cyber-tesi/log.md

# Log

_Append-only. Formato: `## [YYYY-MM-DD] tipo | titolo`_

## [2026-10-09] setup | Inizializzazione wiki
- Creati: CLAUDE.md (schema), index.md, log.md, wiki/overview.md
- Cartelle: raw/, raw/assets/, wiki/{sources,entities,concepts,analyses}

## [2026-10-09] schema | Dominio: tesi in Chimica Industriale
- CLAUDE.md: aggiunta sezione "Convenzioni specifiche di chimica industriale" (entità, dati con unità e condizioni, template composto/processo, sicurezza, DOI)

## [2026-10-09] schema | Riscrittura CLAUDE.md per tesi singola con fonti in raw/
- Dominio e research question compilati dall'Abstract e dal cap. 2; regole sui dati scientifici e difetti noti riportate dalla vecchia CLAUDE.md
- Struttura: tolta `entities/`; aggiunte `compounds/`, `techniques/`, `figures/`; `wiki/tesi.md` e `wiki/bibliografia.md` al posto delle pagine `source`
- Ingest per capitolo; riferimenti alle schede `raw/fonti/`; localizzatore `tesi_loc` (§ + riga di raw/tesi.md)
- Figure: `scripts/gen_figures.py` genera 78 note in `wiki/figures/` da `raw/immagini.json` (derivate, senza riassunti)

## [2026-10-09] setup | Generate le 78 note figura e wiki/tesi.md (mappa)

## [2026-10-09] ingest | Tesi completa (cap. 1-5, bibliografia, figure)
- Fonte: `raw/tesi.md` (r.1-1411) + `raw/immagini.json` + `raw/bibliografia.json`. Nessun riassunto: contenuto riorganizzato per argomento
- Concetti (10): dpp-struttura-e-proprieta, dpp-sintesi-letteratura, dpp-reattivita, fluorescenza, fluorofori-in-polimeri, optoelettronica-oled-donatore-accettore, acq-e-stato-solido, polimerizzazione-ossidativa-fecl3, rop-pcl, bottle-brush
- Composti (5): dpp-1, dpp-2, copolimeri-3a-3b-3c, bottle-brush-3-x, reagenti-e-materiali
- Tecniche (6): nmr-1h, ft-ir, gpc, uv-vis-fluorescenza, dsc, ciclovoltammetria
- Analisi: difetti-noti (bibliografia, segnaposto, frase troncata, figure, 10 incoerenze rilevate: ottici di 1 e 2, integrali NMR, fusione, bandgap nelle conclusioni, Tab. 12, aritmetica CV)
- Overview, wiki/tesi.md (mappa sezioni -> pagine -> figure), wiki/bibliografia.md (script gen_bibliografia.py); figure incorporate con embed e link alle 78 note
- Controlli: 161 embed e tutti i wikilink risolti, nessuna pagina orfana

## [2026-10-09] schema | Regole di organizzazione dati e script bibliografia
- CLAUDE.md: una tabella in una sola pagina; script `gen_bibliografia.py`; `bibliografia.md` derivata

## [2026-10-09] lint | Primo lint dopo l'ingest della tesi
- Esito `scripts/lint.py`: 0 link/embed rotti, 0 pagine orfane; numeri nelle pagine tutti presenti in `raw/tesi.md` (eccetto valori calcolati o in LaTeX in `difetti-noti`: 4,8006; 1,373; 0,9719 è in `raw/tesi.md` come `0{,}9719`)
- Corretto (meccanico): 33 tabelle senza riga vuota prima; incoerenze `figures`/`refs` nel frontmatter in 8 pagine; link alle schede nelle voci della tabella bibliografia di `difetti-noti`
- Nessuna pagina concetto nuova: gli slug del catalogo usati da >=2 figure sono già coperti dalle pagine esistenti (reformatskij, n-alchilazione, cross-coupling, ecc.)
- Controlli semantici: righe `tesi_loc` a campione coerenti; riepilogo ottico e `dati.md` verificati contro le tabelle

## [2026-10-09] schema | Spezzata ciclovoltammetria, aggiunto dati.md e scripts/lint.py
- `ciclovoltammetria` (2.065 parole) -> `ciclovoltammetria` (teoria, procedura, metodo) + `cv-risultati-copolimeri` (Tab. 13) + `cv-risultati-bottle-brush` (Tab. 14)
- `wiki/dati.md`: indice grandezza -> pagina; regola: pagine > ~1.500 parole si spezzano; lint con `scripts/lint.py`


## [2026-10-09] schema | Riorganizzazione file wiki (approvata dall'utente)
- `dpp-reattivita` (1.620 parole) -> `dpp-reattivita` (siti reattivi, N-alchilazione, SE-Ar, Suzuki/Stille; r.247-331) + `dpp-arilazione-litiazione-snar` (arilazione diretta/ossidativa, litiazione, SNAr; r.333-369)
- `cv-risultati-copolimeri` + `cv-risultati-bottle-brush` -> `techniques/cv-risultati` (Tab. 13 e 14); link in entrata aggiornati
- `compounds/reagenti-e-materiali` -> `techniques/reagenti-e-materiali` (non è un composto numerato)
- Rimossi i `.gitkeep`; CLAUDE.md, `index.md`, `wiki/tesi.md` aggiornati. Lasciate invariate `dpp-sintesi-letteratura` (1.515) e `fluorofori-in-polimeri`

## [2026-10-09] query | Riassunto della tesi in formato 10 pagine
- Richiesta: riassunto secondo le regole del formato (copertina placeholder, testo continuo senza sottotitoli/elenchi, max 10 pagine, bibliografia a parte, usare la Figura 74)
- Salvato in `wiki/analyses/riassunto-tesi.md` (Fig. 74 della tesi = Figura 6 del riassunto); 7 figure, 3 tabelle, 10 riferimenti dalle schede `raw/fonti/`
- Esclusi i valori di band gap/R² delle Conclusioni (incoerenti con Tab. 13) e la durata del reflusso ROP (4 h/24 h): vedi `difetti-noti`

## [2026-10-09] query | Seconda stesura del riassunto in registro da ricercatore
- `wiki/analyses/riassunto-tesi.md` riscritto: affermazioni non supportate rimosse (es. «forte fluorescenza in soluzione»), emissione solida di 3.2b qualificata come da specie aggregate (ACQ attenuato, non eliminato), aggiunte note critiche (copolimeri oligomerici, correlazione bandgap su 3 punti, scarto gap elettrochimico/ottico)
- Le inferenze dell'autore sono elencate nella sezione Collegamenti della pagina

## [2026-10-09] query | Terza stesura del riassunto, allineata alla tesi
- `wiki/analyses/riassunto-tesi.md`: rimosse le inferenze della seconda stesura; contenuti e interpretazioni solo dalla tesi (limiti e prospettive dalle sezioni 4.2-4.3 e Conclusioni); per le incoerenze interne si usa il capitolo dei risultati (vedi `difetti-noti`, punti 5-7)

## [2026-10-13] ingest | raw/tesi.md aggiornato alla nuova versione (tesi_new.docx)
- Su richiesta esplicita dell'utente `raw/tesi.md` è stato modificato (eccezione alla regola «raw/ sola lettura»); i numeri di riga citati nella wiki (`tesi_loc`, `md_line`, `cited_in_md_lines`) sono ora disallineati e la wiki non è ancora stata aggiornata
- Novità: §4.1 CV del prodotto 2 (Fig. 52, Tab. 6; l'immagine non è stata estratta perché nel docx è un grafico Word nativo), Tab. 3/4/7/9/12/13/15 riformulate, Tab. 6-14 → 7-15, Fig. 52-74 → 53-75, nuova rif. 51 (Scurti et al.) e riferimenti 51-59 → 52-60, nuovi dati NMR di 1 e 2, λem/λecc, DSC, formula V_CL, decimali con il punto
- Copiati alla lettera anche refusi della nuova versione (es. «Gloss», «didiacetali», «alchidica», «asb», «3b. 3c», «l(MW_teor)»); non copiato il testo corrotto dei rif. 22 e 54 (lettere raddoppiate nel docx)

## [2026-10-13] ingest | raw/immagini.json allineato alla nuova tesi.md
- Aggiunta `fig-052` (voltammogramma ciclico del prodotto 2, immagine `c43b5f5d…jpg`; descrizione letta dall'immagine, non verificata, `confidence: medium`); figure 52-74 rinumerate in 53-75 (id, number, label, caption_printed, search_text); 79 figure, 80 file immagine
- Riallineati tutti i numeri di riga (`md_line`, `caption_md_line`, `cited_in_md_lines`, sezioni) a `tesi.md` nuovo, le didascalie cambiate (es. λex, «Gloss», «Stati») e gli indici
- `wiki/figures/` NON rigenerata: i wikilink `[[fig-0NN]]` della wiki per N ≥ 52 puntano ancora alla numerazione vecchia

## [2026-10-13] ingest | wiki/figures rigenerata e numerazioni figure/tabelle allineate
- `python scripts/gen_figures.py`: 79 note (nuova `fig-052`, `fig-053`…`fig-075` con la nuova numerazione)
- Nelle pagine wiki rinumerati per sostituzione meccanica `fig-0NN`, «Fig./Figura N» (N 52-74 → +1) e «Tab./Tabella N» (N 6-14 → +1); `dpp-2` ampliata con la CV di 2 (Fig. 52, Tab. 6) e `dati.md` con la riga Tab. 6
- NON aggiornati: contenuto di pagine e `dati.md` per i dati cambiati nella tesi (Tab. 3/4/9/12/13/15, PD, NMR), numeri di riga `tesi_loc`/`r.NNN`, riferimenti bibliografici 51-59 → 52-60 (`raw/fonti`, `raw/bibliografia.json`, `wiki/bibliografia.md`); `lint.py` segnala i numeri non più presenti in `tesi.md`

## [2026-10-13] ingest | wiki, bibliografia e schema allineati alla nuova versione della tesi
- Bibliografia: nuovo rif. 51 (Scurti et al., scheda `raw/fonti/51-scurti-2026.md` **parziale**, scritta da abstract e repository), vecchi 51-59 → 52-60 (file di `raw/fonti/` rinominati, `raw/bibliografia.json` e `wiki/bibliografia.md` rigenerati, wikilink e `refs:` delle pagine aggiornati); righe di `tesi.md` nelle schede mappate sul nuovo file
- Numeri di riga `r.NNN` di tutte le pagine rimappati (diff riga per riga tra vecchio e nuovo `tesi.md`; dove la riga è stata riscritta la corrispondenza è approssimata, ±qualche riga)
- Contenuti aggiornati: `copolimeri-3a-3b-3c` (Tab. 3, 7, 9, DSC), `bottle-brush-3-x` (Tab. 4, 12, 13, formula V_CL), `dpp-1`, `dpp-2` (NMR, λem/λecc), `cv-risultati` (Tab. 15 arrotondata), `nmr-1h`, `dsc`, `gpc`, `dati`, `riassunto-tesi`, `difetti-noti` (voci 2-5, 7, 10-13 riscritte o aggiunte; segnaposto XX risolto), concetti con piccoli ritocchi di testo
- `CLAUDE.md` (tipo `schema`): conteggi (1432 righe, 80 file, 79 figure, 60 riferimenti), righe dei capitoli, numeri delle figure con discrepanze, voce 54
- Non verificato a mano: le sostituzioni meccaniche di Fig./Tab. nelle pagine; il lint segnala ancora numeri vecchi citati di proposito nelle note «versione precedente»

## [2026-10-13] query | report.md: impatto della revisione delle % di DPP reali
- Creato `report.md` (root): verifica di Eq. 9 e Tab. 7 contro gli integrali delle Fig. 55-57, elenco di tutte le dipendenze in `raw/tesi.md`, nei file derivati e nella cartella `riassunto/`, decisioni aperte; nessun file di contenuto modificato

## [2026-10-13] schema | rinominato raw/tesi_new.docx in raw/tesi.docx
- File rinominato; aggiornati i riferimenti in `CLAUDE.md`, `raw/immagini.json`, `wiki/figures/fig-052.md` e `report.md` (le voci precedenti di questo log citano ancora il vecchio nome, perché il log è append-only)