (Figure 26, 27, 29, 57, 62, 65, 66, 68 hanno discrepanze didascalia/testo) vanno citate con l'avvertenza.
• compounds nel catalogo sono numeri della tesi; concepts sono slug candidati, non nomi definitivi: crea la pagina solo se la regola dei ≥2 usi è soddisfatta.

Difetti noti della tesi

Raccolti in wiki/analyses/difetti-noti.md (una sola pagina; le altre rimandano lì): bibliografia con voce 44 duplicata della 1; voci 20, 22, 36, 53 incomplete; DOI errati nelle voci 47, 48 (corretto 10.1080/15583720802231833) e 49; voci 47, 49, 53 non identificabili; segnaposto "paragrafo XX (XX)" in 4.4.4; discrepanze figura/testo sopra elencate.

Workflow

Ingest (per capitolo, non per fonte)

Ordine: Abstract/Introduzione/Scopo (concepts, research question) → Procedure sperimentali (compounds, techniques) → Discussione (dati, overview) → Conclusioni → bibliografia.

1. Leggi per intero il capitolo/sezione in raw/tesi.md e le figure collegate (sections[].figure_ids).
2. Dopo il primo capitolo, discuti 3–5 takeaway e chiedi cosa enfatizzare; poi procedi a blocchi senza chiedere ogni volta.
3. Crea/aggiorna concepts/, compounds/, techniques/; segnala discrepanze in analyses/difetti-noti.md.
4. Aggiorna wiki/tesi.md (mappa), overview.md se la sintesi cambia, bibliografia.md se tocchi riferimenti.
5. Rigenera le figure se raw/immagini.json è cambiato.
6. Aggiorna index.md e appendi a log.md.

Query

Leggi index.md e le pagine rilevanti (non rileggere raw/ se la wiki basta); rispondi in italiano con citazioni [[...]] e tesi_loc; proponi di salvare in analyses/ le risposte durevoli; log query.

Lint (su richiesta o ogni ~10 ingest)

Contraddizioni, pagine orfane, concetti citati senza pagina, link rotti, frontmatter mancante, valori che non tornano con raw/tesi.md. Riporta, correggi dopo conferma. Log lint.

index.md e log.md

• index.md: catalogo per categoria (Overview, Tesi e bibliografia, Concetti, Composti, Tecniche, Figure, Analisi), voci - [[pagina]] — riga di sintesi, ordine alfabetico, conteggi aggiornati. Le 78 figure non si elencano una per una: una riga con link alla cartella e il conteggio per tipo.
• log.md: append-only, mai riscrivere le voci vecchie. Prefisso ## [YYYY-MM-DD] tipo | titolo con tipo ∈ setup, ingest, query, lint, schema. Parsing: grep "^## \[" log.md | tail -5.

Regole d'oro

• Mai modificare raw/. Mai inventare dati, fonti o citazioni.
• Prima di cancellare o rinominare pagine chiedi conferma e aggiorna i link in entrata.
• Cambi allo schema: proponi, attendi ok, poi registra in log.md (tipo schema).
• Lavoro proporzionato: nessuna pagina "per dopo".