cyber-tesi/log.md

# Log

_Append-only. Formato: `## [YYYY-MM-DD] tipo | titolo`_

## [2026-10-09] setup | Inizializzazione wiki
- Creati: CLAUDE.md (schema), index.md, log.md, wiki/overview.md
- Cartelle: raw/, raw/assets/, wiki/{sources,entities,concepts,analyses}

## [2026-10-09] schema | Dominio: tesi in Chimica Industriale
- CLAUDE.md: aggiunta sezione "Convenzioni specifiche di chimica industriale" (entità, dati con unità e condizioni, template composto/processo, sicurezza, DOI)

## [2026-10-09] schema | Riscrittura CLAUDE.md per tesi singola con fonti in raw/
- Dominio e research question compilati dall'Abstract e dal cap. 2; regole sui dati scientifici e difetti noti riportate dalla vecchia CLAUDE.md
- Struttura: tolta `entities/`; aggiunte `compounds/`, `techniques/`, `figures/`; `wiki/tesi.md` e `wiki/bibliografia.md` al posto delle pagine `source`
- Ingest per capitolo; riferimenti alle schede `raw/fonti/`; localizzatore `tesi_loc` (§ + riga di raw/tesi.md)
- Figure: `scripts/gen_figures.py` genera 78 note in `wiki/figures/` da `raw/immagini.json` (derivate, senza riassunti)

## [2026-10-09] setup | Generate le 78 note figura e wiki/tesi.md (mappa)

## [2026-10-09] ingest | Tesi completa (cap. 1-5, bibliografia, figure)
- Fonte: `raw/tesi.md` (r.1-1411) + `raw/immagini.json` + `raw/bibliografia.json`. Nessun riassunto: contenuto riorganizzato per argomento
- Concetti (10): dpp-struttura-e-proprieta, dpp-sintesi-letteratura, dpp-reattivita, fluorescenza, fluorofori-in-polimeri, optoelettronica-oled-donatore-accettore, acq-e-stato-solido, polimerizzazione-ossidativa-fecl3, rop-pcl, bottle-brush
- Composti (5): dpp-1, dpp-2, copolimeri-3a-3b-3c, bottle-brush-3-x, reagenti-e-materiali
- Tecniche (6): nmr-1h, ft-ir, gpc, uv-vis-fluorescenza, dsc, ciclovoltammetria
- Analisi: difetti-noti (bibliografia, segnaposto, frase troncata, figure, 10 incoerenze rilevate: ottici di 1 e 2, integrali NMR, fusione, bandgap nelle conclusioni, Tab. 12, aritmetica CV)
- Overview, wiki/tesi.md (mappa sezioni -> pagine -> figure), wiki/bibliografia.md (script gen_bibliografia.py); figure incorporate con embed e link alle 78 note
- Controlli: 161 embed e tutti i wikilink risolti, nessuna pagina orfana

## [2026-10-09] schema | Regole di organizzazione dati e script bibliografia
- CLAUDE.md: una tabella in una sola pagina; script `gen_bibliografia.py`; `bibliografia.md` derivata

## [2026-10-09] lint | Primo lint dopo l'ingest della tesi
- Esito `scripts/lint.py`: 0 link/embed rotti, 0 pagine orfane; numeri nelle pagine tutti presenti in `raw/tesi.md` (eccetto valori calcolati o in LaTeX in `difetti-noti`: 4,8006; 1,373; 0,9719 è in `raw/tesi.md` come `0{,}9719`)
- Corretto (meccanico): 33 tabelle senza riga vuota prima; incoerenze `figures`/`refs` nel frontmatter in 8 pagine; link alle schede nelle voci della tabella bibliografia di `difetti-noti`
- Nessuna pagina concetto nuova: gli slug del catalogo usati da >=2 figure sono già coperti dalle pagine esistenti (reformatskij, n-alchilazione, cross-coupling, ecc.)
- Controlli semantici: righe `tesi_loc` a campione coerenti; riepilogo ottico e `dati.md` verificati contro le tabelle

## [2026-10-09] schema | Spezzata ciclovoltammetria, aggiunto dati.md e scripts/lint.py
- `ciclovoltammetria` (2.065 parole) -> `ciclovoltammetria` (teoria, procedura, metodo) + `cv-risultati-copolimeri` (Tab. 13) + `cv-risultati-bottle-brush` (Tab. 14)
- `wiki/dati.md`: indice grandezza -> pagina; regola: pagine > ~1.500 parole si spezzano; lint con `scripts/lint.py`


## [2026-10-09] schema | Riorganizzazione file wiki (approvata dall'utente)
- `dpp-reattivita` (1.620 parole) -> `dpp-reattivita` (siti reattivi, N-alchilazione, SE-Ar, Suzuki/Stille; r.247-331) + `dpp-arilazione-litiazione-snar` (arilazione diretta/ossidativa, litiazione, SNAr; r.333-369)
- `cv-risultati-copolimeri` + `cv-risultati-bottle-brush` -> `techniques/cv-risultati` (Tab. 13 e 14); link in entrata aggiornati
- `compounds/reagenti-e-materiali` -> `techniques/reagenti-e-materiali` (non è un composto numerato)
- Rimossi i `.gitkeep`; CLAUDE.md, `index.md`, `wiki/tesi.md` aggiornati. Lasciate invariate `dpp-sintesi-letteratura` (1.515) e `fluorofori-in-polimeri`

## [2026-10-09] query | Riassunto della tesi in formato 10 pagine
- Richiesta: riassunto secondo le regole del formato (copertina placeholder, testo continuo senza sottotitoli/elenchi, max 10 pagine, bibliografia a parte, usare la Figura 74)
- Salvato in `wiki/analyses/riassunto-tesi.md` (Fig. 74 della tesi = Figura 6 del riassunto); 7 figure, 3 tabelle, 10 riferimenti dalle schede `raw/fonti/`
- Esclusi i valori di band gap/R² delle Conclusioni (incoerenti con Tab. 13) e la durata del reflusso ROP (4 h/24 h): vedi `difetti-noti`

## [2026-10-09] query | Seconda stesura del riassunto in registro da ricercatore
- `wiki/analyses/riassunto-tesi.md` riscritto: affermazioni non supportate rimosse (es. «forte fluorescenza in soluzione»), emissione solida di 3.2b qualificata come da specie aggregate (ACQ attenuato, non eliminato), aggiunte note critiche (copolimeri oligomerici, correlazione bandgap su 3 punti, scarto gap elettrochimico/ottico)
- Le inferenze dell'autore sono elencate nella sezione Collegamenti della pagina

## [2026-10-09] query | Terza stesura del riassunto, allineata alla tesi
- `wiki/analyses/riassunto-tesi.md`: rimosse le inferenze della seconda stesura; contenuti e interpretazioni solo dalla tesi (limiti e prospettive dalle sezioni 4.2-4.3 e Conclusioni); per le incoerenze interne si usa il capitolo dei risultati (vedi `difetti-noti`, punti 5-7)

## [2026-10-15] ingest | Allineamento di raw/ a tesi_aggiornata.docx
- `raw/tesi.md` rigenerato dal docx (1446 righe, prima 1411) con le stesse convenzioni; markup originale mantenuto dove il testo è invariato. Novità: Fig. 52 e 76, Tab. 6 (nuove; le successive scalano: figure 53-75 = vecchie 52-74, tabelle 7-15 = vecchie 6-14), Tab. 3, 4 e 5 ora tabelle testuali, molti valori sperimentali e Abstract modificati, decimali con il punto in vari passi
- `raw/immagini/`: +4 file (Fig. 52, Fig. 76, schemi §3.2 copolimeri e bottle brush); le altre figure riusano i file esistenti. `raw/immagini.json` rinumerato e rimappato sulle righe nuove (80 figure, 81 file); le due vecchie «figure» fig-x-cc3f54/136800 (schemi sotto didascalia Tabella 3/4) sono sostituite da fig-x-215b95/94f3f4; descrizioni di fig-052, fig-076 e delle due fig-x non sottoposte a revisione indipendente
- `raw/bibliografia.json` e `raw/fonti/`: 63 voci (nuove 51, 55, 57, 61; vecchie 51-59 -> 52, 53, 54, 56, 58, 59, 60, 62, 63); schede rinominate e aggiornate, 4 schede nuove da Crossref (solo metadati)
- Rigenerati `wiki/figures/` e `wiki/bibliografia.md` (script aggiornato: conteggio e `tesi_loc` dinamici). NON riallineato: corpo della wiki (righe, numeri di figura/tabella/riferimento), `index.md`, `wiki/tesi.md`, `dati.md`, CLAUDE.md; restano `wiki/figures/fig-x-cc3f54.md` e `fig-x-136800.md` obsolete (da cancellare previa conferma)
- Difetti nuovi del docx: 3 riferimenti incrociati rotti nel §3.3 («Errore. L'origine riferimento non è stata trovata.»); voce 54 con lettere raddoppiate e voce 22 con «54)» spurio; voce 55 in formato RIS grezzo

## [2026-10-15] ingest | Riallineamento della wiki e di CLAUDE.md alla tesi aggiornata
- Rimappati in tutte le pagine curate righe (`r.N`), numeri di figura (`fig-NNN`, `Fig. N`, `Figura N`: 53-75 = vecchie 52-74), di tabella (7-15 = vecchie 6-14) e di riferimento (link alle schede `raw/fonti/`, `refs:`); embed dei due schemi fig-x aggiornati ai nuovi file
- Contenuti riscritti sui dati nuovi: `copolimeri-3a-3b-3c` (Tab. 3, 7 con aree NMR, 8 con P3HT, 9; DSC senza Tg; Kessil 456 nm), `bottle-brush-3-x` (Tab. 4 a rapporti molari, nuova formula V_CL, Tab. 12-13, Eq. 10), `dpp-1`/`dpp-2` (NMR, fluorescenza, nuova sezione voltammetria Fig. 52 / Tab. 6), `cv-risultati` (Tab. 14-15 arrotondate, plateau), `ciclovoltammetria` (decimali col punto), `gpc`, `nmr-1h`, `dsc`, `uv-vis-fluorescenza`, `acq-e-stato-solido` (Fig. 76), `optoelettronica-oled-donatore-accettore`, `polimerizzazione-ossidativa-fecl3`, `dati`, `overview`, `tesi`, `riassunto-tesi` (quarta stesura), `index.md`
- `difetti-noti` riscritta: nuovi (PDI di 3b vs Mw/Mn, % DPP 3c 35 vs 36, bandgap Conclusioni, cross-reference rotti, voci 22/54/55, Fig. 62 e 76), non più presenti (segnaposto XX, integrazioni NMR, DSC/110 °C, R²)
- Non fatto: cancellazione di `wiki/figures/fig-x-cc3f54.md` e `fig-x-136800.md` (pagine derivate obsolete, orfane; in attesa di conferma)

## [2026-10-15] schema | CLAUDE.md aggiornato (richiesto dall'utente)
- Conteggi (1446 righe, 83 file immagine, 80 figure, 63 riferimenti), righe dei capitoli, nuova fonte `raw/tesi_aggiornata.docx`, elenco figure con note, sintesi dei difetti noti, nota sui decimali col punto
- Aggiunta la sezione «Riallineamento a una nuova versione della tesi» e la deroga alla regola «raw/ sola lettura» per riallineamenti richiesti dall'utente

## [2026-10-15] ingest | Revisione di Fig. 76, Tab. 8 e Fig. 52 sulla base del docx
- Fig. 76: sostituito il ritaglio del PDF con l'immagine incorporata nel docx (`image72.png`, hash 36a16062…, 481x476); descrizione in `raw/immagini.json` riscritta sull'immagine; mappatura sigle→composti dichiarata inferenza (BB-80:20 = serie 3c, BB-50:50 = serie 3b dai rapporti di Tab. 3); `raw/tesi.md` e pagina `acq-e-stato-solido` aggiornati
- Fig. 52: descrizione ricalcolata dai dati del grafico Word nativo (chart4.xml: picco catodico −1,62 V, ritorno −1,46 V, salita anodica da ~+0,6 V a +0,838 V)
- Tab. 8 / rif. 55: corretta un'affermazione errata: l'abstract Crossref di Chelora 2017 riguarda Pdot di P3HT (Stokes shift 121 nm vs molecole in THF), coerente con l'uso nella tesi; scheda e `bibliografia.json` aggiornate (solo_abstract), valori 450/562/112 nm non verificati
- `difetti-noti`: nuova sezione «F bis» con i commenti di revisione del docx (83 commenti) che spiegano PDI di 3b, bandgap delle Conclusioni, P3HT, Fig. 76, decimali

## [2026-10-15] ingest | Integrazione delle schede `raw/fonti/` e dei commenti del docx
- Nuove pagine: `wiki/concepts/p3ht.md` (P3HT come riferimento: Tab. 8, DSC, CV; rif. 53, 55, 57, 61), `wiki/analyses/verifica-citazioni.md` (citazioni della tesi confrontate con le schede: deboli 10, 38, 52; coerenti 25, 51, 53, 58; non verificabili 55, 57, 61 oltre l'abstract), `wiki/analyses/commenti-revisione-docx.md` (83 commenti di Word raggruppati per tema)
- `raw/fonti/`: aggiunti gli abstract di 51 (Scurti, OpenAlex) e 61 (Kepska, OpenAlex) e il link open access; `bibliografia.json` aggiornato; 57 resta senza abstract (ACS chiuso)
- `difetti-noti`: aggiunta la voce sulla ε del prodotto 1 (rif. 52) e rimandi ai nuovi analisi; la sezione sui commenti è stata spostata nella nuova pagina
- `index.md` (32 pagine curate) e `wiki/tesi.md` aggiornati; collegamenti a `p3ht` dalle pagine dsc, cv-risultati, uv-vis, copolimeri, polimerizzazione

## [2026-10-15] schema | Riorganizzazione della wiki in hub e sottopagine (richiesta dell'utente)
- Eliminata `wiki/analyses/commenti-revisione-docx.md` (il docx è la versione finale) e rimossi i riferimenti ai commenti da wiki e da `raw/immagini.json`
- Pagine spezzate per argomento (hub + sottopagine): `copolimeri-3a-3b-3c` → `copolimeri-composizione-dpp`, `copolimeri-caratterizzazione`; `bottle-brush-3-x` → `bottle-brush-struttura`, `bottle-brush-proprieta`; `dpp-1` → `pseudo-stobbe`; `dpp-2` → `dpp-2-n-alchilazione`, `dpp-2-voltammetria`; `ciclovoltammetria` → `cv-teoria`, `cv-analisi-onset`; `fluorescenza` → `stokes-shift`, `resa-quantica`, `tempi-di-vita`; `acq-e-stato-solido` → `caratterizzazione-stato-solido`, `aggregati-h-j-kasha`; `dpp-sintesi-letteratura` → `dpp-sintesi-farnum-iqbal`, `dpp-sintesi-vie-alternative`; `dpp-reattivita` → `dpp-reazioni-gruppi-ammidici`, `dpp-reazioni-anelli-aromatici`, `dpp-cross-coupling-pd`; `difetti-noti` → hub + `difetti-bibliografia`, `difetti-figure`, `difetti-dati`
- Nuove pagine: concetti `grafting-from`, `band-gap-homo-lumo`, `irreversibilita-ec`; navigazione `campioni`, `percorso-sintetico`, `glossario`, `tabelle-indice`, `figure-indice` (generata da `scripts/gen_figures.py`)
- Rimappati i link in entrata verso le sottopagine (tabelle, equazioni, figure), aggiunte righe «Vedi anche» incrociate, riscritti `index.md`, `wiki/tesi.md`; `CLAUDE.md` aggiornato (architettura hub/sottopagine, regola dei 1.500 parole, difetti-noti diviso)

## [2026-10-15] lint | Verifica completa di wiki e raw contro `raw/tesi.md` prima del commit
- Controlli automatici: citazioni testuali «…» ritrovate nella tesi (corretti 4 casi: «partendo dal 4-bromobenzonitrile», «brorumati», «predisposta…», conclusione «copolimeri semiconduttori»); numeri di riga `r.N` coerenti con il testo (161 righe controllate); riferimenti bibliografici nel punto giusto (26 verifiche con riga + corrispondenza delle schede); 84 embed di figure = numero, file e didascalia del catalogo; 12 equazioni (allineata Eq. 1 alla forma della tesi); 15 tabelle (valori; corretto «0.2» nella Tab. 1); riferimenti Tab./Fig. nel testo; matrice `campioni` vs pagine; `raw/` (immagini, bibliografia, sezioni) coerente
- `riassunto-tesi` esclusa su richiesta