davideandClaude Sonnet 5.5
0f495b198e
- Sposta tesi.md, immagini, cataloghi e schede fonti in raw/ (immutabile); rimuove CHANGELOG, tesi.pdf e tesi.docx
- Riscrive CLAUDE.md: dominio, regole sui dati, ingest per capitolo, tesi_loc
- Aggiunge scripts/gen_figures.py e le 78 note in wiki/figures/ da raw/immagini.json
- Aggiunge index.md, log.md, wiki/tesi.md (mappa) e le cartelle wiki/{compounds,techniques,concepts,analyses}
Co-Authored-By: Claude Sonnet 5.5 <noreply@anthropic.com>
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# CLAUDE.md — Schema della LLM Wiki
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Schema: struttura, convenzioni, workflow. Leggilo all'inizio di ogni sessione. Utente e LLM lo fanno evolvere insieme; ogni modifica va registrata in `log.md`.
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## Ruoli
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- **Utente**: sceglie cosa ingerire, pone le domande, decide cosa conta.
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- **LLM**: scrive e mantiene la wiki (pagine, link, indice, log, coerenza). L'utente non modifica `wiki/` a mano.
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- Lingua: **italiano**. Titoli di fonti e termini tecnici restano nella lingua originale (l'Abstract della tesi è in inglese).
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## Dominio
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Tesi magistrale in Chimica Industriale (Università di Bologna, Dipartimento "Toso Montanari"), a.a. 2025-2026: **"Sintesi e caratterizzazione di copolimeri bottle brush foto-elettro attivi"**. Candidata: Aurora Luzi. Relatore: Dr. Stefano Scurti.
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- **Tema:** semiconduttori polimerici emissivi π-coniugati con architettura bottle brush: scheletro DPP-3HT (polimerizzazione ossidativa con Fe(III)) e catene laterali di PCL ottenute per ROP dell'ε-caprolattone da gruppi OH pendenti.
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- **Research question** (dall'Abstract e dal cap. 2): una architettura bottle brush può superare l'ACQ (Aggregation-Caused Quenching) allo stato solido, mantenendo l'integrità elettrochimica del core DPP?
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- Risultati dichiarati nell'Abstract: il PCL agisce da spaziatore sterico e mantiene emissione nel rosso allo stato solido; il bandgap elettrochimico cresce linearmente con la % di DPP incorporato.
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## Fonti (`raw/`, SOLA LETTURA — mai modificare, rinominare o cancellare)
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| `raw/tesi.md` | Sorgente canonico (1411 righe). Cap. 1 Introduzione (r.66), 2 Scopo (r.545), 3 Procedure sperimentali (r.562), 4 Discussione dei risultati (r.717), 5 Conclusioni (r.1279); bibliografia in fondo |
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| `raw/immagini/` | 79 file figura (nomi = hash) |
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| `raw/immagini.json` | Catalogo di 78 figure logiche: pannelli, didascalia stampata e generata, testo visibile, composti, concetti, contesto, qualità |
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| `raw/bibliografia.json` | 59 riferimenti parsati con righe e sezioni di citazione; `text` è la fonte di verità, gli altri campi sono euristici |
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| `raw/fonti/NN-cognome-anno.md` | Una scheda per riferimento (citazione verificata, DOI, abstract, frasi della tesi in cui è citato) |
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I numeri di riga (`md_line`, `cited_in_md_lines`…) riferiscono `raw/tesi.md` e sono stabili perché `raw/` è immutabile: sono il localizzatore standard.
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Convenzioni di `tesi.md`: decimali con la virgola; codici composto con il punto (`3.1b`); formule in `$...$`; citazioni `<sup>[N](#ref-N)</sup>`; apici/pedici in HTML. Anchor `#ref-N` e `#_TocNNN` non funzionano in Obsidian: nella wiki si traducono in wikilink.
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## Architettura
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CLAUDE.md index.md log.md
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raw/ immutabile (vedi sopra)
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scripts/gen_figures.py genera wiki/figures/ da raw/immagini.json
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wiki/
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overview.md sintesi evolutiva, research question, risultati
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tesi.md mappa capitolo/sezione → pagine wiki (unica pagina "source" della tesi)
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bibliografia.md i 59 riferimenti raggruppati per tema, con link alle schede raw/fonti/
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concepts/ meccanismi, ROP, ACQ, bottle brush, π-stacking, ciclovoltammetria…
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compounds/ un file per composto numerato (composto-32.md) o polimero/campione
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techniques/ NMR, FT-IR, GPC, UV-Vis, fluorescenza, DSC, CV: condizioni usate nella tesi
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figures/ note GENERATE dallo script (una per figura, non modificare a mano)
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analyses/ query salvate; difetti-noti.md
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```
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Niente pagine `source` per capitolo (duplicherebbero la tesi) e niente `entities/` generica.
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## Convenzioni pagine
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- File `kebab-case.md`. Composti: `composto-32.md` con `aliases` (nome, codice come `3.1b`). Figure: `fig-026.md`.
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- Link: wikilink `[[nome-file]]`, `[[nome|testo]]` per alias. Riferimenti bibliografici: `[[01-bao-2020|1]]` (link alla scheda in `raw/fonti/`; usare il numero della tesi).
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- Frontmatter YAML:
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```yaml
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title: Titolo leggibile
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type: concept | compound | technique | analysis | overview | figure
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tags: [tag1, tag2]
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created: YYYY-MM-DD
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updated: YYYY-MM-DD
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tesi_loc: "§4.2 r.812-840" # dove la tesi sostiene il contenuto
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refs: [3, 12] # numeri della bibliografia citati (opzionale)
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figures: ["fig-026"] # opzionale
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status: draft | stable
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```
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- **Ogni affermazione non banale cita la posizione**: `(§4.2, Fig. 27, r.812)` e, se serve, il riferimento `[[01-bao-2020|1]]`. Niente affermazioni non riconducibili a `raw/`.
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- Inferenze dell'LLM marcate _(inferenza)_. Se non sai, dillo; non inventare fonti o dati.
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- Ogni pagina termina con `## Collegamenti`. Nessuna pagina orfana. Crea una pagina concetto solo se serve a ≥2 sezioni/figure o è centrale.
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## Regole sui dati scientifici
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- **Copia alla lettera**: valori, unità, condizioni (T, P, solvente, tempo, carico, resa/conversione), formule LaTeX, formule chimiche, nomi di composti e sigle (DPP, 3HT, ROP, PCL, ACQ, CV, GPC…) restano come nella tesi. Non tradurre, riassumere, convertire o arrotondare dati sperimentali. Decimali con la virgola come in `tesi.md`; eccezioni: Abstract, dati NMR, liste, DOI.
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- **Procedure sperimentali (cap. 3):** non riscriverle; la wiki rimanda al paragrafo (`tesi_loc`) e riporta solo i dati necessari alla pagina.
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- **Sospetti errori di estrazione** (formula, tabella, valore): confronta con la fonte originale se disponibile, **segnala e non correggere**. Valori da condizioni diverse non vanno confrontati senza dirlo.
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- **Sicurezza:** niente procedure di sintesi pericolose oltre quanto riporta la tesi; riporta i pericoli noti dei reagenti se citati.
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## Figure
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- `wiki/figures/*.md` sono **derivate**: `python scripts/gen_figures.py` le rigenera da `raw/immagini.json`, riportando ogni campo (didascalie, descrizioni e testo visibile per pannello, composti, concetti, contesto, righe di citazione, note di revisione) senza riassumere. Eccezione alla regola "solo l'LLM scrive in `wiki/`"; non modificarle a mano, correggi `raw/immagini.json` solo se l'utente lo chiede e poi rigenera.
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- **Attendibilità:** solo `caption_printed` è testo della tesi. Descrizioni, `visible_text` e didascalia generata derivano dall'immagine e non sono verificati: valori letti da grafici o schemi (rese, picchi, potenziali) vanno confermati sull'immagine/tesi prima di riusarli.
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- Le pagine concept/compound/technique richiamano le figure con `[[fig-026]]` o con l'embed `![[immagini/<file>]]` (da `panels[].embed`). Le figure con `flags` o `review_notes` (Figure 26, 27, 29, 57, 62, 65, 66, 68 hanno discrepanze didascalia/testo) vanno citate con l'avvertenza.
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- `compounds` nel catalogo sono numeri della tesi; `concepts` sono slug candidati, non nomi definitivi: crea la pagina solo se la regola dei ≥2 usi è soddisfatta.
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## Difetti noti della tesi
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Raccolti in `wiki/analyses/difetti-noti.md` (una sola pagina; le altre rimandano lì): bibliografia con voce 44 duplicata della 1; voci 20, 22, 36, 53 incomplete; DOI errati nelle voci 47, 48 (corretto 10.1080/15583720802231833) e 49; voci 47, 49, 53 non identificabili; segnaposto "paragrafo XX (XX)" in 4.4.4; discrepanze figura/testo sopra elencate.
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## Workflow
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### Ingest (per capitolo, non per fonte)
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Ordine: Abstract/Introduzione/Scopo (concepts, research question) → Procedure sperimentali (compounds, techniques) → Discussione (dati, overview) → Conclusioni → bibliografia.
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1. Leggi per intero il capitolo/sezione in `raw/tesi.md` e le figure collegate (`sections[].figure_ids`).
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2. Dopo il primo capitolo, discuti 3–5 takeaway e chiedi cosa enfatizzare; poi procedi a blocchi senza chiedere ogni volta.
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3. Crea/aggiorna `concepts/`, `compounds/`, `techniques/`; segnala discrepanze in `analyses/difetti-noti.md`.
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4. Aggiorna `wiki/tesi.md` (mappa), `overview.md` se la sintesi cambia, `bibliografia.md` se tocchi riferimenti.
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5. Rigenera le figure se `raw/immagini.json` è cambiato.
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6. Aggiorna `index.md` e appendi a `log.md`.
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### Query
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Leggi `index.md` e le pagine rilevanti (non rileggere `raw/` se la wiki basta); rispondi in italiano con citazioni `[[...]]` e `tesi_loc`; proponi di salvare in `analyses/` le risposte durevoli; log `query`.
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### Lint (su richiesta o ogni ~10 ingest)
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Contraddizioni, pagine orfane, concetti citati senza pagina, link rotti, frontmatter mancante, valori che non tornano con `raw/tesi.md`. Riporta, correggi dopo conferma. Log `lint`.
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## index.md e log.md
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- `index.md`: catalogo per categoria (Overview, Tesi e bibliografia, Concetti, Composti, Tecniche, Figure, Analisi), voci `- [[pagina]] — riga di sintesi`, ordine alfabetico, conteggi aggiornati. Le 78 figure non si elencano una per una: una riga con link alla cartella e il conteggio per tipo.
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- `log.md`: append-only, mai riscrivere le voci vecchie. Prefisso `## [YYYY-MM-DD] tipo | titolo` con tipo ∈ `setup, ingest, query, lint, schema`. Parsing: `grep "^## \[" log.md | tail -5`.
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## Regole d'oro
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- Mai modificare `raw/`. Mai inventare dati, fonti o citazioni.
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- Prima di cancellare o rinominare pagine chiedi conferma e aggiorna i link in entrata.
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- Cambi allo schema: proponi, attendi ok, poi registra in `log.md` (tipo `schema`).
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- Lavoro proporzionato: nessuna pagina "per dopo".
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